Les suppurations pleuropulmonaires
L’abcès du poumon associe un tableau de pneumopathie aigue fébrile avec douleur thoracique et altération importante de l’état général. L’expectoration purulente est rarement massive et abondante mais plutôt fractionnée.
La pneumopathie aigue suppurée correspond à l’apparition de foyer de nécrose au sein d’un foyer pneumonique étendu, pas ou insuffisamment traité ou traité par une antibiothérapie inadéquate. Les suppurations pleurales (pleurésies purulentes ou empyèmes), ce sont des infections de la cavité pleurale, caractérisées par la présence entre les deux feuillet de la plèvre, d’un épanchement franchement épais ou crémeux ou d’un liquide simplement louche, voire claire mais renferment toujours des polynucléaires plus ou moins altérés, caractéristiques du pus.
Les agents étiologiques les plus incriminés sont les anaérobies dans plus de la moitié des cas. D’autres bactéries sont impliquées, notamment les entérobactéries, Staphylococcus, Streptocoques, Haemophilus et pneumocoques.
Les agents étiologiques responsables d’infection respiratoire basse
Les virus : sont responsables dans 75% des cas d’infections respiratoires, les virus responsable sont: Myxovirus : responsables de formes épidémique, virus respiratoire syncitial qui occupe la première place chez les enfants, virus influezae A et B et virus parainfluenzae 1, 2, 3,4. Adenovirus : responsables des cas sporadique. Herpetoviridae : responsables de la pneumopathie extensive grave chez l’immunodéprimé dont le cytomégalovirus est l’agent le plus important suivi de l’herpes simplex virus et du virus varicelle zona .
Les bactéries responsables sont: IRB communautaire : ≥ 90% des infections bactériennes sont dues à des bactéries suivantes : Streptococcus pneumoniae, Haemuphilus influenzae, Mycoplasma pneumoniae, Legionella pneumophila, Chlamydiae pneumoniae.
IRB nosocomiale : ces infections sont polymicrobiennes dans un tiers des cas. Les bacilles à Gram négatif sont responsables dans 60% des cas et les staphylocoques dans 40% des cas.
Prélèvements bactériologiques nécessaires au diagnostic bactériologique des IRB
Il existe de nombreuses techniques et variantes pour réaliser les prélèvements microbiologiques broncho-pulmonaires, quelque soit la méthode utilisée, leurs indications dépendent de l’état du patient et du germe suspecté. Il est important de rappeler que les prélèvements doivent être transportés rapidement pour analyse au laboratoire de microbiologie avant toute prise d’antibiotique.
Prélèvements sous fibroscope
La fibroscopie est un examen bien toléré malgré son retentissement sur l’hématose, il suffit de ventiler le patient en oxygène pure et de supprimer une éventuelle pression expiratoire positive. Diagnostic non invasif des pneumopathies nosocomiales acquises sous ventilation mécanique. Brosse télescopique protégé (BTP) : Le but de ce prélèvement est d’effectuer un brossage des sécrétions bronchiques dirigé sous fibroscope dans le territoire suspect tout en évitant la contamination par les voies aériennes supérieure (double cathéter télescopique obturé par un bouchon de polyéthyléneglycol).
Lavage bronchoalvéolaire (LBA) : Le LBA est obtenu par injection et réaspiration de sérum physiologique stérile à travers le chenal du fibroscope. Sa réalisation impose le positionnement bloqué du fibroscope dans une bronche de 3éme ou 4éme ordre du segment pulmonaire suspect. La quantité de liquide instillée varie suivant les auteurs de 100 à 400 ml (souvent 150 ml en trois fraction de 50 ml) .
Après chaque instillation, le liquide est réaspiré. La première fraction aliquote recueillie est analysée séparément et ne doit pas servir à la culture quantitative. Le reste du liquide (au minimum 5 ml) permettra d’effectuer notamment : le comptage du nombre total des cellules et des cellules épithéliales (contamination oropharyngée si > 1%).
Le rendement diagnostique de cette méthode est comparable à celui de la BTP. Au seuil de 104 UFC/ml. La sensibilité du LBA est en général supérieure à celle de la BTP, pour une spécificité moindre. En plus d’un bon rendement dans le diagnostic des pneumopathies non bactériennes, l’avantage du LBA est l’examen direct qui permet d’obtenir immédiatement la suspicion de pneumopathie (pourcentage de bactérie intracellulaire et une orientation thérapeutique (coloration de Gram). Certains auteurs ont proposé des méthodes de diagnostic rapide dans le LBA. On peut citer le dosage d’endotoxine, l’utilisation d’une sonde nucléique spécifique de Staphylococcus aureus, la recherche des fibres d’élastine. Ces méthodes peuvent permettre, par leur rapidité, de débuter précocement une antibiothérapie adaptée.
