LES MICROMYCÈTES

Ce chapitre est consacré aux champignons microscopiques, les micromycètes, impliqués dans la biodétérioration. Nous commencerons par quelques généralités, puis nous nous intéresserons plus particulièrement aux souches sélectionnées dans cette étude. Il existe aujourd’hui un nombre considérable d’organismes et la tâche de les nommer et de les classer s’avère être complexe. La taxinomie, ou science de la classification des êtres vivants, fut établie par Carl Von Linne au XVIIIe siècle. Il proposait alors un système de classification basé sur les ressemblances et les différences des organismes dans leur morphologie, leur fonctionnement, leur habitat et leur reproduction. La classification est en continuel changement. Le classement traditionnel des espèces est surtout basé sur la présence (ou l’absence) d’un caractère morphologique. Le classement repose sur une hiérarchie fixe de catégories. Au niveau le plus bas de ce système, on trouve l’espèce à laquelle correspond un type particulier d’organisme vivant ; plusieurs espèces différentes peuvent constituer un genre, plusieurs genres une famille, plusieurs famille un ordre ; puis vient la classe suivie de l’embranchement et enfin le règne. La classification phylogénétique* est un nouveau système de classification systématique des êtres vivants (Figure 3). Elle pourrait, à plus ou moins long terme, remplacer la classification traditionnelle basée sur des traits phénotypiques et des préférences nutritionnelles. Initiée par Carl Woese en 1990 à partir de données génétiques, elle montre notamment que les procaryotes pouvaient être divisés en deux groupes trop différents pour pouvoir être identifiés comme un seul.

Le règne des Champignons

Le règne des Champignons est divisé en 4 classes (Figure 4) : Chytridiomycota, Zygomycota, Ascomycota, Basidiomycota. Les champignons sont hétérotrophes, c’est-à-dire qu’ils sont incapables d’utiliser l’énergie solaire, et utilisent donc de nombreuses molécules carbonées fabriquées par d’autres êtres vivants. Les chytridiomycètes sont des champignons souvent unicellulaires et sont probablement proches des algues. La plupart des zygomycètes vivent sur des matières végétales et animales en décomposition dans le sol. Quelques uns sont parasites de plantes, d’insectes, d’animaux et de l’homme. De nombreuses espèces d’ascomycètes sont familières et économiquement importantes ; par exemple les moisissures rouges, brunes et bleu-vert qui détériorent la nourriture sont des ascomycètes. Le nom d’ascomycète provient de leur structure reproductrice caractéristique, l’asque (du grec askos, sac) en forme de massue ou de sac. Les basidiomycètes sont communément connus sous le nom de « champignons à chapeau ». Les deutéromycètes (ou champignons imparfaits) ne constituent pas un groupe naturel, mais un ensemble artificiel regroupant environ 15 000 espèces (plus du quart des champignons actuellement connus) ne présentant jamais, ou très exceptionnellement, de forme sexuée. Ils se reproduisent uniquement par voie végétative au moyen de spores asexuées ou par simple fragmentation du mycélium. On place ces formes asexuées dans les classes auxquelles appartiennent leur phase sexuée (soit Ascomycota soit Basidiomycota). Ils sont responsables d’un grand nombre de maladies des végétaux et humaines (Boiron, 2002). Nous travaillons dans cette étude avec des espèces appartenant à la classe Ascomycota. C’est pourquoi nous présentons les similitudes et les différences de développement rencontrés pour cette classe uniquement. L’appareil végétatif, qui permet la croissance et le développement, est composé de filaments appelés hyphes dont l’ensemble constitue un réseau : le mycélium. Il va à la recherche de ses aliments, dégrade le support par émission d’enzymes et d’acides, en transforme les composants à l’intérieur de la cellule et rejette les déchets à l’extérieur, ou les stocke. La dégradation du substrat peut être infime ou considérable, selon l’adaptation spécifique du champignon, la durée et les conditions de son développement. Cette activité de dégradation est la cause de la détérioration des supports. La colonisation du substrat est réalisée par extension et ramification des hyphes. L’accroissement de celles-ci s’effectue par le sommet, ou apex, où s’effectue l’essentiel des réactions de synthèse et dégradation du métabolisme dit « primaire », indispensable à la construction de la cellule du champignon. Les produits du métabolisme « secondaire » non indispensable au fonctionnement de la cellule, sont plutôt stockés en région subapicale. Les métabolites secondaires les plus connus sont les pigments, les antibiotiques, les mycotoxines… (Roquebert, 1997).  La plupart des micromycètes se multiplient par des spores, d’origine sexuée et/ou asexuée. Ce sont des cellules au métabolisme réduit, entourées de parois protectrices épaisses qui les isolent du milieu ambiant. Elles sont produites en très grand nombre et peuvent survivre plusieurs mois à plusieurs années. C’est sous cette forme que les micromycètes sont dispersés puis se déposent sur de nouveaux supports. Lorsque les conditions environnementales deviennent favorables, elles germent comme des graines, et redonne du mycélium qui reformera, à son tour des spores (Figure 5) (Roquebert, 1997). Les spores se forment à partir du mycélium selon des processus plus ou moins différenciés, mais en tout cas très variés. Elles peuvent être solitaires groupées en chaînes ou en têtes, portées à la surface du mycélium, ou contenues dans des enveloppes cellulaires.