Analyse phylogénétique de trois complexes Mycobactériens (Complexe Mycobacterium tuberculosis, Complexe Mycobacterium avium et le complexe Mycobacterium abscessus)

LISTE DES TABLEAUX
RESUME
INTRODUCTION
PARTIE BIBLIOGRAPHIQUE
I. LA PHYLOGENIE; DEFINITION, INTERETS ET METHODES: 
1. L’arbre phylogénétique:
2. La phylogénie moléculaire:
3. Méthodes de reconstructions phylogénétiques:
4. Fiabilité des arbres phylogénétiques:
II. LES MYCOBACTERIES
1. Généralités
2. Tuberculose et mycobactérioses humaines
3. Phylogénie et classification
PARTIE PRATIQUE 
I. MATERIEL ET METHODES: 
1. Souches bactériennes utilisées:
2. Séquences génétiques:
3. Analyse phylogénétique des séquences
4. Etude de la variabilité intraspécifique
II. RESULTATS ET DISCUSSION
1. Taille des séquences
2. Phylogénie avec un seul gène
3. Variabilité intraspécifique
4. La phylogénie avec une combinaison de gène
CONCLUSION
PERSPECTIVES
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES
ANNEXES

Extrait du mémoire analyse phylogénétique de trois complexes Mycobactériens (Complexe Mycobacterium tuberculosis, Complexe Mycobacterium avium et le complexe Mycobacterium abscessus)

PARTIE BIBLIOGRAPHIQUE
I. LA PHYLOGENIE; DEFINITION, INTERETS ET METHODES:
Malgré la diversité des formes de vie observées, c’est l’unité qui se dégage du monde vivant:
L’unité d’organistaion: Les êtres vivants sont constitués de cellules;
L’unité de fonctionnement: le métabolisme fondamental est le même pour toutes les cellules,  l’ADN est le support de l’information génétique, le génotype détermine toujours le phénotype selon les mêmes principes de synthèse protéique et en utilisant toujours les mêmes codes génétiques.
Tous les êtres vivants, ont donc entre eux des relations de parentés plus ou moins étroites que l’analyse phylogénétique tente d’étudier Parmi entre autres rôles, La phylogénie permet:
*
De classer les êtres vivants et d’étudier leur biodiversité;
*
De faire des études épidémiologiques;
*
De mesurer le taux de mutation;

* De déterminer l’origine géographique des espèces;
*
De dater les événements évolutionnaires;
*
…etc.
1. L’arbre phylogénétique:
Le support formel de la représentation, admis par tous [30], est l’arbre phylogénétique (fig.1).
Les feuilles: représentent les taxons ou les unités évolutives (OTU: operational taxonomic units); Les nœuds internes: représentent les ancêtres virtuels ayant divergé; Les branches: définissent les relations entre les taxons en termes de descendance.
L’arbre enraciné possède une origine qui est un nœud unaire appelé racine ou ancêtre, il est orienté dans le temps, alors que l’arbre non enraciné est une représentation intemporelle des relations phylogénétiques (Fig.2).
1.1. Enraciner un arbre phylogénétique:
Il existe 2 principales méthodes pour enraciner un arbre:
Méthode du groupe externe (outgroup): Elle consiste à inclure un groupe connu a priori comme externe au groupe d’intérêt; la racine correspond alors à la branche qui relie le groupe externe aux autres séquences.
Méthode de mid-point: La racine est le point de l’arbre équidistant de toutes les feuilles.

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