Prélèvements sans fibroscope
Il s’agit de méthodes simples, de faible coût, facilement répétable et sans contre-indication. Prélèvements distaux protégés (PDP) : A noter que cette technique peut se faire en présence ou en absence de fibroscope. Après aspiration des sécrétions bronchiques, un double cathéter protégé par un bouchon de polyéthyléneglycol est introduit dans les bronches jusqu’à être en butée. Il est retiré d’un centimètre et le cathéter interne est mis en position. A l’aide d’une seringue de 10 ml. 2 à 3 aspirations sont pratiquées puis le cathéter interne est mis dans sa protection et le matériel retiré. L’extrémité du cathéter externe est coupée. Le cathéter interne est rincé avec 1ml, de sérum physiologique qui est recueillis dans un tube stérile ainsi que l’extrémité distale de ce cathéter qui est coupée. Après vortexage et dilution au 1/10, le prélèvement est mis en culture. Au seuil de 104 UFC/ml, le rendement diagnostique semble équivalent à celui du LBA et donc comparable à celui de la BTP (un peu moins spécifique et un peu plus sensible). Une autre procédure s’apparente à un mini LBA par l’injection au travers du cathéter interne de 20 ml de sérum physiologique qui sont réaspirés. L’augmentation du risque de contamination (comptage des cellules épithéliales) peut être compensée par la possibilité d’effectuer un examen direct.
Aspiration trachéale à l’aveugle (AT) : Il s’agit du recueil de sécrétions respiratoires réalisé à l’aide d’une sonde liée à une trachée stérile et à un système d’aspiration. Ce prélèvement est proximal et limité à la trachée et aux bronches principales. C’est l’examen qui possède la plus grande sensibilité pour le diagnostic des pneumopathies sous ventilation mécanique. En effet la physiopathologie veut que les micro-organismes évoluent de proche en proche à partir de la trachée avant d’être éventuellement responsables de ces infections. Si les résultats de la culture sont exprimés de façon quantitative, la spécificité augmente au détriment de la sensibilité. Pour certains auteurs, au seuil de 105 ou 106 UFC/ml, le rendement diagnostique serait comparable à celui de la BTP.
Etude des entérobactéries
Les entérobactéries sont des bacilles à Gram négatif (BGN) définis classiquement par les critères suivants (certains genres ne répondent pas à tous ces critères) : Bacilles souvent mobiles par une mobilité péritriche ou immobiles. Non exigeants, leur culture est facile sur milieux ordinaires. Dépourvues de cytochrome oxydase. Possèdent un nitrate réductase, enzyme qui réduit les nitrates en nitrites. Aero-anaérobies facultatifs (capables de pousser en présence de dioxygène). Dégradent le glucose par une voie fermentaire avec ou sans production de gaz.
Taxonomie: Les entérobactéries appartiennent au règne des Bacteria, à l’embranchement des Protéobacteria, à la classe des Gamma-protéobacteria à l’ordre des Enterobacteriale et à la famille des Enterobacteriaceae.
Actuellement plus de 40 genres et plus de 1700 espèces différents sont décrits au sein de cette famille. Leur classification est basée sur l’étude de leurs caractères phénotypiques (fermentation de différents sucres, production ou non de sulfures, présence ou absence de certains enzymes du métabolisme et ou génotypiques (ribotypage, hybridation ADN/ADN).
Les entérobactéries qui intéressent la bactériologie médicale peuvent être regroupées en 4 tribus: Escherichia, Klebsiellae, Proteae et Yersinia .
