Les indications de l’imagerie médicale

Segmentation fondée sur les contours

La segmentation par approche contours vise à délimiter les objets selon leurs contours. Ces approches ne se basent généralement pas sur les intensités mais sur les variations d’intensité dans l’image, significatives aux frontières entre régions. Différentes méthodes ont été proposées. L’approche locale de détection de contours consiste à balayer l’image avec une fenêtre définissant la zone d’intérêt. Nous avons des Opérateurs simples tel que celui de Robert, de Prewitt, ou de Sobel. Ces opérateurs peuvent donner des résultats acceptables sur des images peu bruitées, mais il existe des méthodes beaucoup plus performantes comme Opérateurs optimaux tel que celui de Canny , Deriche , Shen et Castan . Approche contour actif Les contours actifs apparaissent comme un outil pertinent pour parvenir à implémenter ce problème de minimisation puisqu’ils permettent de faire évoluer un contour vers l’objet d’intérêt. Le principe des contours actifs est de faire évoluer une courbe initiale vers l’objet d’intérêt. L’évolution de cette courbe se fait sous l’action d’une force, qui est généralement déduite de la minimisation d’une fonctionnelle.

Contours actifs classiques : Les premiers contours actifs ont été introduits par Kass et al. Sous le nom de snakes [16]. La déformation du contour est fondée sur la minimisation d’une énergie. Celle-ci est exprimée comme la somme d’un terme d’attache aux données (lie à l’image) et d’un terme de régularisation (lie à l’´élasticité α et la rigidité β du contour). [17]. Contour actif level set : La méthode des courbes de niveau, plus connue sous son nom anglophone de level set, a été présentée par Sethian et Osher en 1988. Les méthodes des Ensembles de niveaux représentent implicitement un contour via la fonction de Lipschitz bidimensionnelle continue Φ(𝑥, 𝑦): → 𝑅 définie sur le plan de l’image. La fonction Φ(𝑥, 𝑦) est nommée fonction Level set (ensemble de niveau) [19] Ces méthodes mènent à de bonnes segmentations d’objets dont les bords correspondent aux forts gradients de l’image. Mais dans le cas où la frontière entre les régions n’est pas bien marquée, ce qui est le cas par exemple des images fortement bruitées, les informations locales type «gradient» ne sont plus suffisantes et les résultats de segmentation deviennent très dépendants de l’initialisation de la courbe active. Ces approches, dont la formulation primaire entraine une grande complexité algorithmique, nécessitent des algorithmes améliorés comme la Fast Marching Level Set Method pour leur implémentation pratique [17]

Introduction d’une connaissance à priori : Les résultats de la segmentation par contours sont particulièrement dépendant des prétraitements réalises sur l’image, nécessaires pour stopper l´évolution du contour sur les frontières des objets. De manière générale, les méthodes orientées contours sont particulièrement sensibles à l’initialisation, le contour initial devant ne pas être trop éloigné des objets considérés. Ainsi, si l’objet à segmenter est altéré par du bruit, des occlusions ou un faible contraste au niveau de ses bords, le résultat est largement influencé par ces artefacts qui dégradent la qualité de l’extraction. Ceci est particulièrement critique pour le cas de certaines images (exemples des images médicales) qui ont un faible rapport signal sur bruit et présentent des objets dont certaines parties sont occultées. De ce fait, l’insertion de connaissances de forme a priori dans le processus de segmentation a été la première et la plus active à résoudre ce problème. Afin de guider le processus de segmentation, des contraintes ou des modèles concernant l’objet à segmenter peuvent être introduits, au travers d’un terme supplémentaire dans la formulation de l’énergie De façon générale, la contrainte de forme est introduite par une métrique permettant de comparer le contour actif en évolution avec la forme a priori [20].

