ANTIBIORESISTANCE DES SOUCHES D’ENTEROBACTERIES UROPATHOGENES PRODUCTRICES DE BETA-LACTAMASES

Les infections du tractus urinaire

 Définition de l’infection du tractus urinaire

L’arbre urinaire est normalement stérile à l’exception de la partie distale de l’urètre. L’infection du tractus urinaire (ITU) regroupe un ensemble hétérogène d’infections de l’un des constituants du tractus urinaire ou de ses annexes pour laquelle la culture d’urine est positive. L’ITU se décline classiquement :  en colonisation urinaire (infection asymptomatique limitée aux urines vésicales anciennement appelée bactériurie asymptomatique) ;  en cystite (infection des urines et de l’épithélium vésicaux) ;  en pyélonéphrite (infection du bassinet ou parenchyme rénal) ;  en prostatite (infection du parenchyme prostatique). Les critères d’une infection du tractus urinaire sont les suivants :  Leucocyturie : ≥104 leucocytes/ mL  Bactériurie : le seuil de bactériurie associé à une leucocyturie significative tient compte de la forme clinique et de l’espèce bactérienne :  ≥103 Unités Formant Colonies (UFC)/mL pour les cystites aiguës à entérobactéries ou à Staphylococcus saprophyticus ;  ≥105 UFC/mL pour les cystites à autres germes (entérocoque) ;  ≥104 UFC/mL pour les pyélonéphrites et prostatites.

Aspects cliniques des infections du tractus urinaire 

La terminologie actuelle prend en compte les facteurs de risque de complications et distingue :  l’infection urinaire dite simple : cystites simples et pyélonéphrites simples qui ne concernent que la femme jeune sans facteurs de risque et la femme de plus de 65 ans sans comorbidité ;  l’infection urinaire dite compliquée qui se définit par l’existence de facteurs de risque de complication pouvant rendre l’infection plus sévère: anomalies organiques ou fonctionnelles de l’arbre urinaire, situations pathologiques sous-jacentes susceptibles de se décompenser et certains terrains physiologiques (grossesse, sujet âgé avec comorbidité, hommes). Cette définition regroupe donc les cystites compliquées, les pyélonéphrites compliquées et les prostatites. 

Etiologies bactériennes 

 Les germes les plus fréquemment isolés des infections du tractus urinaire sont les entérobactéries. Escherichia coli est au premier rang des bactéries retrouvées. L’incidence se situe entre 60 et 80 % tous diagnostics confondus, mais peut atteindre 95% dans les cystites aiguës simples. Après E. coli, sont isolés : soit d’autres entérobactéries (Proteus spp, Klebsiella spp) soit Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus saprophyticus et les streptocoques des groupe D, G et B. 

Les entérobactéries 

Les bactéries appartenant à la la famille des Enterobacteriaceae ont les caractéristiques suivantes :  bacilles à Gram négatif ;  immobiles ou mobiles grâce à une ciliature péritriche ;  aéro- anaérobies facultatifs ;  se développent aisément sur milieu ordinaire (non exigeantes)  fermentent le glucose avec ou sans production de gaz ;  dépourvues d’oxydase ;  possédent une catalase à l’exception de Shigella dysenteriae ;  réduisent les nitrates en nitrites (exception Erwinia).

 Caractères culturaux 

Les entérobactéries se développent facilement sur milieux nutritifs simples. Sur milieux gélosés, les colonies d’entérobactéries sont habituellement lisses, brillantes, de structure homogène (type« smooth » ou S). Cet aspect peut évoluer après cultures successives pour donner des colonies à surface sèche rugueuse (type « rough »ou R). Les colonies des bactéries capsulées telles que les Klebsielles sont mucoîdes, plus grandes que les colonies S avec une tendance à la confluence. II.3 Caractères biochimiques Les propriétés qui définissent la famille doivent être mises en évidence pour affirmer que la souche est une entérobactérie. Les caractères d’identification sont essentiellement biochimiques et utilisent des tests qui étudient le métabolisme protéique (présence d’uréase, production d’indole, dégradation du tryptophane) ou la fermentation de sucres (glucose, lactose, saccharose, etc), la capacité d’utiliser le citrate comme 4 source de carbone, la présence d’enzymes (décarboxylases, désaminases), la production ou non d’hydrogène sulfuré, et la production ou non de gaz

 Caractères antigéniques 

On peut distinguer chez les entérobactéries :  un antigène commun ou de KUNIN : cet antigène n’est pratiquement retrouvé que dans cette famille et a un intérêt taxonomique ;  des antigènes de paroi ou antigènes O : ils sont constitués de lipopolysaccharides (LPS), sont thermostables et résistent à l’alcool ; Leurs réactions d’agglutination se produisent lentement, sont constituées d’agglutinants granulaires, difficilement dissociables par agitation ;  des antigènes flagellaires ou antigènes H : ils ne sont présents que chez les souches mobiles.Ils sont constitués d’une protéine (la flagelline), sont thermolabiles et inactivés par l’alcool. Leurs réactions d’agglutination où ils interviennent se produisent rapidement, sont constituées d’agglutinats floconneux, facilement dissociables par agitation ;  des antigènes de surface (capsule ou enveloppe) ou antigènes K : ils sont généralement constitués d’une couche externe polysaccharidique et sont détruits par une ébullition de deux heures.

Les antibiotiques 

 Les antibiotiques sont, au sens strict, des agents antibactériens naturels d’origine biologique capables d’inhiber la croissance d’autres micro-organismes. Ils sont élaborés par des microorganismes (champignons et diverses bactéries). Cependant, avec le développement des méthodes de synthèse et d’hémisynthèse, cette définition trop réduite a été modifiée. On appelle antibiotique « toute substance qui, à faible concentration, inhibe la croissance bactérienne ». La classification des antibiotiques peut se faire selon : l’origine, le mode d’action, le spectre d’activité, la nature chimique.

 Mécanismes d’action des antibiotiques

Les antibiotiques perturbent la vitalité des bactéries par une action au niveau d’une ou de plusieurs étapes métaboliques indispensables. Pour être efficace un antibiotique doit atteindre une cible précise dans la bactérie. Quatre cibles d’action des antibiotiques sont individualisées (Cf. Figure 1) :  L’inhibition de la synthèse de la paroi bactérienne.  La destruction de la membrane de la bactérie.  Le blocage de la synthèse des protéines nécessaires à la vie et à la duplication de la cellule.  L’inhibition du fonctionnement du matériel génétique nécessaire à la vie et à la duplication de la cellule.