Epidémiologie et gestion des maladies

Une maladie correspond à l’altération de la santé et des fonctions des êtres vivants (en particulier la nutrition, la croissance et la reproduction). Les maladies peuvent être transmissibles ou non. Chez l’homme, les maladies cardio-vasculaires, la majorité des cancers, les maladies auto-immunes, la maladie d’Alzheimer ou encore l’asthme font par exemple partie des maladies non transmissibles entre différents individus. Chez la plante on parle de désordres physiologiques (ou parfois de maladies abiotiques). Ils désignent les perturbations du métabolisme, les retards de croissance ou les anomalies du développement résultant de causes non dépendantes d’êtres vivants. Ils sont souvent dus au climat ou à un défaut d’alimentation de la plante. Les maladies transmissibles d’un individu à un autre concernent essentiellement les anomalies génétiques héréditaires et les maladies infectieuses. On parle de maladie infectieuse lorsqu’elle est provoquée par un parasite. Ce parasite est un micro-organisme qui peut être par exemple un virus, une bactérie ou un champignon. Ma thèse s’intéresse seulement aux maladies d’origine infectieuse qui peuvent se propager à travers une population hôte.  La transmission d’une maladie infectieuse peut être directe ou indirecte. La transmission est directe lorsqu’elle se fait d’un sujet malade à un sujet sain par contact direct ou par l’air. Ainsi, chez l’homme, le sida se transmet lors de rapports sexuels ou par des échanges sanguins et la gale se transmet lors d’un contact cutané. Chez la plante, le mildiou et le botrytis qui affectent de nombreuses cultures se transmettent aussi par contact. La transmission est indirecte lorsque la maladie est transmise par l’intermédiaire de supports ou vecteurs. Par exemple, la dengue et le chikungunya sont transmis à l’homme par des moustiques, et certains virus de la mosaïque jaune et le virus de la sharka sont transmis à leurs plantes hôtes par des pucerons.

Une maladie peut entrainer une épidémie si sa propagation est rapide. Autrement dit, une épidémie désigne l’augmentation rapide de la prévalence et de l’incidence d’une maladie dans un population en un lieu donné, à un moment donné. Ces deux indicateurs sont les plus utilisés en épidémiologie pour évaluer la fréquence et la vitesse d’apparition d’une maladie. La prévalence mesure la part de la population atteinte par une maladie à un moment donné. L’incidence d’une maladie mesure l’état de santé d’une population en dénombrant le nombre de nouveau cas sur une période donnée. Les épidémies sont responsables de nombreux décès dans le passé et continuent d’avoir de graves conséquences encore aujourd’hui. Ainsi, la peste noire, causée par la bactérie Yersinia Pestis, a tué entre 25 et 50 millions de personnes en Europe entre 1347 et 1352, soit 30 à 50% de la population (Perry et Fetherston, 1997). Quelques années plus tard, la grippe espagnole de 1918 due à la souche H1N1 aurait tué 30 millions de personnes selon l’Institut Pasteur. Egalement, depuis 1981, le sida a entrainé la mort de plus de 25 millions de personnes à travers le monde (UNAIDS, 2015).

Conséquences des épidémies

Les épidémies peuvent être directement meurtrières chez l’homme, mais elles peuvent aussi avoir de graves conséquences sur l’alimentation et l’économie agricole (Rosegrant et Cline, 2003; Strange et Scott, 2005). Une des épidémies les plus connues, provoquée par le mildiou de la pomme de terre, a frappé l’Europe dans les années 1840 et a entrainé une famine qui a causé le décès de plus d’un million de personnes (Vanhaute et al. 2006). Les épidémies continuent encore aujourd’hui à provoquer des pertes de rendement considérables dans les cultures. Nous pouvons par exemple citer les cas de la rouille, un champignon qui infecte le blé (Galus, 2008), de l’oïdium, qui impacte de nombreuses espèces (tomate, vigne, abricotier etc.) ou encore de la sharka qui altère le rendement et la qualité des fruits chez les Prunus (cette maladie sera amplement abordée dans la suite de cette thèse).