Elongation de la transcription
• Chaque nucléoside triphosphate est choisi spécifiquement pour être complémentaire de la base du brin antisens qui va lui faire face. La liaison riche en énergie entre le premier phosphate estérifiant le carbone 5’ du ribose et les deux autres phosphates est hydrolysée, libérant un pyrophosphate qui sera hydrolysé ensuite par une pyrophosphatase.
Le phosphate restant est lié par une liaison ester au carbone 3’ libre du dernier nucléotide du transcrit en cours de synthèse.
• La RNA polymérase construit un RNA hybridé avec le brin antisens du DNA, dont la séquence primaire est la copie du brin sens mais composée de ribonucléotides au lieu des désoxyribonucléotides et d’uracile à la place des thymines.
• Au cours de cette élongation la RNA polymérase II est accompagné d’une série de facteurs d’élongation qui modifient la chromatine pour permettre l’avancée de l’enzyme, empêchent la formation d’obstacles comme des épingles à cheveux ou facilitent l’avancée de la polycondensation.
Elongation de la transcription
• La transcription commence au point d’initiation (environ 25 nucléotides avant la boîte TATA sur le brin antisens) par l’hybridation et la condensation des premiers ribonucléotides du transcrit primaire (futur mRNA).
• La double hélice est ouverte en une boucle où se place la RNA polymérase II.
• Le transcrit primaire reste hybridé sur quelques nucléotides avec le brin antisens puis s’en détache pour permettre à la double hélice de se reformer après le passage de la polymérase. L’extrémité 5’ du transcrit primaire libérée se condense en diverses structures secondaires (épingles à cheveux).
• Les substrats de la RNA polymérase sont les quatre ribonucléosides triphosphates.
• La polymérase lit le brin antisens en allant dans le sens 3’ → 5’. Elle poursuit la synthèse du transcrit primaire en condensant les ribonucléotides jusqu’à ce qu’elle rencontre les signaux de terminaison.
• A la rencontre des signaux de terminaison, la polymérase se détache du DNA, libère le transcrit primaire et la double hélice se referme.
Discontinuité des gènes
• Les molécules de DNA de chaque chromosome sont très longues : jusqu’à plusieurs centaines de millions de paires de nucléotides et contiennent plusieurs milliers de gènes. Chez l’homme, les gènes sont très dispersés et ne représentent que 10 % du DNA génomique total.
• Chaque gène comprend des régions qui contiennent les séquences codées qui seront traduites, les exons ; mais aussi, des régions de régulation comme le promoteur et des régions non traduites appelées introns qui séparent les exons. Un gène peut ne contenir qu’un seul exon et pas d’intron, mais il y a des gènes de plus de cent exons.
• Après la transcription le RNA produit de la RNA polymérase ou transcrit primaire contient encore les introns et les exons, mais pas le promoteur.
• Après l’excision des introns et l’épissage des exons, le messager ne contient plus que les exons réunis en une seule séquence codante.
…
9 Objectifs PCEM1 commun DHU Paris-Est
15 Partie I : La structure des acides nucléiques
17 Chapitre 1 : Molécules simples
18 1.1 Phosphates
19 1.2 Ribose, désoxyribose
20 1.3 Purine, Pyrimidine
21 1.4 Bases puriques
22 1.5 Bases pyrimidiques
23 1.6 Nucléosides et nucléotides
24 1.7 Nomenclature des unités nucléotidiques
25 1.8 Adénosine
26 1.9 Désoxyguanosine
27 1.10 Uridine MonoPhosphate
28 1.11 Désoxythymidine MonoPhosphate
29 1.12 Adénosine Tri Phosphate
30 1.13 Désoxycytidine Tri Phosphate
31 1.14 Liaisons hydrogène
32 1.15 Hybridation A – T
33 1.16 Hybridation G – C
35 Chapitre 2 : Les acides nucléiques
36 2.1 Acide ribonucléique
37 2.2 Les extrémités 5’ et 3’ d’un acide nucléique
38 2.3 Structure secondaire du RNA
39 2.4 Acides ribonucléiques
40 2.5 Acide désoxyribonucléique
41 2.6 La double hélice (modèle rubans)
42 2.7 La double hélice (travers)
43 2.8 La double hélice (axe)
44 2.9 Surenroulement
45 2.10 Nucléosome
46 2.11 Fibre de chromatine
47 2.12 Condensation et hydrolyse des nucléotides
48 2.13 Complémentarité des bases
49 Partie II : Biosynthèse des macromolécules
53 Chapitre 3 : DNA Définitions
54 3.1 La double hélice
