Isolement et culture in vitro de Trichoderma sp. de la rhizosphère de la tomate (Solanum lycopersicum)

domaine des cultures maraichères et ornementales. Les méthodes conventionnelles utilisées pour lutter contre ces pathogènes sont basées sur l’utilisation abusive de produits chimiques nuisibles à l’environnement. Afin de pallier ces pratiques néfastes, des champignons antagonistes dont Trichoderma peuvent être utilisés pour lutter contre ces pathogènes et réduire l’utilisation des pesticides. Ainsi, nous avons isolé trois souches de Trichoderma à partir de la rhizosphère de la tomate et étudié l’effet de différentes contraintes biotiques et abiotiques sur la croissance et la compétitivité des souches. Les résultats obtenus montrent que ces champignons peuvent utiliser une large gamme de sources de carbone et d’azote pour favoriser leur croissance. La température optimale de croissance des différentes souches est de 29 °C. Les souches de Trichoderma peuvent croitre aussi sur différents milieux à différents pH et résistent à des concentrations de sel (NaCl) allant jusqu’à 3%. Les tests de confrontations directes et à distance sur deux souches de Fusarium sp. (F1 et F2) isolées respectivement à partir des racines et des feuilles de tomates présentant des symptômes de la fusariose ont montré une inhibition et un arrêt de la croissance de ces pathogènes. Mots clés : rhizosphère, Trichoderma, croissance, isolement, antagonisme In Senegal, fungal pathogens cause significant yield losses on market gardening and ornamental. Conventional methods used against these pathogens are based on release of environmentally harmful chemicals. To overcome harmful practices, Trichoderma strains can be used to fight against these pathogens and reduce therefore the use of pesticides. Growth and competitiveness of three strains of Trichoderma isolated from the rhizosphere of tomato were studied under different biotic and abiotic stress conditions. The results indicated that these fungi can use a wide range of sources of carbon and nitrogen for growth. The optimum growth temperature is 29 °C for different strains. Trichoderma strains were also able to grow on various media at different pH and under salt concentrations (NaCl) up to 3%. Direct and indirect confrontations with two strains of Fusarium sp. (F1 and F2) respectively isolated from the roots and leaves of tomato with symptoms of the disease showed growth inhibition of these pathogens.

Dans le sol, la plupart des micro-organismes sont utiles, tandis que d’autres constituent de véritables ennemis et entravent le développement de la plante et de son système racinaire. Certains agents pathogènes du sol sont responsables d’importantes pertes de récoltes en causant diverses maladies dont les pourritures des semences, des fruits et des racines, les flétrissements des plantes, les chancres de tiges, les taches foliaires etc… Les méthodes conventionnelles utilisées pour lutter contre ces pathogènes sont basées sur l’utilisation de produits chimiques avec des effets secondaires sur l’environnement et les microorganismes associés utiles parce que non sélectifs. Les maladies sont complexes et difficiles à combattre parce que souvent initiées par des blessures, ce qui facilitent l’entrée et la progression des champignons pathogènes (Caron et al., 2006) . Cette situation conduit à une utilisation abusive de pesticides chimiques de synthèse. Ces derniers entrainent une pollution des eaux de surfaces et souterraines soit directement par infiltration des eaux de pluies et d’arrosage entrainant les produits phytosanitaires ou bien indirectement par ruissellement et lessivage des sols contenant les résidus des pesticides. Au Sénégal par exemple, dans la zone périurbaine des Niayes, plus importante zone de culture maraichères du pays, les concentrations de résidus mesurées dans la nappe phréatique dépassent les normes de potabilité de l’eau (Cissé et al., 2003). Ce même phénomène a été observé dans d’autres pays comme la Côte d’Ivoire, où une contamination de l’eau souterraine par les pesticides organophosphorés et organochlorés a été montrée dans les régions agricoles où sont cultivés le cacao, le café, la banane et les légumes (Traoré et al., 2006).Un autre phénomène accroissant la contamination de l’espace rural par les pesticides est lié à la création des conditions favorables au développement de la résistance des ennemis (insectes, bactéries, nématodes et champignons) et la destruction des organismes utiles (Harman, 1992). Ainsi, plusieurs cas d’accoutumance des prédateurs aux pesticides ont été constatés (Georghiou, 1986). L’utilisation abusive des pesticides a aussi de nombreuses conséquences sur la santé humaine. On observe ainsi après l’application des pesticides des cas d’irritation de la peau, des céphalées, un rhume, des bouffées de chaleur ou des vertiges (Ahouangninou et al. ; 2011). On a constaté également un lien entre la présence de produits chimiques «perturbateurs endocriniens » et un taux accru de cancers du sein, de la prostate, du testicule, d’endométriose, de malformations congénitales de l’appareil reproducteur masculin et de réductions du nombre de spermatozoïdes (Hileman, 1994). Certaines pratiques, telles que le non-respect des dosages recommandés et des délais avant récolte, constituent également des facteurs de risque pour le consommateur, qui sont souvent à l’origine de nombreux cas d’intoxication alimentaire.

Généralités sur Trichoderma

Les Trichoderma sont des microorganismes cosmopolites et appartiennent à un grand ensemble de champignons sans reproduction sexuée connue (Roquebert, 1996 ; Genilloud et al., 1994). Le genre Trichoderma regroupe de nombreuses espèces réparties dans différents écosystèmes (terrestre ou aquatique). Il joue un rôle important dans l’industrie agroalimentaire et est une matière de choix pour l’exploitation industrielle de manière générale à cause de leur capacité de production d’enzymes, de substances bioactives, d’acides aminés et leur développement rapide. De nos jours près de 100 espèces de Trichoderma ont été isolées et certaines de ces espèces dont Trichoderma viride et Trichoderma harzianum sont d’intérêt économique pour leur production d’enzymes cellulolytiques et sont utilisées dans la lutte biologique. Ainsi grâce à leurs nombreuses propriétés antagonistes vis-vis des autres pathogènes (antibiose, mycoparasitisme, compétition), ces espèces sont capables de protéger les plantes contre les pathogènes et de permettre une stimulation de la croissance des plantes (Mouria et al., 2007). Ce qui permet de réduire l’utilisation abusive des traitements chimiques contre les champignons pathogènes pour une agriculture plus respectueuse des normes environnementales. Dans ce contexte de nombreuses espèces de Trichoderma ont été isolées partout dans le monde notamment en Afrique dans des pays comme la Cote d’ivoire (Kebe et al., 2009), la Tunisie (Daami-Remadi M., El Mahjoud M., 2001 ; Hibar et al., 2005), le Kenya (Okoth et al., 2009), la Lybie (Attitalla et al., 2012), le Cameroun (Tondje et al., 2007). Les espèces de Trichoderma ont été utilisées pour la lutte biologique contre différents champignons pathogènes tels que Phytophthora palmivora (Kebe et al., 2009), Fusarium oxysporum f. sp. radicis-lycopersici, Pythium ultimum, Rhizoctonia solani, Sclerotinia sclerotiorum et Verticillium dahliae (Caron et al., 2002) pour la protection de certaines cultures comme la tomate , le concombre (Caron et al., 2002, Mouria et al.,2007) l’oignon, l’aubergine (Caron et al.,2006) .