L’estimation souche spécifique du succès épidémique contribue à la compréhension des dynamiques de transmission au sein de la tuberculose

Télécharger le fichier original (Mémoire de fin d’études)

Diagnostique de la maladie

Pour reporter les cas de tuberculose, il faut dans un premier temps les diagnostiquer. Cela se fait en deux temps, premièrement cliniquement, c’est-à-dire repérer les personnes atteintes de tuberculose au vu de leurs symptômes. Puis dans un deuxième temps confirmer bactériologiquement que le germe responsable de la maladie est bien M. tuberculosis. Or cette étape, plus compliquée à mettre en place, n’est pas systématiquement effectuée. En 2015, 57% des cas de tuberculose pulmonaire reportés à l’OMS ont été bactériologiquement confirmés. Les symptômes de la tuberculose pulmonaire sont nombreux et peuvent être présents sous diverses combinaisons. Les principaux sont la toux souvent grasse, des crachats (appelés « sputums ») souvent purulents, une hémoptysie: le fait de cracher du sang, une perte de souffle progressive, une perte de poids et de l’anorexie, de la fièvre pouvant être accompagnée de suées nocturnes, des malaises et enfin une cachexie (dénutrition importante, fatigue et atrophie musculaire) dans les stades avancées de la maladie (Campbell and Bah-Sow 2006). Cependant, dans les pays développés, la présence de tous ces symptômes chez un patient est rare et lorsque c’est le cas, plus souvent provoqués par un cancer des poumons que par une tuberculose pulmonaire. Malheureusement dans les pays en développement, des patients présentant ces symptômes peuvent être rencontrés. Afin de diagnostiquer rapidement des cas de tuberculose, certains facteurs épidémiologiques doivent être connus. En effet, dans les pays développés, la tuberculose est beaucoup plus fréquente chez les migrants en provenance d’Afrique sub-saharienne, d’Inde, d’Asie du Sud-Est et de l’ancien bloc soviétique que chez les natifs du pays en question. Chez ces derniers, la tuberculose est diagnostiquée plus souvent chez des personnes âgées et isolées. Le fait que les personnes soient alcooliques, sans domicile fixe, consommateurs de drogues dures ou des patients immuno-déficients sont des facteurs de risque supplémentaires. Dans le reste du monde, la tuberculose touche plus communément les personnes pauvres, en état de malnutrition et/ou atteintes du VIH. On peut utiliser le test cutané à la tuberculine afin de détecter les personnes en phase latente de tuberculose, donc sans symptômes. Cependant 10 à 25% des personnes développant une tuberculose pulmonaire auront un test négatif. De plus, le test peut être positif pour des personnes vaccinés au BCG ou infecté par d’autres mycobactéries. Si certains des symptômes sont présents, avec une toux persistant plus de 3 semaines, il faut tester bactériologiquement s’il s’agit de la M. tuberculosis. Pour cela, 3 principales méthodes sont employées. La plus simple et la plus ancienne consiste à examiner le frottis des crachats au microscope afin d’identifier si la bactérie est présente ou non. L’examen doit se faire sur au moins deux crachats, dont un fait tôt le matin. Néanmoins, l’absence du bacille dans les crachats n’exclut pas pour autant que le patient souffre de tuberculose. La seconde est une méthode de culture après prélèvements (Figure 4). M. tuberculosis est un bacille à croissance très lente (3 à 6 semaines) exigeant des milieux spéciaux. Le milieu solide le plus utilisé est celui de Lowenstein-Jensen ou une de ses multiples variantes (Coletsos). Ce sont des milieux solides à base d’œufs, additionnés en proportion variable d’asparagine, de glycérine ou de vert malachite. La culture est aussi possible en milieu liquide (Middlebrook, Mycobacteria