55 3.2 Séquence d’un gène (apoA-II)
56 3.3 Gène
57 3.4 Expression d’un gène
59 Chapitre 4 : La transcription
60 4.1 Transcription
61 4.2 Promoteur
62 4.3 Brins sens et antisens
63 4.4 Régulation de l’expression
64 4.5 Cis et trans régulateurs
66 4.6 DNA binding proteins
67 4.7 Interaction Protéine DNA
68 4.8 Récepteurs nucléaires
69 4.9 Régulation du jeûne
70 4.10 Régulation de l’effort
71 4.11 RNA polymérase II
72 4.12 Initiation de la transcription
73 4.13 Liaison TFIID sur le DNA
74 4.14 Régulation de la RNA polymérase
75 4.15 Elongation de la transcription
76 4.16 Elongation de la transcription
77 4.17 Discontinuité des gènes
78 4.18 Exon
79 4.19 Exon 1
80 4.20 Fin de la transcription
81 4.21 Modifications du transcrit
82 4.22 Enzyme coiffante
83 4.23 Coiffe d’un messager
84 4.24 Queue polyA
85 4.25 Le transcrit primaire
86 4.26 Excision – épissage
87 4.27 Formation du lasso
88 4.28 Epissages alternatifs
89 4.29 Maturation des RNA ribosomiques
90 4.30 Stabilité du messager
91 4.31 Messager
93 Chapitre 5 : La traduction
94 5.1 Traduction
95 5.2 Expression d’un gène
96 5.3 Signifiants
97 5.4 Codon
98 5.5 Code génétique
99 5.6 Code génétique
100 5.7 Code dégénéré
101 5.8 Ribosome eucaryote
102 5.9 Polyribosome
103 5.10 RNA de transfert (trèfle)
104 5.11 RNA de transfert (ruban)
105 5.12 Activation d’un acide aminé
106 5.13 Sérine tRNA synthétase
107 5.14 Cystéine tRNA synthétase
108 5.15 Initiation de la traduction
109 5.16 Cadre de lecture
110 5.17 Elongation de la traduction
111 5.18 Incorporation d’un acide aminé
112 5.19 Transfert du peptide
113 5.20 Translocation des codons
114 5.21 Liaisons riches en énergie
115 5.22 Terminaison de la traduction
116 5.23 Signal-peptide
117 5.24 Polyribosomes liés
118 5.25 Carboxylation de l’acide glutamique
119 5.26 Modifications post-traductionnelles
121 Chapitre 6 : La réplication
122 6.1 Réplication
123 6.2 Le cycle cellulaire
124 6.3 Chromatine et ADN
125 6.4 Réplication semi-conservative
126 6.5 Synthèse et hydrolyse du DNA
127 6.6 DNA polymérase
128 6.7 DNA polymérase (exonucléase 3’→5’)
129 6.8 DNA polymérase : fonction d’édition
130 6.9 Boucle de réplication
131 6.10 Fourche de réplication
132 6.11 Topoisomérase I
133 6.12 Primase
134 6.13 DNA ligase
135 6.14 Télomérase
137 Chapitre 7 : La réparation
138 7.1 Réparation
139 7.2 Bases endommagées
140 7.3 Excision de base
141 7.4 Mésappariements
142 7.5 Transmission du mésappariement
143 7.6 Excision de fragment long
144 7.7 Modèle Holliday
145 7.8 Crossing-over
147 Partie III : Les événements génétiques
149 Chapitre 8 : Substitutions
150 8.1 Substitution
151 8.2 Somatique, germinale
152 8.3 Faux-sens, non-sens
153 8.4 Polymorphisme Xba I de l’apoB
154 8.5 Marqueur génétique
155 Chapitre 9 : Mutations
156 9.1 Mutation
157 9.2 Mutation Arg3500→Gln de l’apoB-100
159 Chapitre 10 : Insertions – délétions
160 10.1 Délétion
161 10.2 Décalage du cadre de lecture
162 10.3 Délétion Phe 508 de CFTR
163 10.4 Délétion de l’exon 9 de la lipoprotéine-lipase
164 10.5 Mutation d’un site d’épissage
165 10.6 Insertion
167 Chapitre 11 : Transpositions
168 11.1 Transposition
169 11.2 Séquence Alu
170 11.3 Virus
171 11.4 Cycle d’un rétrovirus
172 11.5 Duplication de gène
173 11.6 Pseudogène
174 11.7 Conversion de gène
175 Partie IV : L’évolution
177 Chapitre 12 : Divergence
178 12.1 Divergence
179 Chapitre 13 : Familles de gènes
180 13.1 Famille de gènes
181 13.2 Gènes des β-globines
182 13.3 Famille des β-globines
183 Partie V : Le DNA au laboratoire
185 Chapitre 14 : Méthodes d’étude
186 14.1 Extraction et purification du DNA
187 14.2 Synthèse d’un cDNA
188 14.3 Electrophorèse de DNA
189 14.4 Hae III (enzyme de restriction)
190 14.5 EcoR I
191 14.6 Polymorphisme de restriction
192 14.7 Polymorphisme Msp I de l’apoA-II
193 14.8 Cartes de restriction
194 14.9 Hybridation d’une sonde
195 14.10 Calcul de la Tm
196 14.11 Sonde hybridée
197 14.12 Sonde spécifique d’allèle (ASO)
198 14.13 Southern blot
200 14.14 PCR
201 14.15 Didésoxyadénosine triphosphate
202 14.16 Réaction de séquence
203 14.17 Séquençage d’ADN
204 14.18 Gel de séquence
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