Le virus de l’hépatite C (VHC) est classé au sein de la famille des flaviviridae dans un nouveau genre crée par lui nommé hepacivirus, constitué exclusivement de l’ensemble de ses variants. Cette famille regroupe les Flavivirus (virus de la fièvre jaune et de la dengue), les pestivirus et les virus des hépatites C.
Le VHC est un petit virus enveloppé de 55 à 65 nm de diamètre. Très difficilement visualisé en microscopie électronique. Le génome viral constitué d’une molécule d’ARN simple brin, de polarité positive, est contenu dans une capside protéique à symétrie icosaédrique, elle-même entourée d’une enveloppe lipidique, au sein de laquelle sont ancrées deux glycoprotéines d’enveloppe virale, E1 et E2 (PAWLOTSKY, 2004).
Structure du génome
Le génome du VHC est constitué d’un ARN simple brin de polarité positive d’environ 10 kb et comportant trois régions : la région 3’ non codante, le cadre de lecture ouvert et la région 5’ non codante. Dont deux régions non codantes très conservées aux extrémités 5’ et 3’ encadrant une région codant les protéines virales.
• Région 5’ non codante :
L’extrémité 5’ non codante (5’ NC), d’une longueur de 341 nucléotides est la région la plus conservée du génome entre les sous-types du VHC. Cette région présente des structures secondaires complexes en tige-boucles, formant un site interne d’entrée du ribosome appelé IRES (Internal Ribosomal Entry Site). Cette région 5’NC, par les séquences de l’IRES, semble être impliquée dans la réplication virale.
• Région codant les protéines virales :
La région 5’ NC est suivie d’un cadre de lecture ouvert débutant par un codon AUG, initiateur de la traduction. Il comporte 9024 à 9111 nucléosides codant une grande polyprotéine de 3010 à 3033 acides aminés. Cette polyprotéine, après sa traduction, sera clivée par des protéases cellulaires de l’hôte et des protéases virales, pour donner au moins dix protéines virales distinctes, de 5’ en 3’, les protéines structurales, à savoir la protéine de capside ou protéine C, les glycoprotéines d’enveloppe E1 E2, et une protéine appelée P7. Et les protéines fonctionnelles, non structurales (NS2, NS3, NS4A, NS4B, NS5A et NS5B). Un cadre de lecture unique a longtemps été admis, jusqu’ à la découverte d’une nouvelle protéine. Son rôle exact est inconnue, elle pourrait partager certaines fonctions de la capside, et pourrait donc agir comme un facteur de régulation de la réplication virale (BRANCH, 2005) .
• Région 3’ non codante :
L’extrémité 3’ NC du génome, située en aval du codon stop du cadre de lecture ouvert, comporte 3 régions :
– Une région non traduite dont la longueur et la séquence est variable selon la souche virale.
– Une queue de taille hétérogène.
– Une région 3’ Terminale, la région x, qui est très conservée.
Cette région x, joue un rôle important dans l’initiation de la synthèse du brin ARN négatif, servant de matrice à la réplication virale, et a un rôle aussi, dans la régulation de la traduction de la polyprotéine du VHC (PAWLOTSKY, 2004).
Structure et fonctions des protéines virales :
Protéines structurales du virus :
• Protéine de capside :
La protéine de capside est une phosphoprotéine de 21 KD avec des régions très hydrophobes. Issue du clivage de l’extrémité N-terminale de la polyprotéine virale au niveau de l’acide aminé 191 sous l’action des protéases cellulaires.Sa localisation est cytoplasique, permet l’encapsidation du génome viral en fixant l’ARN viral intervient également dans la régulation de la traduction et se fixe aux glycoprotéines de l’enveloppe virale pour l’assemblage des virions (GORDIEN 2003). De plus, la protéine de capside aurait de multiples autres activités fonctionnelles. Elle aurait donc un rôle important dans la pathogénèse en modifiant le métabolisme lipidique, en modulant certaines voies de signalisation cellulaire, l’apoptose ou l’expression de certaines gênes. Elle serait donc impliquée dans le processus de cancérisation induit par le VHC (DURANTEL et al., 2006).
• Protéine F :
Est issue d’une phase ouverte de lecture alternative à la séquence codant pour la capside, sa fonction dans le cycle cellulaire reste peu connue. Une étude suggère que cette protéine pourrait avoir des fonctions immunomodulatrices (FOURCCI et al. 2007).
• Protéines d’enveloppe E1 et E2 :
Les protéines E1 et E2 sont des constituants majeurs de l’enveloppe virale, (DUBUISSON, 2002). Elles participent à l’entrée cellulaire du HCV en se fixant aux récepteurs cellulaires et en induisant la fusion de l’enveloppe virale avec les membranes cellulaires de l’hôte (OP DE BEEK, 2001). La protéine E2 est la cible préférentielle de la réponse immunitaire. Les protéines E1 et E2 s’associent aussi aux autres protéines virales et participent à la régulation de la réplication virale. La protéine E2 pourrait interférer avec une protéine kinase, inductible, par le système interféron de type I, ce qui pourrait conférer au virus un mécanisme d’échappement aux défenses de l’hôte.
La protéine E2 représente la partie la plus variable du génome du VHC, elle possède deux régions hyper variables HVR1 et HVR2, qui seraient à la base de la variabilité génétique du virus (quasi espèces) mais également impliquée dans la sélection de variant d’échappement à la réponse immunologique de l’hôte infectieux (PAWLOTSKY, 2004).
• Protéine P7 :
Localisée au niveau de l’extrémité C terminale de la protéine E2. Sa fonction semble être la formation de canaux ioniques.Potentiellement impliquée dans la morphogénèse et la sécrétion du VHC (SOUSSAN, 2010).
CHAPITRE I : INTRODUCTION ET PROBLEMATIQUE |
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