Cadre géographique, période et population d’étude

Ce laboratoire constitue le centre national de référence pour le diagnostic du SIDA et des IST. Il est également le laboratoire de référence OMS pour le VIH2 et centre collaborateur ONUSIDA. Il assure le contrôle de qualité des laboratoires de la sous région et constitue un centre de formation et d’expertise pour les laboratoires régionaux ainsi que ceux des pays limitrophes. L’étude de nos prélèvements et données d’enquêtes s’est faite à l’unité de Biologie moléculaire du Laboratoire de Bactériologie-Virologie de l’Hôpital Aristide Le Dantec entre le 23 Octobre 2007 et le 19 Mars 2008.  60 prélèvements d’urines provenant des femmes de la population générale.  13 prélèvements par écouvillonnage endocervical provenant aussi de ces femmes.  48 prélèvements par écouvillonnage endocervical chez les travailleuses du sexe.  60 prélèvements d’urines en provenance des hommes ayant des rapports sexuels avec Pour la population générale, les participants à l’étude étaient des patients qui se présentaient au laboratoire pour un bilan gynécologique. Ils étaient avertis pour respecter les principes suivants :

Prélèvement, transport et conservation des échantillons

Un spéculum vaginal était introduit dans le vagin pour visualiser le col. Puis, on introduit un écouvillon dans le col et on imprime à celui-ci un mouvement de rotation pendant quelques secondes pour lui permettre de s’imprégner de la sécrétion. A la sortie, l’écouvillon est immédiatement placé dans un tube de 5 ml contenant un liquide de transport. La mesure du pH a été faite à l’aide d’un papier pH mis en contact avec la sécrétion vaginale sur le spéculum et reporté sur les fiches.Il est ensuite demandé au patient de se rendre dans les toilettes pour sa toilette intime avant de recueillir le premier jet d’urines dans un pot en plastique. Les urines sont alliquotées sur place à l’aide de pipettes de transfert dans des tubes de 5ml contenant le liquide de transport.

Travailleuses du sexe (TS) et hommes ayant des rapports sexuels avec d’autres hommes (MSM)

Le test Cobas Amplicor CT/NG est un test multiplex qui permet d’amplifier simultanément l’ADN de C. trachomatis, de N. gonorrhoeae et du contrôle interne. Il comporte quatre opérations principales : la préparation des échantillons, l’amplification de l’ADN cible par PCR à l ’aide d’amorces complémentaires spécifiques de C. trachomatis et N. gonorrhoeae, Hybridation de l’ADN amplifié ave des sondes oligonucléotides spécifiques des cibles et détection de l’ADN amplifié lié aux sondes par développement d’une coloration. puis centrifugés pour concentrer les cellules au fond des tubes. Après avoir enlevé le surnageant, une solution de lyse a été ajoutée pour libérer le matériel génétique. Une solution de diluant a été ajoutée puis les échantillons sont centrifugés une deuxième fois.

Nous avons mélangé chaque contrôle avec une solution de diluant pour préparer des solutions dites intermédiaires. A ces so lutions a été ajoutée une solution de lyse et les contrôles étaient ainsi préparés. Le contrôle positif de CT équivaut au contrôle négatif de NG et vice versa. Les couronnes prêtes pour analyse PCR et les cassettes contenant les réactifs adéquats sont chargées dans le système (figures 12, 13 et 14.). Les données de liste de travail et les ordres sont introduits par l’utilisateur et le système est lancé.

Le système comporte un mécanisme de transfert. Celui-ci comprend une pointe de transfert qui assure le pipetage de quantités spécifiées d’échantillons amplifiées et de réactifs (figure 15), et mesure les niveaux des différents réactifs. Cette pointe de transfert est lavée minutieusement avant et après chaque pipetage. Le mécanisme de transfert comprend également un manipulateur de cuvette D qui transfère les cuvettes D vers le portoir à cuvette D, l’incubateur, la station de lavage et le photomètre. Le Cobas Amplicor fait une amplification sélective pour détruire toute trace d’ADN et une amplification de l’ ADN cible. Les amplicons de l’ADN cible sont ensuite dénaturés puis hybridés avec des particules magnétiques revêtues de sondes. La détection se fait par le développement d’une coloration et mesure de l’absorbance à une longueur d’onde de 660 nm.