Evaluation de la diversité et de la structure génétique des races bovines locales (Artiodactyla : Bovidae)

Structure phénotypique des races locales 

Caractères discriminants et classification des types phénotypiques 

L’analyse factorielle discriminante a révélé que la position de la bosse, la forme de la bosse, les couleurs de la robe et les patrons pigmentaires sont les caractères clés qui ont permis de discriminer au mieux les races locales élevées dans les zones agro-écologiques de la Vallée du fleuve Sénégal, du Sud du Bassin Arachidier et du Sénégal Oriental/Haute Casamance. La position de la bosse et la forme de la bosse avec des contributions respectives de 0,959 et 0,894, ont permis de distinguer les vaches N’Dama de celles des races zébu Gobra, zébu Maure et Djakoré. Donc, les vaches N’Dama proviendraient de la lignée taurine sans bosse. Les couleurs de la robe et les patrons pigmentaires avec des contributions respectives de 0,488 et 0,355, ont permis d’identifier zébu Maure des races zébu Gobra et Djakoré. En effet, la couleur de la robe est généralement blanche chez zébu Gobra et Djakoré, alors qu’elle est habituellement de couleur brunâtre chez zébu Maure. Les couleurs de la robe constituent ainsi un caractère fondamental qui assume que Djakoré ressemble phénotypiquement plus au zébu Gobra qu’au zébu Maure. D’après N’Goran et al. (2008), le format de l’animal et les couleurs de la robe constituent les caractères clés dans la distinction des vaches en élevage laitier. Selon la variabilité exprimée par les axes F1 et F2, la diversité phénotypique trouvée parmi les animaux parait être une variabilité entre individus plus tôt qu’une variabilité entre races. Selon la classification des types phénotypiques, N’Dama avec 100% des vaches correctement classées est l’une des races les plus homogènes. On peut alors considérer que tous les animaux échantillonnés comme étant de la race N’Dama se ressemblent phénotypiquement, si bien que cette race semble moins affectée par les croisements non contrôlés. Ce qui pourrait expliquer certainement la stabilité de la race N’Dama, d’autant plus qu’elle est pratiquement isolée des autres races par rapport à sa distribution géographique. Conformément aux études de Yapi-Gnaoré et al. (1996) et Sokouri et al. (2007), la race N’Dama de la Côte d’Ivoire a été considérée telle une population homogène car moins affectée par les croisements anarchiques. Par ailleurs, l’enquête réalisée sur l’environnement de production des races bovines a révélé que 56% des troupeaux N’Dama ne pratiquent pas la transhumance saisonnière. Cependant, le reste des troupeaux transhumant tous les ans entre les mois de juin et juillet n’excédait pas un rayon de 30 km du département de Kolda lequel constitue l’aire de dispersion de la race N’Dama et occasionnellement celle du Djakoré. Partant de ces constats, la race N’Dama de la Haute Casamance pourrait être considérée comme une race ayant retenu certains de ses traits Chapitre II — Caractérisation phénotypique des races bovines locales du Sénégal 83 Thèse de Doctorat en Génétique des Populations de pureté vu l’homogénéité des caractères partagés par ses individus et l’isolation des ses élevages. Avec 100% des vaches bien classées, Djakoré apparaît également comme une