Caractérisation de Trichoderma spp. indigènes et évaluation de leurs potentialités antagonistes 

Caractérisation de Trichoderma spp. indigènes et évaluation de leurs potentialités antagonistes 

 Synthèse bibliographique 

Généralités sur la tomate 

 Origine et classification 

Etymologiquement, le mot tomate est une déformation du mot Inca Tomatl. Le mot Lycopersicum signifiant « Peche de loup » (de lucos : loup, et persica : pêche) en latin est une appellation peu alléchante à laquelle on a ajouté l’adjectif esculentum au 18e siècle à cause des propriétés gustatives de ce légume fruit. Originaire des régions andines côtières du Nord-Ouest de l’Amérique (Colombie, Chili, Equateurs, Perou), la tomate fut domestiquée au Mexique puis introduite en Europe en 1544. Ensuite, sa culture s’est propagée en Asie du Sud et de l’Est, en Afrique et en Moyen Orient (Naika et al., 2005). En 1753, Linné donna à la tomate le nom scientifique «Solanum lycopersicum» et proposa la classification suivante :  Règne : Plantae  Sous-règne : Trachiobionta  Division : Magnoliophyta  Classe : Magnoliopsida  Sous-classe : Asteridae  Ordre : Solanales  Famille : Solanaceae  Genre : Solanum  Espèce : Solanum lycopersicum 

Description Botanique 

La tomate est une plante vivace, cultivée comme annuelle et classée parmi les légumes fruits. Elle présente un appareil végétatif différencié en racine, tige, feuille et un appareil reproducteur constitué de fleurs et de fruits (Figure 1).

 Appareil végétatif 

Vigoureuse et ramifiée comme chez les autres solanacées, la tige de la tomate est naturellement rampante si elle n’est pas soutenue avec un tuteur (Messiaen, 1989). La tige est pubescente ou glabre, avec une taille pouvant varier de 4 cm à 5 m selon les variétés. La tige est aussi pleine, fortement poilue et glandulaire (Naika et al., 2005). Les poils glanduleux sont couronnés par Chapitre 1 : Synthèse bibliographique 5 quatre cellules contenant la solanine, une huile essentielle qui répand une odeur caractéristique lorsqu’on froisse la plante (Chibane, 1999). Les poils portés par les tiges sont glanduleux ou simples et contiennent une huile essentielle qui donne son odeur caractéristique à la plante (Kolev, 1976) La tomate présente un système racinaire pivotant avec une forte racine principale pouvant atteindre 25 à 35 cm et ramifiée en plusieurs racines latérales et adventives (Van Der Vossen et al., 2004). Les feuilles de la tomate sont composées, imparipennées et velues, indispensables à la photosynthèse avec des folioles ovées à oblongues un peu dentées (Blancard, 2009). Après la mise en place des feuilles cotylédonaires de forme ovales et foliacées, la plante produit 7 à 14 feuilles avant de développer sa première inflorescence.

Appareil reproducteur

 Chez la tomate, la fleur est hermaphrodite et la fécondation verticale est plus récurrente. Les abeilles et bourdons constituent les pollinisateurs principaux en cas de fécondation horizontale (Naika et al., 2005). La fleur de la tomate est en général constituée de 5 pétales au moins. Les fleurs sont de couleurs jaunâtres et regroupées en grappes florales. Elles sont actinomorphes et à symétrie pentamère (Duffé, 2003). Les fleurs de la tomate sont composées de 5 à 8 sépales qui constituent le calice et 5 à 8 pétales qui forment la corolle et un ovaire supère comprenant 2 à 10 carpelles (Blancard et al., 2009; Padapoulous, 1991). Les fleurs s’ouvrent par des fentes intenses et tombent directement sur le stigmate qui généralement n’émerge pas du cône staminal (Messiaen, 1989). Le fruit de la tomate est une baie de formes variées (globulaire, ronde, aplatie) et de couleur verte lorsqu’il n’est pas encore mûr et contient deux ou plusieurs loges. La couleur et la forme du fruit de la tomate varie en fonction de la variété utilisée (Blancard, 2009). Le fruit mûr est ferme et pèse jusqu’à un kg. Cette fermeté décroit fortement de par l’activité de la polygalacturonase (Costa et al., 2010). A maturité chaque fruit contient un nombre important de graines pouvant varier entre 80 et 500 (Chaux et Foury, 1994). Les graines sont recouvertes d’un mucilage qui présente à maturité un albumen et un embryon à germination épigée. Pour sa culture, la tomate exige certaines conditions écologiques. 

