Le microbiote intestinal

Le microbiote intestinal

Le Système digestif 

Anatomie et fonctions du Système digestif 

Appelé communément tube digestif, le tractus gastro intestinal humain, est l’ensemble des organes et glandes annexes permettant l’ingestion et la digestion des aliments. Il en assure la dégradation, la transformation, l’assimilation dans le sang et sa redistribution aux différentes cellules du corps humain mais également l’élimination des résidus de l’organisme. Il s’agit d’un tube creux, irrégulier allant de la cavité buccale à l’anus et composé de plusieurs segments : – La cavité buccale, – Le pharynx, – L’œsophage, – L’estomac, – L’intestin grêle, – Le gros intestin, Sa longueur est d’environ 10m et il est annexé de quatre types de glandes : – Les glandes salivaires, – Les glandes gastriques, – Le foie, – Le pancréas. 

Les organes du tube digestif

La cavité buccale

 La digestion est amorcée dans la cavité buccale. Elle va jouer deux rôles : dans un premier temps, la mastication, qui joue un rôle mécanique permettant le broyage des aliments. Pour cela, les muscles masticateurs ainsi que les dents vont jouer un rôle prépondérant dans la préparation du bol alimentaire. Bloqués par la langue les aliments sont machés par les dents. Les muscles masticateurs permettent le déplacement de la mandibule en cycles successifs. La dentition d’un adulte est composée de : o 4 incisives sur chaque mâchoire située au centre permettant la coupe des aliments o 2 canines sur la mâchoire du haut et 2 sur celle du bas situées de part et d’autre des incisives, en forme de lance, assurant la lacération o S’en suit 4 prémolaires sur la partie supérieure et 4 sur la partie inferieure dont leurs rôles et de broyer les aliments o Et enfin, 12 molaires, plus volumineuses, qui vont, avec les prémolaires assurer le broyage et la mastication des aliments. 4 Dans un second temps, la constitution du bol alimentaire, qui est le mélange de la salive avec les aliments. Avant de commencer la mastication proprement dite, la vue et les arômes de la nourriture déclenchent une production supplémentaire de salive. Les aliments ingérés et mastiqués sont imprégnés de salive et forment une masse compacte homogène, placée sur la partie supérieure de la langue, prête à être déglutie en un seul temps. La formation du bol alimentaire constitue le temps buccal de la digestion. Chez l’homme, le bol alimentaire va être porté au pharynx grâce à une contraction volontaire : c’est la phase pharyngienne. La langue, muscle puissant propulse ce bol alimentaire, lors de la déglutition de la cavité buccale vers le pharynx. La salive contient des enzymes, les amylases, qui vont commencer la digestion chimique des glucides. 

Le pharynx

 Le pharynx, plus couramment appelé gorge, est un conduit musculo-membraneux creux, vertical, mesurant environ 13 cm, d’un diamètre de 5 cm dans sa partie supérieure et de 3 cm dans sa partie inférieure. C’est un véritable carrefour entre les voies aériennes et les voies digestives, il conduit les aliments à l’œsophage. On peut lui distinguer trois parties distinctes : – Le nasopharynx ou rhinopharynx, qui communique avec les cavités nasales par leurs orifices postérieurs. Il est également relié aux oreilles par la trompe d’Eustache, ou trompe auditive. – L’oropharynx, c’est la partie centrale du pharynx situé à l’arrière de la cavité buccale et ouvert sur l’œsophage, flanqué des amygdales – Le laryngopharynx, relie le larynx qui précède l’œsophage en ce rétrécissant sous forme d’entonnoir. Dans la déglutition le pharynx assure le transit des aliments ou des liquides ingérés de la bouche vers l’œsophage. Afin d’empêcher leur passage dans les voies aériennes, la luette et l’épiglotte vont respectivement fermer l’accès aux fosses nasales et au larynx. 