race homogène. Cependant, aucune des vaches Djakoré n’a été classée parmi les races zébu Gobra ou N’Dama, bien que la race Djakoré est supposée résulter du croisement naturel entre zébu Gobra et N’Dama (Broutin et al., 2000). Vu l’homogéneité de cette race, on supposerait que Djakoré aurait acquis au cours du temps des caractères qui lui sont propres. Malgré la pression des croisements non contrôlés qui sévissent dans le Sud du Bassin Arachidier, Djakoré est devenue une race stabilisée. Cela prouve que les caractères que Djakoré a hérités de ces deux parents ont évolué progressivement pour devenir constants et ont favorisé les conditions d’adaptation et de développement de cette race dans son environnement de production local. Contrairement au Djakoré, la race Méré de la région nord de la Côte d’Ivoire (Korhogo) a été considéré comme une race nouvellement fixée (Sokouri et al., 2007). Par ailleurs, il s’avère que les agro-éleveurs du Sud du Bassin Arachidier préfèrent mieux cette race à cause de son format qui est compatible à la traction (Touré, 1977). Effectivement, les enquêtes ont révélé que chez 22% des troupeaux Djakoré, les vaches étaient utilisées pour la production laitière et les travaux agricoles. Les vaches Gobra ont été correctement classées dans 94,12% des cas. Cependant, 5,88% des individus qui se trouvent incorrectement classés chez la race Djakoré, montrent que zébu Gobra présente en son sein une hétérogéneité phénotypique ; et par conséquent sont sujettes aux croisements incontrôlés. D’ailleurs, quelques éleveurs du Sud du Bassin Arachidier ont tendance à confondre les bovins zébus Gobra de ceux Djakoré à cause de la ressemblance des deux phénotypes. Une continuité de ces accouplements anarchiques dans cette zone pourrait mettre en danger zébu Gobra au profit du Djakoré. Chez zébu Maure, 95% des cas ont été correctement classés ; toutefois, 5% ont été incorrectement classés dans la race zébu Gobra. Les bovins zébus Maure se trouvent également concernés par la reproduction non surveillée dans le Sud du Bassin Arachidier et dans la Vallée du Fleuve Sénégal. Les investigations menées dans cette étude ont montré que 67% des troupeaux zébus Maure ne pratiquent pas la transhumance. Néanmoins, 75% des troupeaux zébu Gobra – zébu Maure qui se déplacent tous les ans à Debi (localité située près du parc de Djoudj, dans le département de Saint-Louis) croisent régulièrement des troupeaux des mêmes races. En effet, les bovins zébus Gobra et zébus Maure se reproduisent souvent sans aucun contrôle dès lors qu’ils soient élevés dans les mêmes troupeaux et les mêmes environnements de production. Ces croisements intenses notés entre ces deux races pourraient favoriser la Chapitre II — Caractérisation phénotypique des races bovines locales du Sénégal 84 Thèse de Doctorat en Génétique des Populations disparition de certains de leurs caractères spécifiques qui permettaient de les distinguer car elles appartiennent à la même sous-espèce. Partant de ces constants, on pourrait supposer qu’au sein des races zébu Gobra et zébu Maure, tous les individus ne partagent pas les mêmes caractères phénotypiques standards qui caractérisaient ces races d’où le classement incorrect de certains animaux décelé par l’analyse factorielle discriminante.