 Exigences écologiques de la culture de la tomate 

La tomate est une plante qui s’adapte à une gamme plus ou moins large de sols ayant une bonne capacité de rétention en eau et bien aérés. Toutefois, les meilleurs résultats sont obtenus avec des sols à texture sablo-limoneuse riches en humus gages d’une bonne structure. La culture tolère un pH acide à très légèrement acide mais préfère un pH compris entre 5,5 et 7,5 avec un optimum de 6,5 (Jean, 1997 in Camara, 2012). L’intensité de la lumière affecte la couleur des feuilles et des fruits (Naika et al., 2005). Les fortes et faibles intensités lumineuses réduisent la taille des fruits. L’optimum de la température moyenne quotidienne pour la croissance est de 18 à 25°C avec des températures nocturnes entre 10 et 20 ºC. Les grands écarts entre les températures diurnes et nocturnes affectent négativement le rendement. Pour les mêmes variétés, la taille des fruits en hivernage est plus réduite qu’en saison sèche. Les besoins en eau de la culture sont en fonction du stade de développement de la plante, de l’ensoleillement et du type de sol (Camara, 2012). La tomate présente plusieurs avantages. 

Importance de la tomate

 Importance économique 

L’importance de sa production fait de la tomate le premier produit horticole dans le monde. En 2016, la production mondiale de la tomate a été estimée à 177, 04 millions de tonnes avec un rendement moyen de 37,01 tonnes/hectare (FAOSTAT, 2018). La Chine, l’Inde, les Etats Unis et la Turquie sont les plus grands producteurs de tomate dans le monde avec environ 70% de la production mondiale (www.hortibiz.com). La contribution de l’Afrique à la production mondiale a été évaluée à 19,79 millions de tonnes avec l’Egypte et le Maroc qui concentrent Chapitre 1 : Synthèse bibliographique 7 l’essentiel de cette production. Au Sénégal, la production en 2016 a été estimée à 162700 tonnes (FAOSTAT, 2018). Les échanges de tomate représentent plus de 17% du commerce mondial de fruits et légumes frais. En effet, environ 4 millions de tonnes de tomates sont respectivement importées et exportées dans le monde chaque année (Desmas, 2005). La tomate est le légume le plus consommé dans le monde après la pomme de terre. Compte tenu de son importance économique, elle est l’objet de nombreuses recherches scientifiques et est donc considérée comme une plante modèle en génétique. La tomate compte parmi les légumes les plus consommés au Sénégal. Elle est cultivée dans presque toutes les régions du Sénégal. Les Niayes, la Vallée du Fleuve Sénégal et la Falémé sont les plus grandes zones de culture (Badiate, 2013). Cette culture se caractérise par une forte variabilité du rendement et des productions selon les années (Figure 2), les exploitations et les zones. Environ 160 000 tonnes de tomate fraiche ont été produites durant la campagne agricole de 2013 avec un volume d’exportation égal à 9 934 tonnes (CDH, 2015). Elle occupe le deuxième rang des cultures horticoles après l’oignon avec environ 20% du total des surfaces horticoles du Sénégal et joue un rôle socio-économique important tant par les devises qu’elle génère, que par l’opportunité d’emplois qu’elle procure. La tomate joue aussi un rôle important dans l’alimentation et la nutrition humaine. Figure 2: Evolution de la production de tomate au Sénégal entre 2007 et 2016 (FAOSTAT, 2018) 

 Importance alimentaire et nutritionnelle

 La tomate consommée, joue un rôle important dans l’alimentation humaine. Elle est un des légumes les plus nutritifs à cause de sa richesse en vitamines (B, C, A, E), en sels minéraux (potassium, chlore, phosphore), en acide aminés essentiels, en sucre et en fibres alimentaires 0 20000 40000 60000 80000 100000 120000 140000 160000 180000 200000 2007 2008 2009 2010 2011 2012 2013 2014 2015 2016 Production de tomate en tonne Année Chapitre 1 : Synthèse bibliographique 8 (Bernard, 2009). Les sels minéraux sont composés pour la moitié en potassium (235 mg pour 100 g de matière fraiche). La teneur en vitamine C de la tomate fraiche est comprise entre 10 à 30 mg/100 g (Ranc, 2010). A maturité, la tomate contient aussi plusieurs pigments de la famille des caroténoïdes dont les bêta-carotènes. En plus de son utilisation dans l’alimentation, la tomate a de nombreuses applications médicinales. Grace à la présence de la chlorine, la chair de la tomate permet de mieux filtrer les déchets émis dans l’organisme (Costa et al., 2010). Ainsi, elle joue un rôle antitoxique important pour le foie. Cependant l’application médicale de l’usage de la tomate la plus importante et qui fait l’objet de nombreuses recherches est l’intervention des pigments caroténoïdes antioxydants plus particulièrement le lycopène dans la prévention du cancer (Di Mascio et al., 1989). Elle jouerait également un rôle de prévention contre les maladies cardiovasculaires. La composition de la tomate est représentée dans le tableau .

