L’INDEXATION DES VIRUS

Compte tenu des étapes qui ont été suivis pour la détection des virus, les résultats suivants ont été obtenus:  L’utilisation de PCR pour la détection de Badnavirus a révélé que parmi les 93 extraits d’ADN utilisé, 29 ont donné un résultat positif (Annexe 4), c’est-à-dire que 30,85% des accessions analysées présentent des Badnavirus.  Les techniques du RT-PCR pour la détection des virus à ARN et le PCR pour les virus à ADN ont permis de montrer que parmi les 39 accessions testées, 53,84% sont infectées par le Badnavirus, 2,56% par le Potyvirus et l’YMMV et aucune accession infectée par l’YMV, le Potexvirus et le CMV (voir tableau 27). Toutes ces accessions ne sont infectées que par un seul virus. Cependant l’accession MT 312 contient à la fois le Potyvirus et l’YMMV. 

DISCUSSION 

L’indexation des virus sur les ignames cultivées de Madagascar révèle l’existence de trois principaux virus à savoir Badnavirus, YMMV et Potyvirus et l’absence d’YMV, CMV et Potexvirus. La détection de Badnavirus dans les trois espèces d’ignames étudiées et dans beaucoup d’échantillons par rapport aux autres virus fait de ce virus le plus important à Caractérisation virologique 148 Carte 12 : Zones de dispersion des virus analysés (Source :www.mascareignes.com/madgascar/carte-madagascar.html) Caractérisation virologique 149  Madagascar comme dans des pays du Pacifiques (KENYON et al., 2008) et dans d’autre pays d’Amérique (GARCIA, 2011). Ce virus ne présente pas, apparemment, de symptôme et ne provoque pas un dégât majeur sur la production, donc son existence n’est pas alarmante. Par contre, un mélange de deux virus, YMMV et Potexvirus, dans une seule accession MT 312 a été constaté. Ces deux virus ont été déjà signalés dans d’autres pays d’Afrique de l’ouest (ENI, 2008; ASALA et al., 2012) et ils sont inquiétants car ils peuvent causer un impact négatif sur la production.  Les résultats de la caractérisation des séquences virales des ignames cultivées à Madagascar ont été confrontés avec les données en lignes dans Genbank (http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/) (Tableau28) afin de connaitre la famille, le genre et l’espèce de ces virus. Pour les trois virus de D. alata séquencés, l’YMMV identifié ressemble à 93% à celui du virus trouvé à Vanuatu, et les deux autres virus sont des DBV et appartiennent aux groupes 3 et 13, selon la classification des DBV proposée par KENYON et al. (2008), et ont une ressemblance à 99% avec ceux de Papouasie-Nouvelle Guinée. Les trois virus de D. esculenta de Madagascar appartiennent au genre DBV des groupes 1, 4 et 11, selon la classification de DBV proposée par KENYON et al. (2008), et ont respectivement une similitude avoisinant 89% du virus originaire des îles Salomon, 84% du virus trouvé au Bénin et 100% de celui originaire de Fiji.Enfin, les 2 séquences virales de D. bulbifera de Madagascar font également partie du genre DBV avec une similitude des séquences virales à 100% à celui trouvé au Fidji, 99% et 100% à celui constaté aux îles Salomon pour l’une des accessions et de 84% à celui originaire du Bénin pour l’autre accession. En tout, selon la comparaison des séquences de virus des ignames cultivées malgaches avec celles du Genbank, 10 séquences de virus différentes appartenant à 6 groupes parmi les 13 identifiés par KENYON et al. (2008) ont été identifiés. Tous les virus identifiés sur les ignames malgaches sont proches de ceux de l’Océanie sauf les deux virus de D. esculenta et D. bulbifera qui sont similaires aux virus des ignames du Bénin. Cette ressemblance avec les virus des ignames de Bénin pourrait être s’expliquée par le fait qu’il y avait un transport d’une souche infectée venant de Bénin vers Madagascar. Etant donné qu’il n’y a pas de centre semencier pour l’igname à Madagascar, l’utilisation des semences à partir des souches non saines est probable et peut être également une source de propagation des virus, d’où l’infection de ces deux espèces qui ont été collectées dans deux localités proches l’une de l’autre (moins de 10km).  