Typologie des vaches 

La corrélation entre variables par l’analyse factorielle des correspondances multiples a permis d’identifier deux groupes phénotypiques de vaches. Ces goupes sont différenciés principalement par leur format, les couleurs de leur robe et leur production laitière. Les animaux du groupe phénotypique I, caractérisés par une bosse de taille et de forme variables, une couleur unique de la robe et une assez bonne production laitière variant entre 2 et 4 litres voire supérieure à 4 litres, appartiennent aux races zébu Gobra, zébu Maure et Djakoré. Les animaux du groupe II qui se distinguent par l’absence de bosse, des couleurs composées de la robe et une faible production laitière inférieure à 2 litres, correspondent aux vaches N’Dama. D’après la classification et la typologie des vaches, ces deux groupes correspondraient aux phénotypes zébu et taurin. En accord à nos résultats, nous émettons l’hypothèse selon laquelle, les races bovines locales élevées au Sénégal constitueraient au niveau phénotypique, trois groupes que sont : Djakoré, zébus (Gobra – Maure) et N’Dama. D’après cette classification, nous posons la question à savoir si l’existence de ces trois groupes ne serait – elle pas liée à la structure génétique actuelle de ces populations? 

 Appréciation des traits d’importance économique des vaches et effets des facteurs environnementaux fixes 

 Paramètres de production  Production laitière

 La production moyenne laitière des vaches locales est de 2,1 ± 1,1 litres par jour. D’après les études de Mondal et al. (2005), la production laitière moyenne des vaches du Bangladesh (races métisses et locales) régulièrement alimentées de résidus de récolte mais souvent limitées pour le pâturage pouvait atteindre en moyenne 2,9 litres par jour. Le rendement laitier journalier des vaches zébus Gobra et zébus Maure (2,7 ± 1,4 et 2,6 ± 0,7 litres, respectivement) est significativement supérieur à celui des vaches Djakoré et N’Dama (1,7 ± 0,7 et 1 ± 0,4 litres, respectivement). La production laitière est donc relativement liée au phénotype de l’animal. Là, nous ne pouvons pas absolument prétendre l’effet de l’alimentation Chapitre II — Caractérisation phénotypique des races bovines locales du Sénégal 85 Thèse de Doctorat en Génétique des Populations du moment que plus de 56% des troupeaux zébu Gobra, zébu Maure, Djakoré, zébus Gobra – zébu Maure et zébu Gobra – Djakoré sont régulièrement conduits en mode pâturage ; hormis 50% des élevages Djakoré – zébu Maure, qui, en plus du pâturage, nourrissent leurs animaux avec des résidus de récolte et des aliments de bétail industrialisés. Dans cette étude, si bien que les vaches zébus Gobra se montrent meilleures productrices parmi les vaches locales ; cependant leur production reste faible devant les 4,8 litres de lait/jour produits par les zébus tropicaux (Bunaji) du Nigéria en élevage semi-intensif (Kanai et al., 2013). L’analyse de l’effet du type d’exploitation sur la production laitière montre que les vaches élevées dans des exploitations traditionnelles et moderne ont un rendement supérieur (2,2 et 3 litres) à celles du Centre de Recherches Zootechniques de Kolda (0,6 litre). Cette différence pourrait être liée à la complémentation alimentaire car les vaches du CRZ de Kolda évoluent dans un système agropastoral et sont complémentées par des concentrés à la différence de celles des exploitations traditionnelles et moderne qui sont en général complémentées en plus des concentrés par des aliments industrialisés. En général, les races bovines locales d’Afrique sont caractérisées par un potentiel génétique laitier relativement faible, car elles ont développé des traits relatifs à la résistance aux maladies, à la chaleur et à la capacité d’absorber de la nourriture de mauvaise qualité. Cependant, cette adaptation à l’environnement naturel n’offre pas à ces races l’opportunité d’être sélectionnées pour une bonne production laitière. Ce faible potentiel génétique pour la production constitue ainsi un facteur limitant qui pourrait être levé par des croisements orientés basés sur une sélection moléculaire des génotypes pourvus des meilleurs variants de production (surtout pour le rendement laitier, la qualité du lait et les aptitudes fromagères).  Durée de lactation Chez les vaches locales élevées majoritairement dans un système agropastoral, la lactation dure en moyenne de 223 ± 109,3 jours. La valeur estimée de la durée de lactation est plus faible que la valeur standard (305 jours) laquelle est désirable pour une production laitière rentable (Kumar et al., 2014). Selon les estimations de Mondal et al. (2005), la durée de lactation en élevage semi-intensif des vaches du Bangladesh (races locales et métisses) est légèrement plus longue avec une moyenne de 256,91 ± 38,83 jours. La durée de lactation des vaches zébus Maure est plus courte (178,5 ± 69,8 jours) que celle des vaches N’Dama (269,2 ± 110,8 jours). Cette différence pourrait être liée à l’alimentation et non à la conduite sanitaire d’autant plus que les investigations menées dans cette étude ont montré que les troupeaux N’Dama avaient un suivi sanitaire plus régulier que les élevages zébu Maure. Hors, d’après Chapitre II — Caractérisation phénotypique des races bovines locales du Sénégal 86 Thèse de Doctorat en Génétique des Populations Leye (2012), l’alimentation constitue un important facteur pour l’entretien et la production des vaches, car elle apporte tous éléments énergétiques, protéiques et minéraux dont elles ont besoin. La durée de lactation des vaches locales est significativement influencée par l’année de vêlage. Les vaches ayant vêlé en 2013 (177,83 ± 6,92 jours) présentent une durée de lactation plus courte que celles ayant mises bas en 2012 (367,53 ± 13,73 jours) et 2011 (720 ± 53,20). Ces différences pourraient être liées aux variations climatiques d’une année à l’autre. Des variations similaires liées à l’année ont été observées chez les bovins Girolando du Benin (Doko et al., 2012). D’autre part, le mois de vêlage et le stade de lactation ont contribué significativement pour 60,8% et 51,2%, respectivement sur la variation des lactations.

