Caractérisation des sols ferrallitiques selon la classification FAO (2014)

Sols très altérés, où la réserve en minéraux altérables est très faible ou nulle. Donc hormis les minéraux résiduels (non altérables), comme le quartz, tous les autres minéraux primaires ont été altérés et transformés en minéraux secondaires (kaolinite et sesquioxydes) ; Texture sablo-limoneux ou plus fine, < 80% des fractions grossières, « pisoplinthic concretions » ou des nodules ou des restes de « petroplinthic horizon » ; CEC < 16 cmolc kgAltération peu intense liée à l’érosion et au rajeunissement des sols ; Persistance de matériaux altérables (= minéraux primaires de la roche mère) en quantité non négligeable (3% minimum) ; Structure du matériau parental est encore visible ; Sablo-limoneux ou plu fin ; SiO2/Al2O3Développés sur des matériaux basiques (basalte,…) ; Sol assez argileux, avec une dominance de la kaolinite et une persistance d’halloysite ; Structure tubulaire plutôt que feuilletée. ; Altération est moins poussée que pour les Ferralsols (sols assez « jeunes ») ; Présence des teneurs élevées en fer actif ; SiO2/Al2O3Pre-treatment: NONE: no treatment; SNV: Standard Normal Variate. The numbers indicate the derivatives (0, 1 and 2: no derivation, first and second derivatives, respectively); number of point gap (0, 4, 10); number of point for first smoothing (1, 4, 10); and number of point for second smoothing (1); N: total number of samples; out: number of outliers; n1: number of samples in the calibration set (N – out); n2: number of samples in the validation set; Mean: mean of calibration or validation sets; SD: standard deviation; SECV: Standard Error of Cross Validation; R²

Les mammifères possèdent deux types de moyens de défense contre l’infection par des pathogènes étrangers (bactéries, parasites, virus) : l’immunité innée et l’immunité acquise. Les insectes, par exemple, ne possèdent qu’une immunité innée en guise de protection. Un des composants important de l’immunité innée sont les peptides antimicrobiens cationiques qui ont été conservés dans l’évolution et sont retrouvés depuis les mammifères, jusque dans les plantes (Hancock et Diamond 2000, Ganz 2003), chez les insectes ils sont une ligne de défense importante pour résister à l’infection par les bactéries (Hoffmann et Reichhart 2002) (pour plus de détails voir III- introduction générale). Les PAMs cationiques (ou CAMPs) les plus répandus sont de petites molécules amphipatiques basiques retrouvées dans toutes les branches du vivant (plantes, animaux, micro-organismes). Les peptides antimicrobiens cationiques chargés positivement se fixent sur la surface des bactéries (LPS) chargée négativement, et créent des pores dans la membrane entrainant une fuite du matériel cytoplasmique et donc la mort de la bactérie (Nguyen, Haney, et Vogel 2011). Les bactéries pathogènes ont développé différents mécanismes pour survivre à la présence de PAMs dans leur environnement. L’exemple le plus commun est la modification de la surface cellulaire dans lequel PhoPQ joue un rôle important en régulant différents types de modification du LPS : ajout d’un aminoarabinose sur le lipide A (pbgPE), palmitoylation du LPS (PagP), hydroxylation (LpxO), et déacylation du lipide A (PagL) (Guo et al. 1998 ; Trent et al. 2001 ; John S. Gunn et al. 2000). Bader et ses collègues ont montré que des concentrations sub-optimales de CAMPs (1µg/ml de polymyxine B) sont capables de réguler positivement plus de 200 gènes chez S. Typhimurium par un facteur de 3,5 fois dont 16 gènes PhoP dépendants et de réguler négativement environ 150 gènes (Bader et al. 2003). Seul PhoQ et son environnement lipidique sont nécessaires à la reconnaissance de PAMs pouvant appartenir à différentes classes (alpha hélices et feuillet beta (Tossi, Sandri, et Giangaspero 2000)) et le mécanisme par lequel PhoQ arrive à sentir les CAMPs a été décrit par Bader et al 2005) chez S. Typhimurium (figure 4). Il a été démontré que les CAMPs se fixaient directement sur le domaine périplasmique senseur de PhoQ afin de transmettre un signal d’activation « kinase » au domaine cytoplasmique (une délétion ou encore des mutations de ce domaine ne permettent plus de réponse aux CAMPs). Il a également été mis en évidence grâce à un système in vitro que les cations divalents

Miller 1996). Bien que cet allèle réponde toujours au Mg2+ (García Véscovi, Soncini, et Groisman 1996), il est aussi atténué en virulence qu’un mutant phoQ (Miller et Mekalanos 1990) ce qui montre la nécessité d’une régulation fine des gènes PhoPQ dépendants. D’autre part il existe un allèle phoP désigné PhoP* avec une substitution d’un acide aminé en partie N-terminale. Cette substitution permet la transcription des gènes PhoP-dépendants indépendamment de la kinase PhoQ. En effet, PhoP* va s’autophosphoryler à partir de l’ACP in vivo (Chamnongpol et Groisman 2000). La nécessité d’une régulation fine des gènes PhoP dépendant est une thématique récurrente dans l’étude du régulon PhoP. Par exemple, un contrôle temporel de l’expression de PhoP a été mis en évidence chez S. Typhimurium (Park et Groisman 2013).