Approche contextuelle par morphologie mathématique

La morphologie mathématique est une branche des mathématiques fondée sur l’étude des ensembles permettant d’analyser les structures géométriques. Cette méthode qui a vu le jour à l’Ecole des Mines de Paris, entre 1964 et 1968, sous l’impulsion de G. Matheron puis de J. Serra, a donné lieu depuis, à de nombreux développements. Elle a connu durant ces deux dernières décennies de nombreux développements, tant sur le plan théorique que pratique. Elle couvre aujourd’hui un éventail de champs d’application assez large, touchant notamment à la robotique et la vision industrielle, l’imagerie médicale ou encore le multimédia [21] La ligne de partage des eaux La LPE vient du domaine de la morphologie mathématique et possède des propriétés intéressantes utilisables pour différentes applications d’images médicales. La LPE présente beaucoup de concept comme la détection de discontinuités, le traitement, la segmentation, elle produit des résultats plus stables de segmentation. La LPE décompose une image en région qui représente les zones d’influences des intensités des minima locaux. En analogie avec la topographie, si l’image est considérée comme une carte d’altitude, chaque région du bassin hydrographique est un bassin versant distinct, séparés des bassins adjacents par des crêtes d’intensité plus élevée. Pour cette raison, l’application de la LPE sur une image gradient, est un moyen efficace de séparer les objets par leurs contours. [23]

Application en segmentation

La ligne de partage des eaux est l’outil de segmentation par excellence en morphologie mathématique. Cette approche a été introduite par Beucher et Lantuejoul (Beucher et Lantuejoul, 1979), elle a été largement étudiée et obtenu des résultats encourageants dans la segmentation d’images [25]. Généralement, l’algorithme de ligne de partage des eaux est appliqué sur l’image gradient de l’image à segmenter. La ligne de partage des eaux va coïncider avec les crêtes de l’image gradient. Cette transformation morphologique est la principale méthode de segmentation d’images proposée par la morphologie mathématique. L’efficacité de la ligne de partage des eaux en tant qu’outil de segmentation dépend essentiellement des marqueurs de départ (minima). Sans traitements préalables, on obtient le plus souvent une sur-segmentation de l’image Figre.2.8.c. Une segmentation conforme au but recherché nécessite un filtrage adéquat des minima qui formeront l’image des marqueurs. Qu’est-ce que la morphologie mathématique ? La morphologie mathématique représente l’ensemble de règles mathématiques utilisées pour la description des formes. La morphologie mathématique est une théorie essentiellement non linéaire, utilisée en particulier en analyse d’images, dont le but est l’étude des objets en fonction de leur forme, de leur taille, des relations avec leur voisinage(en particulier topologiques), de leur texture, et de leurs niveaux de gris ou de leur couleur. L’analyse d’images par la morphologie mathématique remonte aux années soixante. Elle a été développée à l’origine à l’école des Mines de Paris. Cette théorie a été initialement introduite en sciences des matériaux par J. Serra et G. Matheron pour analyser des objets au travers de leur texture. Les outils proposés ont été développés au départ pour traiter des images binaires. Elle a connu durant ces deux dernières décennies de nombreux développements, tant sur le plan théorique que pratique. Elle couvre aujourd’hui un éventail de champs d’application assez large, touchant notamment à la robotique et la vision industrielle, l’imagerie médicale ou encore le multimédia.