Table des matières
Introduction
Partie 1 : Revue bibliographique
1-Rappel anatomique
2-Définition et manifestation clinique
1-Pneumonie
2-Bronchite aigue
3-Exacerbation aigue de la bronchite chronique
4-les suppurations pleuro-pulmonaires
3- les agents étiologiques responsables d’infection respiratoire basse
3.1 Les virus
3.2 Les bactéries responsables sont
4- Prélèvements bactériologiques nécessaire au diagnostic bactériologique des IRB
4-1 Prélèvements sous fibroscope
4-2Prélèvements sans fibroscope
4-3 Autres prélèvements
5-Chapitre I : Etude bactériologique des entérobactéries responsables des infections respiratoires basses
5-1- Etude des entérobactéries
5-1.1Définition
5-1.2Taxonomie
5-1.3- Habitat
5-1.4-Caractères morphologiques
5-1.5-Caractères culturaux
5-1.6Caractères biochimiques
5-1.7Caractères antigéniques
5-1.8-Pouvoir pathogène
5-2- Sensibilité aux antibiotiques
5-2.1Les béta-lactamines (β-lactamines)
5-2 .1.1-Structure et classification
5-2.1 .2-Mécanisme d’action des β-lactamines
5-2.1.2Mécanismes de résistance aux β-lactamines chez les entérobactéries
5-2.1.2.1Imperméabilité
5-2.1.2.2Excrétion par des systèmes d’efflux
5-2.1.2.3Modification des PLP
5-2 .1.2 .4 Production de β-lactamases
5-2 .1.2 .4 1- Définition et mode d’action des β-lactamases
5-2.1 .2 .4 1.2- Origine et évolution β-lactamases
5-2 .1.2 .4 1.3- Classification
5-2.1 .2 .4 1.3-1- La classification d’Ambler
5-2.1 .2 .4 1.3-2- La classification de Bush, Jacoby et Medeiros
5-2.1 .2 .4 1.4-β-lactamases à spectre étendu (BLSE)
5-2.1 .2 .4 1.4.1- β-lactamases de type OXA (OXACILLINASE)
5-2 .1.2 .4 1.5-Les Métallo-béta-lactamases
5-2.2 -Résistance aux aminoglycosides
5-2.2.1-Mécanisme de résistance
5-2.3 Phénotype de résistance naturelle chez les entérobactéries aux antibiotiques
6-Chapitre II : Etude bactériologique des bacilles à Gram négatif non fermentaires
responsables des infections respiratoires basses
6-1. Définition
6-2. Taxonomie
6-2.1. Habitat
6-2.2.Classification
6-3. Les caractères bactériologiques
6-3.1. Les caractères morphologiques
6-3.2. Les caractères culturaux
6-3.3. Type respiratoire
6-4. Etudes des principaux genres impliqués dans les infections respiratoire basses
6-4.1- Généralité
6-4.1.1Le genreAcinetobacter
6-4.1.2Le genre Pseudomonas
6-4.2Sensibilité aux antibiotiques
6-4.2.1Resistance enzymatyque aux β-lactamines
6-4.2.1.1β-lactamases à spectre étendu (BLSE)
6-4.2.1.2 β-lactamases à spectre étendu à activité carbapénemase
6-4.2.2 Résistance non enzymatique aux β-lactamines
Partie 2 : Matériel et méthode
I- Le profil bactériologique et épidémiologique des infections respiratoires basses
1. Lieu et période d’étude
2. Objectif
3. Critères d’inclusion
4. Critères de non inclusion
5. Source de données
II-Etude bactériologique
1-Prélèvement bactériologique
2-Techniques bactériologique
2.1-Etude phénotypique
2.3-Etude moléculaire
3- Protocoles bactériologiques
3.1-Etude phénotypique
3.1.1-Isolement
3.1.2- Identification bactérienne
3.1.2.1-API système
3.1.2-2-La spectrométrie de masse MALDI-TOF (Microflex)
3.1.3- Etude de la sensibilité aux antibiotiques
3.1.3.1- Antibiogramme par diffusion des disques selon le comité de l’antibiogramme de la société française de microbiologie [CA-SFM]
3.1.3.2- Détermination des concentrations minimales inhibitrices par méthode de dilution en milieu gélosé
3.1.3.3. Détermination des concentrations minimales inhibitrices (CMI) Par E- test
3.2- Etude moléculaire
3.2.1-Recherche des gènes codant pour les β-lactamases de classe A d’Ambler
3.2.1.1-Polymerase chainreaction (PCR) standard
3.2.1.2- Electrophorèse sur gel d’agarose
3.2.1.3-Séquençage
3.2.2. Recherche des gènes codants pour les carbapénemase par PCR
3.2.2.1-Polymerase Chain Reaction (PCR) en temps réel
3.2.2.2-Polymerase chainreaction (PCR) standard
3.2.2.3 Séquençage
3.2.3 -Etude de la diversité clonale par Pulsed-field gel electrophoresis (PFGE)
Partie 3 : Résultats et discussion
1-Répartition des souches bactériennes selon leur isolement
2-Etude phénotypique
2.1-Identification bactérienne
2.2-Etude de la sensibilité aux antibiotiques
2.2.1-Antibiogramme par diffusion des disques sur un milieu gélosé
2.2.2-Détermination des concentrations minimales inhibitrices par méthodede dilution en milieu gélosé
2.2.3-Détermination des concentrations minimales inhibitrices (CMI) par E-test
3-Etude moléculaire
3.1Recherche des gènes codant pour les β-lactamases de classe A d’Ambler
3.2-Recherche des gènes codants pour les carbapénemase par PCR
3.3-Sequençage
3.4-Typage moléculaire par Pulsed-field gel electrophoresis (PFGE)
3.4.1- Entérobactérie
3.4.2-Acinetobacter baumannii
Discussion
Conclusion et prospectives
Références bibliographiques
Annexes