Table des matières

Introduction générale
Chapitre 1 : Synthèse bibliographique
I. Généralités sur la tomate
I.1 Origine et classification
I.2 Description Botanique
I.2.1 Appareil végétatif
I.2.2 Appareil reproducteur
I.3 Exigences écologiques de la culture de la tomate
I.4 Importance de la tomate
I.4.1 Importance économique
I.4.2 Importance alimentaire et nutritionnelle
I.5 Ennemis de la tomate
II. Généralités sur Fusarium oxysporum de la tomate
II.1 Biologie des champignons du genre Fusarium
II.1.1 Caractéristiques morphologiques
II.1.2 Conservation et source d’inoculum
II.1.3 Pénétration et invasion
II.2 Principaux symptômes de la fusariose
II.2.1 Le flétrissement fusarien classique (Fusarium wilt)
II.2.2 La pourriture des racines et du collet (Fusarium crown and root rot)
III. Généralités sur Sclerotinia rolfsii de la tomate
III.1 Biologie des champignons du genre Sclerotinia
III.1.1 Caractéristiques morphologiques
III.1.2 Conservation et source d’inoculum
III.1.3 Pénétration et invasion .
III.2 Principaux symptômes de la sclerotiniose
IV. Méthodes de lutte contre les maladies de la tomate
IV.1 Lutte physique
IV.2 Lutte culturle
IV.3 Lutte chimique
IV.4 Lutte génétique
IV.5 Lutte biologique
V. Généralités sur Trichoderma
V.1 Classification
V.2 Morphologie
V.2.1 Les conidiophores
V.2.2 Les phialides
V.2.3 Les conidies
V.2.4 Les chlamydospores
V.3 Ecologie
V.4 Cycle de vie de Trichoderma
V.5 Aspect de Trichoderma en culture
V.5.1 Milieu Patato Dextrose Agar (PDA)
V.5.2 Milieu Malt Extract Agar (MEA)
V.5.3 Milieu Czapek Dox (Dox)
V.5.4 Milieu Sabouraud (SB)
V.6 Importance de Trichoderma
V.6.1 Pouvoir antagoniste de Trichoderma
V.6.2 Compétition
V.6.3 Antibiose
V.6.4 Mycoparasitisme
V.7 Induction de la résistance des plantes
V.8 Stimulation de la croissance de la plante
Chapitre 2 : Caractérisation morphogénétique et biochimique des isolats des Trichoderma
Introduction
I. Matériel et Méthodes
I.1 Isolement des Trichoderma
I.1.1 Présentation du site d’échantillonnage
I.1.2 Echantillonnage
I.1.3 Technique d’isolement
I.1.4 Caractérisation morphologique des Trichoderma
I.1.4.1 Caractéristiques macroscopiques
I.1.4.2 Caractéristiques microscopiques
I.1.5 Conservation des souches de Trichoderma
I.2 Caractérisation biochimique des souches de Trichoderma
I.2.1 Criblage des souches productrices d’enzymes
I.2.1.1 Pectinase
I.2.1.2 Chitinase
I.2.1.3 Cellulase
I.2.1.4 Protéase
I.2.2 Estimation de la production des différentes enzymes
I.2.2.1 Estimation de la production de pectinase
I.2.2.2 Estimation de la production de chitinase
I.2.2.3 Estimation production de cellulase
I.2.2.4 Estimation production de protéase.
I.2.3 Screening et estimation de la production d’AIA
I.3 Caractérisation moléculaire des souches de Trichoderma
I.3.1 Extraction de l’ADN génomique des isolats fongiques
I.3.2 Amplification PCR du gène de l’ARNr 18s
I.3.3 Vérification des produits PCR sur gel d’agarose
I.3.4 Purification du produit PCR sur gel d’agarose
I.3.5 Séquençage du produit purifié et identification des souches
I.3.6 Amplification aléatoire de l’ADN polymorphe (RAPD)
I.3.6.1 Optimisation de la réaction en chaîne de la polymérase
I.3.6.2 Sélection des marqueurs
I.3.6.3 Notation des bandes et analyse des données
II. Résultats
II.1 Identification des Trichoderma
II.1.1 Caractérisation morphologique
II.1.2 Screening production d’enzyme
II.1.3 Estimation de la production d’enzyme
II.1.4 Screening et production d’AIA par les isolats de Trichoderma
II.1.5 Caractérisation moléculaire des isolats de Trichoderma
II.1.5.1 Séquençage des régions ITS1 et ITS4
