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TAXONOMIE
ECOLOGIE
Table des matières
Introduction
Chapitre 1 : LES CHAMPIGNONS MARINS ET Trichoderma sp.
1- La mycologie marine
2- Définition et systématique
3- Répartition géographique et biotope
4- Relations biologiques
5- Les champignons du genre Trichoderma
5-1 Morphologie
5-2 Taxonomie
5-3 Ecologie
5-4 Production de métabolites intéressants
Chapitre 2 : LES PEPTAÏBOLS
1- Rappel sur les mycotoxines
2- Position parmi les mycotoxines
3- Définition des peptaïbols
4- Modes de classement
5- Origine biologique
6- Structure tridimensionnelle et caractéristiques -chimiques
7- La Biosynthèse des peptaïbols
8- Bioactivité des peptaïbols
8-1 L’étude du comportement membranaire des peptaïbols
8-2 Les canaux ioniques peptaïbols-induits
8-2-1 Le modèle de «douves de tonneaux »
8-2-2 Le modèle du mécanisme en tapis
8-2-3 Forme des canaux ioniques constitués
8-2-4 Formation des canaux ioniques par les peptaïbols courts
8-3 Facteurs régissant la formation et Le fonctionnement des CI peptaïbols
8-3-1 Facteurs extrinsèques
8-3-2 Facteurs intrinsèques
8-4 Spécificité ionique des canaux membranaires peptaïbols
8-5 Les peptaïbols et les autres toxines: synergie ?
Chapitre 3 : MATERIEL ET METHODES
1- Obtention du matériel biologique
1-1 Coordonnées géographiques des sites de prélèvements
1-2 Technique de prélèvement, de transport et de conservation
1-3 Mise en culture pour l’Isolement des souches
1-4 Isolement des souches
1-5 Conservation des souches
1-5-1 Conservation de très longue durée en cultures congelées
1-5-2 Conservation de longue durée sous huile de paraffine
1-5-3 Conservation de courte durée à température ambiante
1-6 Identification taxonomique des souches par microscopie optique
1-7 Identification taxonomique des Trichoderma sp. par la méthode de J. Bissett
1-7-1 Examen morphologique
1-7-2 Examen métabolique
1-7-3 Examen phylogénétique et séquençage de l’ADN
1-8 Fermentation pour la production des peptaïbols
1-8-1 Fermentation liquide
1-8-2 Fermentation solide
2- Techniques de fractionnement
2-1 Chromatographie sur Couche Mince
2-2 Chromatographie Liquide Basse Pression
2-3 Chromatographie Liquide à Haute Performance
3- Techniques d’Identification structurale
3-1 La Spectrométrie de Masse (SM)
3-1-1 L’analyse des peptaïbols par SM
3-1-2 L’ionisation des peptides par l’Electro-nébulisation
3-1-3 L’analyse des ions générés dans la source
3-1-4 Conditions expérimentales utilisées pour l’analyse SM
3-2 La chromatographie en phase gazeuse couplée à la spectrométrie de
masse à impact électronique….
3-2-1 L’ionisation par impact électronique IE
3-2-2 L’analyseur à filtre quaripôlaire
3-2-3 Méthodologie de l’analyse
3-2-4 Séparation chromatographique des EITA
Chapitre 4 : PRODUCTION ET ISOLEMENT DES PEPTAÏBOLS
1- Obtention du matériel biologique
1-1 Les sites de prélèvements
1-2 Culture des souches à partir des prélèvements
1-3 Isolement et identification des Trichoderma sp. producteurs de peptaïbols
1-4 Conservation dans la mycothèque et utilisation des souches
1-5 Identification au niveau de l’Espèce
2- Production de peptaïbols
2-1 Optimisation du protocole de production de peptaïbols
2-1-1 Production de la suspension de spores
2-1-2 L’extraction des peptaïbols
2-1-3 Changement du milieu de fermentation
2-1-4 Modification de la VLC
2-2 Validation de l’optimisation
2-3 Bilan de l’optimisation
2-4 Protocole définitif de production de peptaïbols
2-5 Sélection de 4 souches représentatives des 9 trichoderma sp. initiaux
3- Production massive des peptaïbols
4- Purification des peptaïbols par CLHP analytique
4-1 Problèmes rencontrés en CLHP
4-2 Solutions proposées et résultats
4-3 Protocole final adopté pour la CLHP
5- Purification des peptaïbols par CLHP en mode préparatif
Conclusion
Chapitre 5 : IDENTIFICATION STRUCTURALE DES PEPTAÏBOLS
Introduction
1- Identification et séquençage des peptaïbols par spectrométrie de masse
1-1 Principe de séquençage des peptaïbols en SM
1-2 Cas des peptides contenant le résidu Proline
1-3 Le traitement acidolytique en SM
2- Isomérie des acides aminés: résolution par CPG
3- Protocole d’indentification structurale suivi dans notre étude
4- Résultats et discussion
4-1 L’analyse CPG
4-2 Le séquençage ESI-IT-SM des peptaïbols des 4 « souches groupes »
4-2-1 La souche MMS 147
4-2-2 La souche MMS 151
4-2-3 La souche MMS 175
4-2-4 La souche MMS 204
Conclusion
Conclusion générale
Références bibliographiques
Document rapporté
Tome II
Annexe 1 : Spectres CPG-SM-IE de référence
Annexe 2 : Spectres MSn détaillés du séquençage des nouveaux peptaïbols
Annexe 3 : Spectres ESI-SMn des peptaïbols déjà connues