Exemple de développement de tests ICT la COVID-19

Le SARS-CoV-2 est le virus responsable de la Covid-19. Ce coronavirus hautement pathogène a été découvert en décembre 2019 dans la ville de Wuhan (Chine). Le 30 janvier 2020, le SARSCoV-2 a été officiellement désigné comme une urgence de santé publique de portée internationale par l’OMS, puis déclaré pandémique le 11 mars 2020. C’est un virus à ARN simple brin de polarité positive qui appartient au genre des betacoronavirus. Le SARS-CoV-2 est principalement transmis par les microgouttelettes et aérosols et a un tropisme particulier pour le système respiratoire supérieur (nez, trachée) et inférieur (bronches, poumons). Le SARS-CoV-2 possède quatre protéines structurelles, à savoir les protéines S (spike ; S1 et S2), E (enveloppe), M (membrane) et N (nucléocapside). La protéine N contient le génome ARN, et la protéine S est celle qui permet au virus de s’attacher à la membrane d’une cellule hôte et de fusionner avec elle. (44) Plus précisément, la sous-unité S1 contient un domaine de liaison au récepteur qui reconnaît et se lie au récepteur de l’hôte sur la membrane cellulaire. L’infection commence lorsque les particules virales se lient aux récepteurs cellulaires de la surface de l’hôte. Les tests antigéniques qui utilisent la technologie d’ICT, sont couramment utilisés pour diagnostiquer les agents pathogènes respiratoires, notamment les virus de la grippe et certains virus respiratoires. Bien que les tests antigéniques pour la détection du SARS-CoV-2 soient généralement moins sensibles que les tests PCR, ils ont été dès le début de la crise sanitaire l’un des moyens de diagnostic le plus utilisé. Ainsi la Food & Drug Administration (FDA) des ÉtatsUnis a accordé une autorisation d’utilisation d’urgence (EUA) pour les tests antigéniques qui peuvent identifier le SRAS-CoV-2. (45)(46) Toutes ces mesures ont permis d’accélérer la mise sur le marché de ces tests ICT et les premiers tests ont pu être utilisés seulement quelques mois après le début de la crise sanitaire. Les tests antigéniques ont été utilisés pour des tests de dépistage dans des lieux d’hébergement collectif à haut risque, tels que les maisons de retraite, où des tests répétés ont permis d’identifier rapidement les personnes atteintes du Covid-19, ce qui a permis de diagnostiquer, d’isoler les personnes porteuses, et donc de prévenir la transmission. Dans un contexte d’urgence sanitaire, la rapidité d’exécution des tests est essentielle, il est intéressant de fournir des résultats immédiats à l’aide de tests ICT, même si leur sensibilité est inférieure à celle des tests PCR. (47) Exemple de développement de tests ICT la COVID-19 57 Les tests ICT sont représentés par 2 tests principaux : – Les tests antigéniques et autotests détectent la présence de protéines virales et donnent des résultats positifs lorsque la personne est la plus infectieuse. Les tests antigéniques ont été utilisés pour des tests de dépistage dans des lieux d’hébergement collectif à haut risque, tels que les maisons de retraite, où des tests répétés ont permis d’identifier rapidement les personnes atteintes du Covid-19, ce qui a permis de diagnostiquer, d’isoler les personnes porteuses, et donc de prévenir la transmission. – Les tests sérologiques détectent la réponse du système immunitaire contre le virus et ne sont pas efficaces durant la première phase de l’infection. Les tests sérologiques peuvent être fait en laboratoire, mais aussi à l’aide du TROD (sur sang capillaire) directement à proximité du patient.

