Détermination de l’antibiorésistance des salmonelles isolées

Détermination de l’antibiorésistance des salmonelles isolées

Un total de 139 souches de salmonelles isolées au cours de cette étude a été testé avec 16 antibiotiques différents pour la mesure de résistances. Les antibiotiques utilisés sont : AMP (ampicilline), AMC (amoxicilline + acide clavulanique), CHL (chloramphenicol), SXT (triméthoprime + sulfaméthoxazole), CEF (céfalotine), CTX (cefotaxime), CAZ (ceftazidime), SSS (sulfamides), STR (streptomycine), TET (tetracycline), CS (colistine), K (kanamycine), GM (gentamycine), NA (acide nalidixique), OFX (ofloxacine), ENR (enrofloxacine). a été effectuée à l’unité CEB (Caractérisation et Epidémiologie Bactérienne) du Laboratoire d’Etudes et de Recherches sur l’Hygiène et la Qualité des Aliments (LERHQA) de l’Anses, Maisons-Alfort. Elle a été réalisée selon la méthode de diffusion en milieu gélosé de Mueller- Hinton à partir de 16 disques d’antibiotiques (BIORAD), selon les recommandations du CLSI (CLSI, 2009). solide, des suspensions à 0.5 MC Farland sont préparées en sérum physiologique et écouvillonnées sur des géloses Mueller-Hinton. Seize disques d’antibiotiques sont apposés sur chaque gélose Mueller-Hinton. La lecture s’est effectuée 18 à 20 h après incubation à 37°C.  lecture, OSIRIS system (BIORAD), puis les résultats sont interprétés selon les recommandations du CLSI (Clinical and Laboratory Standards Institute) (CLSI, 2011). Escherichia coli ATCC 25922 a été utilisée comme souche contrôle qualité. Parmi les 139 souches de Salmonella isolées de 16 fermes avicoles et de 5 hôpitaux, la majorité était sensible à tous les 16 différents antibiotiques testés (Standards CLSI), excepté quelques sérotypes qui étaient diversement résistants. Il s’agissait de certaines souches issues des fermes avicoles dont Salmonella Colindale qui présentaient une sensibilité diminuée aux quinolones et fluoroquinolones (NA, OFX, ENR), Salmonella Limete résistante à 3 antibiotiques (SXT, SSS, TET), Salmonella Minnesota résistant à 5 classes différentes d’antimicrobiens (AMP, CHL, SXT, SSS, STR, TET) et de 2 isolats de S. Enteritidis d’origine humaine, résistant aussi aux fluoroquinolones (NA, OFX, CIP) (Tableau 32).

Séquençage du gène codant la MR observée chez Salmonella Minnesota

Notre étude a montré que la majorité des souches de Salmonella isolées était sensible à toute la gamme d’antibiotiques testée. Dans le passé, S. Colindale ne semblait porter de résistance acquise (Dione et al., 2011). Mais au cours de cette dernière décennie, un isolat a été décrit en 2008, portant le gène qnrB1 codant la sensibilité diminuée aux fluoroquinolones, associé à une résistance à l’ampicilline et au céfotaxime (Murray et al., 2008). Cette proportion non négligeable d’isolats de Salmonella Colindale d’origine aviaire, présentant une résistance aux fluoroquinolones, en particulier à l’acide nalidixique, ne faisait que compléter l’augmentation croissante des résistances bactériennes à cette molécule, observée au cours de ces dernières années (Aarestrup et al. 2003 ; Giraud et al., 2006). Les isolats de Salmonella Minnesota étaient quant à eux, multi-résistants à l’ampicilline, au chloramphénicol, au triméthoprime, aux sulfamides, à la streptomycine et à la tétracycline. A notre connaissance, aucune étude antérieure n’avait encore rapporté cette multi-résistance de S. Minnesota. Ce phénotype de multi-résistance observé pourraitt être attribué à des gènes localisés dans une structure génomique particulière appelée Salmonella Génomique Island 1 (SGI1). Cette structure est souvent associée à des résistances multiples aux antimicrobiens rencontrées chez certains lysotypes de S. Typhimurium et chez quelques bactéries à Gram négatif (Mulvey et al., 2006). Le séquençage d’une partie de cet intégron a permis de révéler deux gènes cassettes localisés au niveau de la partie variable de l’intégron de classe 1. La première cassette est identifiée par le gène dfrA1 (dihydrofolate réductase de type A1) codant la résistance au trimethoprime et la deuxième cassette par le gène aadA2 (aminoglycoside-o- adenyltransférase de type A2) codant la résistance aux aminoglycosides. Ces deux gènes dfrA1 et aadA2 codant respectivement pour la résistance au trimethoprime et à la streptomycine, sont assez fréquents chez de nombreuses salmonelles d’origines humaine, animale et environnementale (An Vo et al., 2006 ; Chen et al., 2004 ; Michael et al., 2006 : Randall et al., 2004). C’est aussi le cas de Salmonella Limete qui était résistant aux sulfamides, au triméthoprime et à la tétracycline. Les 2 isolats de Salmonella Enteritidis d’origine humaine étaient quant à eux, résistants à l’acide nalidixique, à l’ofloxacine et à la ciprofloxacine. La résistance à bas niveau de Salmonella Enteritidis aux fluoroquinolones n’est pas nouvelle. Plusieurs études menées dans de nombreux pays, ont montré que Salmonella Enteritidis, isolée chez les animaux comme chez les humains, présentait des résistances de plus en plus accrues aux antimicrobiens de la famille des fluoroquinolones (Aarestrup et al., 2003 ; Cheung et al., 2005 ; Hopkins et al., 2005). En effet, il est certain que dans de nombreux cas, la salmonellose est une infection à guérison spontanée. Cependant, dans des situations assez graves le recours aux antibiotiques est recommandé pour la guérison des malades. Le traitement habituel repose sur les bêta-lactamines (ampicilline) ou les fluoroquinolones (ciprofloxacine) ou encore sur l’association sulfamides + trimethoprime communément appelée cotrimoxazole.

 

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