Histoire de la morphologie mathématique

L’analyse d’images abordée par les mathématiques est très récente, elle date de 1967. Toutefois les possibilités de l’analyse d’images étaient pressenties depuis longtemps, puisque le géologue A.Delesse (1848) a créé la première méthode d’analyse d’images. Puis des auteurs comme Minkowski (1901) et Hadwiger (1957) continuent à travailler sur les coupes à 2 dimensions (images) en adoptant un modèle ensembliste pour aborder le problème mathématique. Simultanément, des chercheurs et physiciens élaborent des méthodes d’analyse quantitative (Saltykov en 1958). Depuis l’apparition de moyens informatiques qui ont ouvert la perspective d’images digitalisées, transformables avec une grande souplesse, la morphologie mathématique s’est développée grâce aux travaux de Haas, Matheron, et Serra (1967), et la stéréologie grâce aux travaux de Miles notamment. La morphologie mathématique est rapidement devenue, depuis son introduction dans les années 1960, une théorie fondamentale du traitement et de l’analyse d’images. Les opérateurs qu’elle propose permettent de fournir des outils pour toute la chaîne de traitement d’images, des prétraitements (filtrage, rehaussement de contraste) à la segmentation et à l’interprétation de scènes. Une des caractéristiques importantes de ces opérateurs est qu’ils sont non linéaires. Ils permettent de transformer les images, d’en extraire des caractéristiques, des objets ou encore des mesures par une analyse associant les propriétés des objets eux-mêmes (forme, taille, apparence…) et les propriétés du contexte (voisinage local ou relations avec d’autres objets). La période historique se divise en deux étapes, Dans ces premiers développements, la M.M n’avait un caractère ensembliste. Par la suite, ces concepts ont été étendus aux fonctions.