II.1.5.2 Analyse de la diversité génétique des souches sélectionnées (RAPD)
III. Discussion
III.1 Caractérisation morphologique
III.2 Caractérisation biochimique
III.3 Caractérisation moléculaire des isolats de Trichoderma
Conclusion
Chapitre 3 : Influence in vitro de divers facteurs abiotiques (milieux de culture, T°, pH,salinité, source de carbone et d’azote) sur la croissance mycélienne des isolats de Trichoderma sp
Introduction
I. Matériels et Méthodes
I.1 Matériel fongique
I.2 Effet des milieux de culture
I.3 Effet de la température d’incubation
I.4 Effet du pH
I.5 Effet du NaCl
I.6 Effet de la source de carbone
I.7 Effet de la source d’azote
I.8 Paramètres mesurés
I.9 Analyse statistique
II. Résultats
II.1 Effet des milieux de culture
II.2 Effet de la température d’incubation
II.3 Effet du pH
II.4 Effet de la salinité
II.5 Effet de la source de carbone
II.6 Effet de la source d’azote
III. Discussion
Conclusion
Chapitre 4 : Evaluation de l’activité antagoniste des isolats de Trichoderma sur deux agents pathogènes de la tomate : Fusarium oxysporum et Sclerotinia rolfsii
Introduction
I. Matériel et méthodes
I.1 Isolement et identification des souches pathogènes (Fusarium et Sclerotinia)
I.1.1 Prélèvement des échantillons
I.1.2 Isolement et purification des pathogènes
I.1.3 Identification des pathogènes
I.1.4 Conservation des isolats
I.2 Vérification du pouvoir pathogène des souches de Fusarium et de Sclerotinia
I.2.1 Matériel végétal
I.2.2 Inoculation des plantules
I.2.3 Ré-isolement des agents pathogènes
I.3 Etude in vitro des propriétés antagonistes des Trichoderma sur Fusarium oxysporum
et Sclerotinia rolfsii
I.3.1 Tests de confrontation directe
I.3.2 Tests de confrontation indirecte (confrontation à distance)
I.3.3 Paramètres mesurés
I.4 Effet des souches de Trichoderma sur la virulence de Fusarium oxysporum et Sclerotinia Rolfsii sur culture de tomate en serre
I.4.1 Traitement des semences
I.4.1.1 Production des inocula
I.4.1.2 Inoculation et semis
I.4.2 Traitement du sol
I.4.2.1 Production des inocula
I.4.2.2 Inoculation et repiquage
I.4.3 Dispositif expérimental
I.4.4 Paramètres mesurés
I.5 Analyse statistique
II. Résultat
II.1 Isolement des pathogènes
II.1.1 Aspects morphologiques des souches de Fusarium oxysporum
II.1.2 Aspects morphologiques des isolats de Sclerotinia rolfsii
II.2 Vérification du pouvoir pathogène des souches de Fusarium et de Sclerotinia
II.3 Etudes in vitro des propriétés antagonistes
II.3.1 Tests de confrontation directe
II.3.2 Tests de confrontation indirecte (distance)
II.4 Effet des Trichoderma sur la virulence des champignons pathogènes en serre
II.4.1 Traitement des semences
II.4.1.1 Effets des isolats de Trichoderma sur la virulence Fusarium oxysporum
II.4.1.2 Effets des isolats de Trichoderma sur la virulence Sclerotinia rolfsii
II.4.2 Traitement du sol
II.4.2.1 Effet des isolats de Trichoderma sur la virulence de Fusarium oxysporum
II.4.2.2 Effets des isolats de Trichoderma sur la virulence Sclerotinia rolfsii
III. Discussion
III.1 Etudes in vitro des propriétés antagonistes
III.2 Effet in vivo des Trichoderma sur la virulence des pathogènes (Fusarium oxysporum et Sclerotinia rolfsii)
Conclusion
Conclusion générale et perspectives
Références bibliographiques
Annexes
Annexe 1 : Rapport MACROGEN sur la caractérisation moléculaire des isolats
Annexe 2 : Composition des milieux de culture
Annexe 3 : Protocole d’extraction de l’ADN génomiue
Annexe 3 : Profils RAPD des 5 marqueurs polymorphes
Annexe 4 : Articles publiés
Annexes 5 : Communications affichées

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