Analyse génétique des adénovirus en situation clinique

DIAGNOSTIC BIOLOGIQUE

DIAGNOSTIC DIRECT 

Culture cellulaire

 L’isolement viral en culture cellulaire est fondé sur l’inoculation de cellules en culture par un échantillon biologique potentiellement infecté par un virus. Il s’agit pour les HAdV de la méthode de référence (26). Différentes lignées cellulaires sont disponibles pour cette analyse comme les cellules diploïdes MRC5 ou de lignées humaines continues Hep-2, HeLa ou encore KB. La multiplication virale, ne s’observant que très peu pour les HAdV 40 et 41 voire pas du tout, se traduit par l’apparition d’un effet cytopathique (ECP). Le long délai de rendu du résultat (ECP en 3 à 28 jours) constitue l’une des principales limites de cette méthode. 

Tests de diagnostic rapide (TDR) 

Ces tests ont pour avantage, comme leur nom l’indique, de donner un résultat rapidement, dans un délai de l’ordre de quelques minutes. Autre avantage majeur : leur simplicité d’utilisation sous forme de tests unitaires qui permet leur emploi en dehors des laboratoires par du personnel de santé autres que les biologistes et les techniciens de laboratoires. Il existe des tests pour la détection des infections respiratoires (Adeno Respi Color, Servibio®) qui restent peu utilisés en pratique car peu sensibles mais aussi parce que la prévalence de ces atteintes est faible par rapport à d’autres étiologies virales. Cependant, les HAdV étant plus fréquemment impliqués dans les tableaux GI, l’utilisation des TDR est beaucoup plus intéressante dans ce type d’atteinte. La sensibilité y est alors meilleure du fait de la présence en grande quantité de virus dans les selles, quelques faux-positifs peuvent néanmoins survenir (28). En revanche les performances des TDR sont meilleures lorsqu’ils sont utilisés pour le diagnostic des GEA du jeune enfant (29). Les trousses commercialisées sont pour la totalité combinées à la recherche d’autres virus responsables de GEA comme les norovirus ou les rotavirus. Ces sont des techniques de choix pour la fastidieuse détection des HAdV 40 et 41 dans les selles (30). La technique est basée sur la migration de l’antigène, spécifique de l’HAdV (commun à tous les types) présent dans l’échantillon, par capillarité sur un support solide. Cet antigène est arrêté par un anticorps spécifique fixé sur le support sous la forme d’une bande. Le complexe antigène anticorps est ensuite révélé par un deuxième anticorps couplé à une enzyme, ce qui conduit à l’apparition d’une bande colorée. L’apparition d’une deuxième bande dite de contrôle permet de valider la réaction (cf. figure 5). 

Biologie moléculaire

 La PCR est une technique hautement sensible utilisée pour la détection de l’ADN viral dans une grande variété d’échantillons biologiques (LCR, sang, biopsies, …). Cette méthode se situe à mi-chemin entre la lenteur de la culture cellulaire et le manque de sensibilité des TDR. En effet, il s’agit d’une technique à la fois très sensible, spécifique et qui est relativement rapide (environ quelques heures) (31). Les kits commerciaux de PCR qualitative et quantitative (qPCR) actuellement disponibles utilisent un système d’amorces et de sondes permettant soit la détection des HAdV sans distinction d’espèce ou de génotype, soit la détermination de l’espèce (de A à G) et/ou le génotype (pour la plupart) (32). L’usage de la qPCR est très intéressant pour la surveillance des patients ID. En effet, il a été démontré que l’élévation de la charge virale ou des taux importants de virémie augmentait à la fois le risque d’infection à HAdV disséminée et la mortalité (33) (34). Utilisée conjointement avec le séquençage, la PCR permet également le génotypage relativement rapide des HAdV.