Table des matières

LISTE DES FIGURES
LISTE DES TABLEAUX
INTRODUCTIONGENERALE
Chapitre 1 : Fondements Médicaux et Imagerie Médicale
L’imagerie Médicale
1.1. Pourquoi l’imagerie médicale
1.2. Les indications de l’imagerie médicale
1.2.1. Aide au diagnostic
1.2.2. Evaluation de la sévérité d’une maladie
1.2.3. Aide à l’intervention
1.2.4. Aide à la prise en charge et au suivi thérapeutique
1.3. Les grands types d’imagerie
1.3.1. Radiologie
1.3.2. Echographie
1.3.3. Scintigraphie
1.3.4. Imagerie par Résonance Magnétique (IRM
a. Le principe de l’IRM
b. Quels sont les risques
c. A quoi cela sert-il
1.3.5. Le scanner ou tomodensitométrie
a. Principe de la tomodensitométrie
b. A quoi cela sert-il ?
c. Quels sont les risques ?
d. Les artéfacts en tomodensitométrie
i. Les artéfacts de mouvement
ii. Les artéfacts métalliques
iii. L’effet de volume partiel
iv. Les artéfacts de débordement de champs
1.4. Pourquoi le choix de l’imagerie TDM que le IRM
1.5. L’intérêt de la segmentation du foie, la rate et les reins
II Anatomie des organes de l’abdomen
1.6. Données médicales sur les structures à segmenter
1.6.1. Le foie
a. Maladie du foie
1.6.2. La rate
a. Troubles liés aux trop grosses rates
1.6.3. Les reins
1.6.4. L’estomac
1.6.5. Le pancréas
1.7. Les structures visibles
Conclusion
Chapitre 2 : Segmentation des Images Médicales : Etat de l’Art
Introduction
2.1. Qu’est-ce que la segmentation
2.2. Pourquoi une segmentation automatique
2.3. Difficultés liées à la segmentation des images médicales
2.4. Différentes familles d’approches de la segmentation
2.4.1. Segmentation fondée sur les régions
a. Croissance de régions
i. Paramètres de la croissance de région
b. Division-fusion
i. Arbre quaternaire ‘quadtree’
c. Segmentation par seuillage d’histogramme
2.4.2. Segmentation fondée sur les contours
a. Approche contour actif
i. Contours actifs classiques
ii. Contour actif level set
iii. Introduction d’une connaissance à priori
b. Approche contextuelle par morphologie mathématique
i. Gradient Morphologique
ii. La ligne de partage des eaux
iii. Application en segmentation
2.5. Choix de la méthode de segmentation des images TDM de l’abdomen
Conclusion
III Chapitre 3 : La Morphologie mathématique
3.1. Qu’est-ce que la morphologie mathématique
3.2. Histoire de la morphologie mathématique
3.2.1. Première époque ‘ensembliste’
3.2.2. Deuxième époque ‘généralisation des concepts’
3.3. Notions fondamentales de la morphologie mathématique
3.3.1. Structure de base
3.3.2. Définition (treillis)
3.3.3. Définition (treillis complet)
3.3.4. La morphologie mathématique ensembliste
3.3.5. La morphologie mathématique fonctionnelle
3.3.6. Eléments structurants
3.4. Opérations morphologique binaires
3.4.1. L’érosion
3.4.2. La dilatation
3.4.3. Operateurs morphologiques dérivés
a. Ouverture morphologique
b. Fermeture morphologique
c. Transformation tout ou rien
3.5. Opérations morphologiques sur des images en niveaux de gris
3.5.1. Nature de l’élément structurant
3.5.2. La morphologie plate
a. Définition d’Érosion plate
b. Définition de dilatation plate
3.5.3. Erosion et la dilatation fonctionnelle
3.5.4. Ouverture et la fermeture fonctionnelle
3.5.5. Chapeau haut de forme
a. Le chapeau haut de forme noir
b. Le chapeau haut de forme blanc
3.6. Filtres morphologiques
3.6.1. Opérateurs et composantes connexes
a. Opérateurs connexes pour les ensembles
b. Opérateurs connexes pour fonctions
c. Ensemble des zones plates en niveau de gris
3.6.2. Reconstruction géodésique
a. La distance géodésique
b. Erosion et dilatation géodésique
c. Reconstruction géodésique par Erosion
d. Ouverture par reconstruction
e. Fermeture par reconstruction
3.6.3. Filtre de contraste
a. Maxima et minima régionaux
b. Extraction des extrema d’une image
3.6.4. Filtre alternatif séquentiel
a. Filtre alternatif séquentiel blanc
b. Filtre alternatif séquentiel noir
3.6.5. Ouverture et fermeture surfacique
a. Ouverture surfacique binaire
b. Fermeture surfacique binaire
c. Ouverture surfacique en niveau de gris
3.6.6. Bouchage des trous
3.6.7. Gradient morphologique
3.7. La segmentation d’image par la ligne de partage des eaux
3.7.1. Principe de la ligne de partage des eaux
a. Le processus de LPE par l’inondation
3.7.2. Minimum
3.7.3. Les bassins versant
3.7.4. Calcul de la ligne de partage des eaux
a. Zone d’influence géodésique
b. Algorithme de la ligne de partage des eaux
3.7.5. Problème de la sur-segmentation
3.7.6. La LPE Sous la contrainte des marqueurs
a. Principe de la modification d’homotopie du gradient
b. Définition de marqueur
c. Algorithme original de LPE avec marqueurs :
3.7.7. Filtrage
a. Suppression des maximums et minimums locaux
b. Rehaussement du contraste
i. Ajustement d’intensité