 Paramètres de reproduction 

 Age au premier vêlage

 Le premier vêlage chez les vaches locales élevées dans différents types d’exploitation survient à 50,4 ± 10,7 mois en moyenne. L’analyse de variance n’a révélé aucune différence significative de l’âge moyen au premier vêlage entre les races locales, et par conséquent, en milieu paysan, l’âge au premier vêlage apparaît tardivement. Bien que le premier vêlage intervient tardivement, toutefois, il est dans l’intervalle de la norme établie chez les bovins (26- 60 mois) (Amin et al., 2013). Contrairement à nos résultats, Sokouri et al. (2010) ont montré que les vaches N’Dama et Baoulé de la Côte d’Ivoire ont été plus précoces que le Zébu en milieu traditionnel avec un âge moyen au premier vêlage de 40 mois et 50 mois, respectivement. Par ailleurs, l’analyse de variance montre que les vaches des élevages zébu Gobra, zébu Maure et Djakoré ont été significativement plus précoces au premier vêlage (45,8 ; 48,6 et 48 mois, respectivement) que celles des troupeaux Djakoré – zébu Maure (63,4 mois). Ces différences dans le cas de cette présente étude pourraient être liées à l’alimentation car les animaux des troupeaux Djakoré – zébu Maure sont uniquement complémentés par des aliments de bétail industrialisés alors que les autres troupeaux sont complémentés en plus par des concentrés. D’après les travaux de Sokouri et al. (2010), une différence dans la conduite alimentaire pourrait influencer l’âge au premier vêlage. D’ailleurs, il a été démontré par plusieurs auteurs que la variation de l’âge au premier vêlage pouvait être liée aux conduites alimentaires ou l’état sanitaire des animaux. Ceci supporte le concept selon laquelle une bonne alimentation dès la naissance pourrait favoriser un âge précoce au premier vêlage. Or, des études antérieures ont montré que la gestion de l’alimentation et l’état sanitaire déterminent le taux de croissance pré-pubertaire et le développement de la reproduction (Amin et al., 2013). L’analyse des moyennes des moindres carrés a montré que l’année de naissance a eu un effet significatif sur l’âge au premier vêlage, ce qui confirme les résultats obtenus par Doko et al. (2012). La variabilité de l’âge au premier vêlage entre les années de naissance pourrait s’expliquer par le fait que la croissance des génisses n’est pas uniforme et par conséquent, elles ne sont pas mises à la reproduction au même âge. En plus, les caractéristiques de l’alternance des saisons climatiques en élevage tropical peuvent expliquer ce phénomène. L’analyse de variance a également montré l’effet significatif de la parité de vêlage et donc, un âge au vêlage court promet une longue carrière reproductive.  Intervalle vêlage-vêlage L’intervalle moyen entre deux vêlages (IVV) des vaches locales est de 617,3 ± 245,9 jours soit 20,6 ± 8,2 mois. L’analyse de variance a montré que les vaches zébus Gobra (523,6 ± 188 jours), zébus Maure (528,8 ± 179,6 jours) et Djakoré (544,6 ± 170,5) ont un intervalle vêlage-vêlage plus court que celui des vaches N’Dama (900 ± 242,7 jours). Contrairement aux résultats de Sokouri et al. (2010), la vache N’Dama en milieu paysan présentait un intervalle vêlage-vêlage plus court (428 jours) que le Zébu (474 jours). Ces variations de l’intervalle vêlage-vêlage pourraient être dues aux effets génétiques, environnementaux, alimentaires ou aux différentes pratiques d’élevage (Mondal et al., 2005 ; Sokouri et al., 2010). Selon Amin et al. (2013), la variabilité de l’intervalle vêlage-vêlage peut être également due au nombre de services par conception, à la durée de la cyclicité post-partum et la durée entre un vêlage et la conception suivante. Les