Extrait du cours modélisation Moléculaire

Composants Apolaires em Solution
L’eau s’organise de façon à minimiser la perte des liaisons d’hydrogène (minimization de l’entropie)
La première sphère d’hydratation retient la structure tétragonale des liaisons de H
Les composants apolaires essayent d’éviter l’eau en se groupant
Composants polaires et/ou chargés en solution
Plus la densité de charge est forte, plus forte sera la tendance d’interagir avec les molécules d’eau.
Pour les ions avec la plus grande densité de charge (ex: Na ou des ions avec une charge plus élevée que ±1), les molécules d’eau seront electrostatiquement ordonnés dans une sphère primaire d’hydratation compacte.
Quand les ions sont positifs les molécules d’eau auront les hydrogènes pointés vers l’extérieur et quand les ions sont négatifs les hydrogènes de l’eau seront pointés vers l’intérieur (toujours avec une structure tétragonale)
Hors la sphère primaire d’hydratation il y aura une région désordonnée ou les effects de coordination de l’ion et de la solution sont en compétition.
Pour des pairs d’ions l’effet total sera la combinaison des effects de chaqu’un .
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Sommaire: Modélisation Moléculaire

1. Forces au Niveau Moléculaire
Propriétés de l’eau et interactions entre atomes
2. Champs de Forces: Charmm; MM3
3. Descriptions Moléculaires:
Formats et Conversions (des SMILES aux XYZ)
4. Techniques de Minimization
5. Dynamique Moléculaire (JPD)
6. Monte-Carlo / Recuit Simulé
8. Propriétés des Drogues
9. Docking: Différentes Approches
10. Criblage Moléculaire Virtuel

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Modélisation Moléculaire (2,71 MO) (Cours PDF)