ii. Egalisation d’histogramme
3.7.8. Calcule du gradient amélioré
3.8. Segmentation hiérarchique
3.8.1. Définition de l’image mosaïque
3.8.2. Construction de l’image mosaique
3.8.3. Une hiérarchie ou pyramide de graphes
a. Les graphes en analyse d’images
b. Graphe de frontières de régions
c. Graphe d’adjacence de régions
d. Pyramides de graphes d’adjacence
i. Processus de décimation
3.8.4. Segmentation hiérarchique en cascade
a. Algorithme basé sur reconstruction
b. Partition de l’image
c. Structure des cascades sous forme de graphe et arbre de fusion
Conclusion
Chapitre 4 : Segmentation Simultanée des Organes de
l’Abdomen : La méthode proposée :
Introduction
4.1. Etat de l’art de la segmentation des organes de l’abdomen
4.2. Stratégie e la segmentation de multiples organes
4.2.1. Pré-traitement
a. Filtre médian
b. Filtre à diffusion anisotropique
i. Modèle de Perona et Malik
c. Choix du filtre
4.2.2. Application de l’algorithme de la ligne de partage des eaux
4.2.3. Choix de l’image gradient
4.2.4. Algorithme de la ligne de partage des eaux sous contraintes de la dynamique des minima
a. Filtre de contraste
b. Filtre connexe
i. Ouverture par reconstruction
ii. Filtre alternatif séquentiel
4.2.5. Détection de la région d’intérêt et Segmentation par lignes de partage des eaux sous contraintes des marqueurs
a. Extraction semi-automatique des cotes et la colonne vertébrale
b. Détection semi-automatique des régions d’intérêt
4.2.6. Post-traitement
4.3. Segmentation hiérarchique et Amélioration du problème de la sur-segmentation
4.3.1. Utilisation de l’image image mosaïque et son gradient pour améliorer la sur segmentation
a. Définition
4.3.2. Les contraintes de l’image mosaïque : question de la sur-segmentation
4.3.3. La ligne de partage des eaux hiérarchique basée sur l’algorithme des cascades
a. Algorithme en cascade
4.3.4. Algorithme1 : Amélioration de l’image mosaïque
a. Algorithme1
b. Exemples et discussion
4.3.5. Amélioration de l’algorithme1
a. Algorithme2 :
b. Exemples et discussion
4.3.6. Algorithme 3
a. Transformée de-minima étendu
b. Algorithme
Conclusion
Chapitre 5 : Segmentation de chaque organe séparément :
La méthode proposée
Introduction
5.1. Etat de l’art de la segmentation du foie
5.2. Stratégie de la segmentation
5.3. Détail d’implémentation
5.3.1. Détermination de la région du foie
5.3.2. Réduction l’image en une zone d’intérêt : La méthode proposée
5.3.3. Choix de l’image gradient et Application de la LPE
5.4. Résoudre le problème de la sur-segmentation
5.4.1. Recherche des Marqueurs interne et externe
5.4.2. Exemple et discussion
Conclusion
5.5. Etat de l’art de la segmentation des lésions du foie
5.6. Stratégie de la segmentation
5.7. Détails d’implémentation
5.7.1. Pré-segmentation et extraction de la région du foie
a. L’approche proposée pour la détermination de la région du foie
5.7.2. Prétraitement et amélioration d’image
5.7.3. Exemple et discussion
5.7.4. Amélioration de l’image gradient : la méthode proposée.
a. Rehaussement du contraste
b. Exemple et discussion
c. La méthode proposée pour l’amélioration du gradient
5.7.5. Détermination des marqueurs
Conclusion
Segmentation des reins
Introduction
5.8. Etat de l’art de la segmentation des reins
5.9. Stratégie de la segmentation
5.10. Détail d’implémentation
5.10.1. Détection et la localisation des reins
5.10.2. Élimination de la colonne vertébrale et la rate, détection des reins
5.10.3. Amélioration du gradient
a. Algorithme
Conclusion
Segmentation de la rate
Introduction
5.11. Etat de l’art de la segmentation de la rate
5.12. Stratégie de la segmentation
5.13. Détail d’implémentation
5.13.1. Détermination de la région de la rate
a. Séparation de la rate- cote et reins
b. Détection de la rate
c. Exemple et discussion
Conclusion
Chapitre 6 : Résultats expérimentaux
6.1. Description de la base de données utilisée
6.1.1. Le redimensionnement d’image
6.2. Critères de validation
6.3. Evaluation de la segmentation du foie
6.3.1. Comparaison avec d’autre approche
6.4. Evaluation de la segmentation des lésions hépatique
6.4.1. Comparaison avec d’autres travaux
6.5. Evaluation de la segmentation de la rate
6.5.1. Comparaison avec d’autres travaux
6.6. Evaluation de la segmentation des reins
6.6.1. Comparaison avec d’autres travaux
6.7. Evaluation de la segmentation de multiples organes abdominaux
6.7.1. Evaluation de la segmentation du foie et la rate
6.7.2. Evaluation de la segmentation du foie, la rate et les reins
6.7.3. Comparaison avec d’autres travaux
Conclusion
CONCLUSION GENERALE
BIBLIOGRAPHIE

Cours gratuitTélécharger le document complet

Télécharger aussi :

Laisser un commentaire

Votre adresse e-mail ne sera pas publiée. Les champs obligatoires sont indiqués avec *