INFLUENCE DE L’ANIMAL HOTE SUR LA COMPOSITION DE SON MICROBIOTE RUMINAL

Synchronisation des contenus ruminaux

La veille de la synchronisation, les chèvres n’ont reçu que le repas du matin avec un accès libre à l’eau. Le matin de la synchronisation, le rumen de chaque chèvre a été vidangé dans des sacs par la canule ruminale à l’aide d’un bécher. Les rumens ont été rincés avec 5 litres d’eau physiologique à 38 ± 2°C. Les contenus, une fois retirés des chèvres, ont été pesés puis immédiatement introduits dans des sacs de 100l eux-mêmes dans des bacs de 80l maintenues à 38 ± 2°C au bain marie. Entre chaque retrait de contenu, le sac était maintenu fermé avec un minimum d’air au-dessus du contenu et un tuyau de CO2 était maintenu dans cet espace pour chasser l’oxygène afin de maintenir le milieu en anaérobie. Une fois les contenus mélangés, ils ont été homogénéisés par brassage et immédiatement réintroduits dans les rumens des chèvres après retrait du liquide physiologique. Pour chaque chèvre, l’inoculum était égal à 90 % du poids de contenu initialement retiré. 1.2.3 Mesures des caractéristiques des chèvres Les mesures présentées dans cette partie ont été utilisées pour caractériser les phénotypes des animaux. Ne cherchant pas à identifier les effets des variations temporelles des 106 caractéristiques phénotypiques, nous avons choisi de consolider les différentes mesures en les moyennant pour obtenir une information sur le phénotype moyen. Durant l’essai les chèvres ont été pesées à 14h00 chaque semaine. La variable PV (kg) correspond au poids vif moyen des animaux sur l’ensemble de la période d’expérimentation. Les cinétiques d’ingestions ont été réalisées quand les animaux étaient en case individuelle avec une distribution d’aliment rationnée. Après le séchage de l’aliment à 87°C durant 24h dans une étuve pour déterminer la MS, la matière sèche ingérée (MSI) a été calculée. Cette variable MSI (kg/jour) correspond à la moyenne des ingestions sur les 3 périodes de mesures de d -84 à d -79, de d 26 à d 31 et de d 139 à d 144.

Dynamiques des contenus ruminaux

La caractérisation des dynamiques des contenus ruminaux est divisée en 2 groupes de mesures : les cinétiques d’ingestion et les taux de renouvellement des contenus. Les mesures de cinétique d’ingestion permettent de décrire le comportement alimentaire. Ces données sont mesurées sur 3 périodes : de d -84 à d -79, de d 26 à d 31 et de d 139 à d 144. Les auges des animaux étaient placées sur des balances enregistrant le poids toutes les 2 minutes. Les enregistrements ont été analysés sur le repas distribué l’après-midi durant 5 jours par période. Après la distribution de la ration, le comportement des chèvres alternaient entre des périodes de consommation et des périodes de repos. L’analyse des fréquences de ces pauses permet de distinguer les pauses intra-repas des pauses inter-repas (Martin et al., 1993). Cette méthode aussi appelée « Log survivorship method » consiste à dénombrer les pauses en fonction de leur durée, de faire une transformation logarithmique de ces valeurs et d’identifier la cassure entre les pauses intra et inter repas. Les contenus ruminaux ont été échantillonnés pour estimer le taux de renouvellement de la phase liquide et solide des contenus sur 3 périodes de mesures : de d -56 à d -51, de d 14 à d 19 et de d 133 à d 138. Le polyéthylène glycol (PEG) a été utilisé comme marqueur de la phase liquide. Le foin mordancé au chrome a été utilisé comme marqueur de la phase solide. Ce dernier a été préparé en une seule fois (Uden et al., 1980). La fraction conservée pour le marquage est comprise entre 0,212mm et 1 mm. Le premier jour de mesure 50g de foin mordancé et 15g de PEG dissout dans 100ml d’eau sont introduits par la canule à 9h00. La partie liquide du contenu des rumens est échantillonnée après 2, 4, 6, 8, 12, 24, 32, 36 et 47h. La partie solide du contenu est quant à elle échantillonnée après 6, 8, 12, 24, 32, 37, 47, 60, 72, 85, 96 et 112h avec 50g de contenu pris dans un pré-échantillon de 500g (le reste est ensuite réintroduit dans le rumen). Les échantillons liquides sont stockés à -20°C jusqu’à l’analyse. Les échantillons solides sont séchés à 80°C puis broyés avec un broyeur Culatti (Prolabo, Paris, France) avec une ouverture de 1mm puis stockés dans un endroit sec jusqu’à l’analyse. Ces échantillons de contenu solide ont été analysés pour connaître la concentration en chrome par spectroscopie d’absorption (Williams et al., 1962). Les échantillons de contenu liquide ont été analysés pour déterminer la concentration en PEG par turbidimétrie (Hyden, 1956). Les variables associées aux taux de passage des phases liquides et solides des contenus ruminaux sont calculées par un ajustement des données avec le modèle suivant : [𝑚𝑎𝑟𝑘𝑒𝑟]𝑡 = [𝑚𝑎𝑟𝑘𝑒𝑟]𝑡0 . 𝑒𝑥𝑝 −𝑘 . 𝑡 100 107 Où t est le temps (h), k le taux de passage de la phase liquide (TPPL) ou le taux de passage de la phase solide (TPPS) (%/h) et [𝑚𝑎𝑟𝑘𝑒𝑟]𝑡0 la concentration initiale en PEG ou en chrome dans le rumen. L’estimation précise de la concentration initiale du marqueur nécessite l’utilisation d’un modèle double exponentiel. Dans notre expérimentation, nous n’avons pas suffisamment de prélèvements suivant l’introduction du marqueur pour utiliser un tel modèle. Nous ne prendrons pas en compte cette concentration initiale pour la suite des analyses.