L’œsophage

 Situé entre le pharynx et l’estomac, l’œsophage mesure 23 à 25 cm de long. Ce conduit tubulaire thoracique, de 2 à 2.5 cm de diamètre, musculeux et fermé permet le passage du bol alimentaire, par de nombreuses contractions. À son extrémité supérieure, il est doté d’un sphincter empêchant le reflux des aliments, alors qu’il en est dépourvu à son extrémité inférieure. Il a pour fonction de faire descendre les aliments mastiqués dans la bouche vers l’estomac, où la digestion se poursuivra. L’œsophage véhicule les aliments de manière active grâce à la contraction de ses muscles, phénomène appelé « péristaltisme ». Il est composé de 3 parties : – La première, cervicale, situé à la base du coup, – La deuxième, thoracique, la plus longue, qui se termine au niveau du hiatus œsophagien (ouverture du diaphragme qui permet le passage de l’œsophage). – Sa partie abdominale, qui commence à cet orifice œsophagien, et trouve sa fin au niveau de la cardia, lieu de communication avec l’estomac. Dans cette partie, le tractus digestif va se composer de 4 couches concentriques qui sont de l’intérieur vers l’extérieur : – La couche muqueuse, revêtu d’un épithélium stratifié est un tissu conjonctif lâche très richement vascularisé et comprenant de nombreuses cellules immunitaires, ainsi que des glandes à mucus. Cependant ce mucus ne permet pas de résister à l’acidité des reflux gastriques. – La sous muqueuse est plus dense, également constituée de tissu conjonctif, où l’on trouve des vaisseaux, des nerfs et des glandes œsophagiennes – La couche musculeuse, comme son nom l’indique va être composée de cellules musculaires striées organisées en muscles striés et de cellules musculaires lisses principalement dans le tier inferieur. Grace a cette structure musculaire, il va y avoir une propagation d’onde de contraction, le péristaltisme et qui va permettre le mélange et l’avancée des aliments dans le tube digestif.

Table des matières

Introduction
I. Le Système digestif
A. Anatomie et fonctions du Système digestif
1. Les organes du tube digestif
a. La cavité buccale
b. Le pharynx
c. L’estomac
d. L’œsophage
e. L’intestin grêle
f. Le côlon
2. Les glandes annexes
a. Les glandes salivaires
b. Les glandes gastriques
c. Le pancréas
d. Le foie
3. Le péritoine
B. Le système immunitaire
1. L’immunité innée
2. L’immunité adaptative
II. Le microbiote intestinal
A. Définition et facteurs d’établissement du microbiote
B. Méthodes d’analyses du microbiote
1. Les modèles in vivo
2. Les modèles d’études in vitro
a. Modèles d’études statiques
b. Modèles de digestion dynamique
3. Le séquençage et la métagénomique
a. Le séquençage ciblé
b. La métagénomique globale
c. Le NIH Human Microbiome Project (HMP)
C. Composition du microbiote
D. Rôles
1. Effet de barrière contre les entéropathogènes
2. Interaction avec le système immunitaire
3. Fonctions métaboliques du microbiote
a. Le métabolisme des glucides
b. Le métabolisme des gaz
c. Le métabolisme des protéines
d. Le métabolisme des lipides
III. Les probiotiques
A. Histoire et définitions
1. Histoire
2. Définitions
B. Critères de sélection
1. Absence de toxicité ou pathogénie
2. Production à grande échelle
3. Survie le long du tractus digestif
4. Adhérence au mucus ou à des cellules intestinales
5. Capacité à avoir des effets bénéfiques sur la santé
C. Classification des microorganismes probiotiques
1. Les bactéries lactiques
a. Les lactobacilles
b. Les bifidobactéries
c. Les coques
2. Les levures
3. Les bactéries non lactiques
D. Les probiotiques sur le marché actuellement
1. Spécialités dotées d’une AMM
2. Spécialités sur le marché sans AMM
IV. Avancées thérapeutiques ciblant le microbiote
1. Obésité et troubles métaboliques associés
a. Lien entre microbiote et obésité
b. Thérapeutique par la modulation du microbiote
2. Allergies et microbiote
a. Implication du microbiote dans l’allergie
b. Modulation du microbiote et prise en charge de l’allergie
3. Les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI)
a. Les MICI et le microbiote intestinal
b. Modulation du microbiote intestinal
4. Syndrome de l’intestin irritable
a. SII et microbiote intestinal
b. Modulations du microbiote dans le SII
5. Diarrhées et Microbiote intestinal
a. Diarrhées aigües infectieuses
b. Diarrhée post antibiotique
6. Transplantation de microbiote fécal (TMF)
a. Explication et cadre législatif de la méthode
b. Composition et Mécanisme d’action
c. Indications
Conclusion

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