intervalles vêlage-vêlage de cette étude et plus particulièrement chez les vaches N’Dama sont généralement plus élevés que l’intervalle de 12 mois attendu dans les fermes commerciales laitières (Tadesse et al., 2010 ; Amin et al., 2013). Selon Weldeslasse et al. (2012), l’intervalle vêlage-vêlage devrait varier entre 12 et 13 mois chez les bovins afin de maximiser l’efficacité et la rentabilité de la reproduction dans les élevages laitiers. Les longs intervalles vêlage-vêlage sont généralement associés à une mauvaise détection des chaleurs et aux mauvaises conduites alimentaires. Effectivement, les investigations de cette étude ont montré que chez 50% et 67% des élevages zébu Gobra et N’Dama respectivement, la nourriture est souvent limitée. Par ailleurs, la distribution en fréquences cumulées des intervalles vêlage-vêlage selon la race montre que 38% des vaches ont un intervalle vêlage-vêlage optimal (12 à 13,5 mois), et donc la majorité présente un IVV supérieur à 720 jours. Des résultats comparables ont été obtenus chez les vaches Holstein Frisonne en Ethiopie (Tadesse et al., 2010). Chez les vaches locales élevées au Sénégal, la période entre un vêlage et une nouvelle conception dure longtemps ; ceci pourrait être majoritairement lié au génotype de l’animal, au type d’élevage, à l’alimentation et au suivi de la reproduction (Amin et al., 2013). Conclusion partielle Les principaux caractères discriminants ont permis d’identifier quatre types phénotypiques que sont zébu Gobra, zébu Maure, Djakoré et N’Dama. Par la classification et la typologie des vaches, deux groupes phénotypiques ont été distingués : zébu et taurin. Les éléments clés de cette étude sont d’une part que Djakoré est phénotypiquement plus proche du zébu Gobra que de N’Dama ; et d’autre part, elle est devenue une race homogène stabilisée dans le Sud du Bassin Arachidier. Ainsi, il y a eu une émergence du Djakoré de l’élevage bovin du Sénégal dont certains de ses caractères restent encore ignorés. Cependant, est-il prématuré de s’inquiéter des conséquences observées de la reproduction non contrôlée dans la Vallée du Fleuve Sénégal et le Sud du Bassin Arachidier, dont les plus exposés restent les zébus Gobra et Maure? Ou plutôt, faut-il les impliquer dans la conservation des ressources génétiques animales pour améliorer leurs conditions de gestion? Du point de vue général, l’appréciation des traits d’importance économique fait état d’une faible production laitière des races locales. En accord avec nos résultats, les vaches zébus Gobra et Maure constitueraient les meilleurs génotypes pour l’amélioration du potentiel génétique des vaches locales dans les zones d’excellence à vocation agropastorale du Sénégal. Afin de développer un élevage laitier rationnel face aux exigences socio-économiques et aux changements globaux, il est important de revoir les conditions de gestion des animaux dans leurs environnements locaux de production, car les facteurs environnementaux tels que l’année de vêlage, le mois de vêlage, la parité de vêlage, l’année de naissance et le stade de lactation ont une influence importante sur l’efficacité et la rentabilité de production et de reproduction dans ces élevages fragilisés. Toutefois, il est important de souligner qu’à l’heure actuelle, le développement de l’élevage ne peut se faire sans une sélection génétique efficiente et orientée (basée sur les gènes de production laitière, les lactoprotéines) pour mieux optimiser les taux de réussite de l’insémination artificielle. A la suite de cette étude, la caractérisation moléculaire pourrait spécifiquement apporter des arguments solides sur la structure génétique de ces populations.