Pour le virus YMMV dans l’accession MT 312 d’Ambalavao Fianaratsoa, après confrontation, aucune séquence nucléotidique qui lui est totalement similaire dans le Genbank n’a été trouvée. Une accession de D. alata de Vanuatu présente une séquence nucléotidique d’YMMV similaire à 93% de celle trouvée dans MT 312. En effet, on peut en déduire que du fait de cette grande différence, l’YMMV de Madagascar est une nouvelle souche. Par contre, nous avons constaté une forte ressemblance (99% à 100%) des séquences de Badnavirus trouvées au Papouasie-Nouvelle Guinée pour D. alata, au Fidji pour D. esculenta et aux îles Salomon et Fidji pour D. bulbifera. Ces résultats attestent que ces ignames pourraient être originaires de ces pays de l’Océanie (BURKILL et PERRIER DE LA BATHIE, 1950; RAISON, 1992 et LEBOT, 2009). Le fait de découvrir que l’YMMV et les Badnavirus dans les ignames malgaches sont originaire des pays de l’Océanie, l’hypothèse avancée par BOUSALEM et al. (2009) sur la migration des ignames asiatiques ainsi que la dispersion des Badnavirus depuis l’Océanie vers l’Afrique et Madagascar puis vers le continent américain semble être confirmé par nos résultats.  Comme toutes les manipulations relatives à la caractérisation des virus ne pouvaient se faire qu’à Montpellier dans un laboratoire équipé, nous n’avons pu séquencer que les virus  trouvés sur 8 accessions, d’après le tableau 3, pour deux principales raisons. La première est que notre séjour à Montpellier était limité, ce qui n’a pas permis d’accomplir certaines manipulations comme l’indexation ou le clonage. D’autre part, les moyens financiers dont nous disposions ne nous ont pas non plus réalisé tous les séquençages qui ont un coût très élevé.  Toutefois, le séquençage des virus trouvés dans les 8 accessions d’igname de Madagascar a contribué à l’enrichissement des données internationales dans les Genbank. Ceci constitue donc un apport positif à nos résultats.  Le risque de diffusion des virus est fonction des vecteurs et des activités humaines. Hormis l’existence de vecteurs sur un certain nombre de pieds d’igname chez les paysans, jusqu’à il y a deux ou trois ans, le risque de propagation de virus était faible avec la marginalisation de la culture de l’igname. Actuellement, le risque de propagation des maladies est devenu important avec la valorisation et la vulgarisation à grande échelle de la culture d’igname. Cet état de fait entraîne un flux massif de tubercule-semence au niveau régional et national alors que l’on ne connait pas l’état phytosanitaire des semences.  La comparaison des séquences virales des ignames malgaches avec les données du GenBank a montré qu’elles ont toutes une forte ressemblance avec les séquences virales trouvées dans les ignames du Pacifique sauf pour les virus du groupe 4. De plus, l’hypothèse de BOUSALEM et al. (2003) et BOUSALEM et al. (2009), en se basant sur les données de séquences nucléotidiques des virus d’ignames, sur la migration (avec leur virus) des ignames asiatiques, d’Est en Ouest, depuis l’Asie du Sud-Est vers l’Afrique et Madagascar puis vers le continent américain, au gré des migrations des populations confirme nos résultats. Il est donc probable que les ignames cultivées malgaches soient originaires de Mélanésie. Pour le cas des virus du groupe 4 des espèces D. esculenta et D. bulbifera qui sont proches de ceux des ignames de Bénin, la question se pose est-ce qu’il y avait une introduction des ignames cultivées (virosées) à Madagascar en passant par l’Afrique ?