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Composition classique
Cette flore est difficile à quantifier et les résultats sont variables à cause de plusieurs facteurs : mode de prélèvement, méthode microbiologique, présence de bactéries d’origine alimentaire, physiologie intestinale, contexte environnemental de l’hôte selon son régime alimentaire, les bactéries exogènes et les substrats antibiotiques.
L’intestin grêle :
Les bactéries de ce segment appartiennent au genre Lactobacillus et Streptococcus. De plus, quelques espèces de la famille des Entérobactériaceae sont présentes.
Le colon :
On trouve quatre types de flore :
- une flore dominante : exclusivement anaérobie, Eubactérium, Clostridium, Propionylbacterium, Bifidobacterium.
- Une sous-dominante : on a diverses espèces de la famille des Enterobacteriaceae (E. coli) et les genres Lactobacillus, Streptococcus et Enterococcus.
- Une résiduelle : les bactéries en transit ou réprimées par la flore dominante.
- Une fécale, avec de nombreuses espèces mortes. La flore n’est pas représentative des diverses « niches écologiques » de l’écosystème digestif.
Les flores sont étudiées pour retrouver des souches pathogènes ou potentiellement pathogènes pour l’Homme.
Les rôles de la flore intestinale
Effets digestifs
Des modifications anatomiques et histologiques vont être liées à la présence de la microflore et qui sont mises en évidence par comparaison d’un animal sans germe avec un animal normal.
Une augmentation de la flore entraîne un ralentissement du transit et une dilatation du caecum.
La vitesse de renouvellement cellulaire (index mitotique) est réduite chez l’animal axénique.
Effets nutritionnels
Effets bénéfiques pour l’hôte
Il va y avoir production d’acides gras à chaîne courte qui diminue la synthèse hépatique du cholestérol. On trouve aussi la dégradation des glucides non absorbés (amidon, pectine, cellulose) qui entraîne la production d’acides organiques assimilables par l’hôte (acétate, butyrate, propionate) et de gaz (CO2 et H2).
L’hydrolyse des lipides alimentaires non absorbés se fait grâce aux lipases bactériennes.
La dégradation de certaines protéines en acides aminés permet la récupération d’azote.
Il peut également y avoir des apports vitaminiques grâce à certaines bactéries capables de synthétiser, in vitro, un large éventail de vitamines (riboflavine β2, acide pantothénique β5, pyridoxine B6, Biotine B8, vitamine K).
Des bactéries anaérobies strictes, comme Clostridium butyricum, sont capables de synthétiser de la vitamine B12 qui est d’une grande utilité pour la croissance locale des bactéries.
Les gaz intestinaux sont le résultat de fermentation microbienne dans le gros intestin à partir des glucides et des protéines arrivant à ce niveau. Il s’agit de traces comparées aux ruminants.
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