Growth Indicator Tube). Les colonies blanc-ivoire sont rugueuses et adhérentes au milieu. Elles grossissent lentement pour atteindre 3-4 mm après 2 à 3 mois. Elles ont alors un aspect en chou-fleur. La troisième méthode repose sur l’emploi de tests moléculaires rapides. Le seul actuellement recommandé par l’OMS est le Xpert® MTB/RIF assay (Cepheid, Sunnyvale USA) qui permet de tester la présence de M. tuberculosis et également de tester la résistance de la souche à la rifampicine. Actuellement pour tester la résistance aux antibiotiques des souches, les méthodes cultures-dépendantes restent le golden standard. Cependant de nouveaux outils sont recommandés par l’OMS afin de permettre un meilleur diagnostique des souches résistantes. Ces tests sont appelés LPAs (Line probe assays). Basés sur l’ADN, ils permettent de tester rapidement les résistances à différents antibiotiques en identifier certaines mutations connues rendant la bactérie résistantes. Il existe plusieurs LPAs selon les types de résistantes à tester (antibiotiques de première ligne, fluoroquinolones ou antibiotiques injectables de seconde ligne).
b) Agrandissement de colonies typiques de type rugueuse, dites en choux-fleur. c) Coloration au Ziehl-Neelsen du bacille de Koch.
Chiffres et bilans mondiaux 2015 (WHO 2016)
Mondialement la tuberculose toucherait entre 2 et 3 milliards de personnes de façon asymptomatique, en phase dite latente. Parmi ceux-ci, seuls 5 à 15% développeront la maladie
durant leur vie, avec une probabilité accrue chez les patients immuno-déficients, affaiblis par l’âge ou en état de malnutrition. En 2015, d’après le World Tuberculosis Report 2016 (OMS),
les principaux chiffres de la maladie sont les suivants : Tout d’abord, on estime l’incidence à 10.4 millions de nouveaux cas (dans une fourchette de 8.4 millions à 12.2 millions) pour un total de 6.1 millions de cas notifiés et reportés à l’OMS (Figure 5). Parmi ceux-ci 5.9 millions d’hommes, 3.5 millions de femmes et 1 million d’enfants. Comme vu précédemment, certains facteurs à risque augmentent la probabilité de développer la tuberculose, ce qui explique que les hommes soient plus touchés. Les personnes atteintes du VIH représentent quant à elles 1.2 millions de cas. En 2015, la maladie a entrainé la mort de 1.4 millions de malades dont 0.4 millions souffrant, en combinaison, de la tuberculose et du VIH. Les pays les plus touchés sont des pays en voie de développement. En effet, 60% des nouveaux cas ont été déclarés dans 6 pays: l’Inde, l’Indonésie, la Chine, le Pakistan, le Nigéria et l’Afrique du Sud. En Afrique l’épidémie de tuberculose est facilitée par l’épidémie de VIH et ainsi 31% des nouveaux cas de tuberculose y sont des patients porteurs du virus, atteignant même 50% en Afrique du Sud. La tuberculose reste donc en 2015 une des dix premières causes de décès à l’échelle mondiale, devant le VIH, malgré un déclin du nombre de nouveaux cas de 1.5% par rapport à 2014.

Table des matières

Introduction
Results
Discussion
Methods
Supplementary
Chapitre 4 : Changements d’hôtes au sein du complexe Mycobacterium tuberculosis et leurs conséquences adaptatives
Introduction
Méthodes
Résultats et discussions
Chapitre 5 : L’estimation souche spécifique du succès épidémique contribue à la compréhension des dynamiques de transmission au sein de la tuberculose
Introduction
Results
Discussion
Methods
Chapitre 6 : Les fluctuations des patrons de migrations humaines ont forgé structure de population globale de Mycobacterium tuberculosis en France
Introduction
Results
Discussion
Methods
Conclusions et perspectives
Taux de mutation, origine, co-évolution avec l’homme
Impact des mutations compensatoires
Reconstructions démographiques
Souches animales
THD
Annexe méthodes