Les différents types de prélèvements

Les tests antigéniques

Les 3 principaux types de prélèvements utilisés sont : le prélèvement naso-pharyngé, oropharyngé et nasal. (Figure 24) Figure 24 : Les différents types de prélèvements des tests antigéniques Prélèvement naso-pharyngé Prélèvement oro-pharyngé Prélèvement nasal 59 Comme nous pouvons le voir, ces prélèvements sont effectués dans les voies aériennes supérieures comprennent les fosses nasales, le pharynx subdivisé en nasopharynx, oropharynx et laryngopharynx, et enfin le larynx. (Figure 25) Figure 25 : Anatomie des voies aériennes supérieures La réalisation d’un prélèvement naso-pharyngé, oro-pharyngé ou nasal à des fins diagnostiques d’infection par SARS-CoV-2 doit être réalisée avec un écouvillon. Les écouvillons floconnés/floqués faits de fibre synthétique (polyester, nylon type Dacron®) sont recommandés. (Figure 26) La tige doit être flexible, sécable en cas d’utilisation de milieu de transport virologique et préférentiellement être faite de plastique. L’utilisation d’écouvillons faits de coton ou d’alginate de calcium n’est pas recommandée (risque d’inhibition de la RTPCR notamment). Pour le prélèvement naso-pharyngé et nasal, l’écouvillon doit avoir un diamètre fin alors que le diamètre peut être plus grand pour le prélèvement oro-pharyngé. Figure 26 : Types d’écouvillons a) Écouvillon floqué b) Écouvillon type Dacron®/Rayon Le prélèvement naso-pharyngé reste la référence pour le diagnostic de l’infection par SARS-Cov-2 puisqu’il s’agit d’un prélèvement effectué par un personnel formé et a) b) 60 habilité. En outre, sa réalisation est homogène dans sa réalisation et que ses performances de sensibilités sont bonnes et reproductibles. § Le prélèvement oro-pharyngé, s’il semble plus facile à réaliser et accessible à plus de préleveurs, est de qualité plus hétérogène et il existe un risque non négligeable de prélèvements non informatifs, en particulier en cas d’auto-prélèvements oro-pharyngé. Par ailleurs, si les performances de sensibilité du prélèvement oro-pharyngé semblent correctes dans la phase précoce de l’infection par SARS-CoV-2 chez le patient symptomatique comparées au prélèvement naso-pharyngé, elles sont plus aléatoires chez les individus asymptomatiques. (49) § Moins invasifs que sur prélèvement naso-pharyngé, les tests antigéniques (et autotest) sur prélèvement nasal ont l’avantage d’allier rapidité de résultat et possible utilisation de manière répétée chez un plus large public (notamment les enfants). Complémentaires aux tests PCR et antigéniques réalisés par des professionnels de santé, ils sont un instrument d’auto-surveillance. Ils contribuent à faire de chacun un acteur de la lutte contre l’épidémie. Au vu de leur facilité d’usage et de leur rapidité, les autotests représentent en effet une opportunité de tester les publics qui le sont peu aujourd’hui. Les tests antigéniques nasaux pouvant être utilisés chez les adultes et chez les enfants, la HAS considère qu’une utilisation plus large de leur forme autotest présente un intérêt en milieu scolaire. Elle recommande ainsi la mise en place de dépistages itératifs à large échelle par autotests antigéniques nasaux au sein des écoles maternelles et primaires, des collèges, des lycées et des universités, à la fois chez les élèves, les enseignants et le personnel en contact avec les élèves. La HAS est favorable à la prise en charge par la collectivité des autotests dans ces milieux scolaires et universitaires. La mise à disposition gratuite d’autotests dans ces structures permettrait d’éviter les iniquités d’accès renforçant ainsi l’acceptabilité et donc l’efficacité d’un tel dépistage. La HAS estime que les autotests peuvent également être utilisés dans la sphère privée en complément des tests déjà disponibles (par exemple, avant une rencontre avec des proches ou dans le cadre d’accès à des activités en espace clos : restauration, cinéma, spectacles vivants, etc.). L’autotest devra idéalement être réalisé le jour même ou à défaut la veille de la rencontre/activités. (50) Cependant, les performances de sensibilité s’avèrent être plus faibles sur le prélèvement naso-pharyngé qui reste la référence.