STANDARDISATION D'UNE METHODE D'ETUDE IN VITRO DE DIFFERENTES ASSOCIATIONS D'ANTIBIOTIQUES

STANDARDISATION D’UNE METHODE D’ETUDE
IN VITRO DE DIFFERENTES ASSOCIATIONS
D’ANTIBIOTIQUES

La résistance aux Macrolides, Lincosamides, Streptogramines

La résistance acquise • Modification de la cible – Mécanisme biochimique et déterminisme génétique du phénotype MLSB Le mécanisme de cette résistance consiste en une altération spécifique et unique du ribosome bactérien. Les souches résistantes produisent une méthylase, responsable de la diméthylation d’une adénine dans l’ARN 23S de la sous-unité ribosomale 50S. Cette altération ribosomale entraîne généralement des changements de conformation de l’ARNR 23S, ayant pour conséquence la réduction de l’affinité entre les MLS et leur cible. Cette résistance ainsi conférée est croisée entre les Macrolides, les Lincosamides et les Streptogramines B dont les sites de fixations sont communs ou se chevauchent, d’où le nom de phénotype MLS B_ 36 Généralités – Expression de la résistance MLS Bet sa régulation Si la résistance est inductible, il y a dissociation entre l’activité des Macrolides en C14 et celle des autres Macrolides, des Lincosamides et des Streptogramines. Si la résistance est constitutive, la souche est résistante à l’ensemble des Mnernficipg, des Lincosamides et au seul facteur B des Streptogramines. La régulation de la résistance est post-transcriptionnelle. • Inactivation des antibiotiques Les antibiotiques du groupe MLS sont susceptibles d’être inactivés par différentes enzymes. Cependant, la résistance par inactivation n’est pas croisée entre les antibiotiques non apparentés chimiquement et, est de faible fréquence. T PC enzymes concernées sont les estérases, acétylases, hydrolases et nucléotidases. • Imperméabilité Les souches résistantes n’inactivent pas les antibiotiques ; il y a juste une diminution de l’accumulation intracellulaire des Macrolides. Cette résistance serait due à une modification du transport des Macrolides en C14. 1.3.7 La résistance aux Quinolones Les bactéries acquièrent une résistance aux Quinolones exclusivement par mutation chromosomique. Généralités Ces mutations entraînent soit une modification de la cible, soit une interférence avec le transport de l’antibiotique. Pour être en situation plasmidique, un caractère doit être dominant sur sa contrepartie chromosomique sauvage. Récemment, la résistance plasmidique chez des souches de Shigella a été rapportée, cependant, le mécanisme biochimique n’a pas encore été élucidé. Trois types de mutations au niveau de l’ADN ont été décrites, dont la mutation NAL A qui est la plus fréquente et confère une résistance de haut niveau à l’Acide Nalidixique. La résistance est croisée entre les différentes Quinolones. 1.3.8 La résistance aux Tétracyclines Le mécanisme principal de résistance aux Tétracyclines repose sur l’insuffisance de concentration intracellulaire en antibiotique. Le système actif de transport est en balance avec un système excréteur responsable de la résistance. Celle-ci est surtout liée à une excrétion excessive d’antibiotique à travers la membrane cytoplasmique, faisant intervenir la synthèse inductible ou constitutive du système excréteur. Ce système de pompe, régulé négativement, comporte deux gènes : – le gène de contrôle ou répresseur – le gène de structure ou protéine TET Parmi les autres mécanismes de résistance évoqués, l’un est en relation avec la protection des ribosomes (TET M). L’incidence de la résistance par imperméabilité observée chez les souches porine déficiente, exclusivement des espèces à Gram négatif, est encore faible, mais la résistance est croisée avec d’autres antibiotiques comme les Blactamines, le Chloramphénicol et l’Acide Nalidixique.

La résistance aux Phénicolés

Le mécanisme de la résistance plasmidique est surtout dû à la production d’une « Chloramphénicol-Acétyltransférase (CAT) », qui inactive ces antibiotiques en C3 et Cl, avec comme cofacteur, l’acétyl-coenzyme A, selon les 3 étapes suivantes : 1) Chloramphénicol + acétyl — S — CoA CAT 3 — 0 —acétylchloramphénicol + HS-CoA * 2) 3-0-acétyl chloramphénicol i 1— 0 — acétylchloramphénicol 3) 1-0 acétyl chloramphénicol », 1,3 diacétylchloramphénicol + acétyl — S — CoA + HS-CoA Le mécanisme de résistance plasmidique par production d’enzyme est décelable chez certaines Entérobactéries et parmi différentes espèces appartenant aux genres Staphylococcus, Streptococcus, Neisseria, Pseudomonas, Haemophilus. Outre la résistance plasmidique par inactivation, un autre mécanisme est en relation avec la diminution de perméabilité de la paroi, entraînant une résistance croisée avec d’autres antibiotiques ( 13-lactamines, Aminosides, Quinolones et Triméthoprime ). 39

La résistance aux Sulfamides et au Triméthoprime

La résistance naturelle

La résistance naturelle aux Sulfamides est définie par une CMI supérieure à 100 mg/l. Parmi les souches résistantes, 90% ont une CMI supérieure à 2000 mg/1 et cette résistance concerne toutes les espèces, en particulier les Entérobactéries. Un mécanisme possible de la résistance au Triméthoprime pourrait être l’utilisation des folates exogènes comme chez les Entérocoques. Les souches ayant une CMI supérieure ou égale à 2 mg/1 sont résistantes et celles dont les CMI sont supérieures à 1000 mg/1 sont dites souches résistantes de haut niveau.

Table des matières

INTRODUCTION
PREMIERE PARTIE : GENERALITES
I. LA MULTIRESISTANCE BACTERIENNE
I.1. Rappel sur les constituants de la bactérie
I.1.1 Les éléments constants
1.1.1.1 La paroi
1.1.1.2 Le noyau
1.1.1.3 Le cytoplasme
1.1.2 Les éléments inconstants ou facultatifs
1.1.2.1 La capsule
1.1.2.2 Les pili
1.1.2.3 Les spores
1.1.2.4 Les plasmides
1.2. Rappel sur la génétique bactérienne
1.2.1 Mutation
1.2.2 Les modifications génotypiques par transfert de matériel génétique
1.2.2.1 La transformation
1.2.2.2 La conjugaison
1.2.2.3 La transposition
1.2.3 Les échanges génétiques avec un intermédiaire
1.2.3.1 La transduction
1.2.3.2 La conversion
1.3. Les mécanismes de la résistance
1.3.1 Notion de résistance
1.3.2 Les différents types de résistance
1.3.2.1 La résistance naturelle
1.3.2.2 La résistance acquise
1.3.2.3 La résistance clinique
1.3.3 Le support génétique de la résistance
1.3.3.1 La résistance chromosomique
1.3.3.2 La résistance extrachromosomique
1.3.4 Les mécanismes de résistance aux Bêta-lactamines
1.3.4.1 La résistance par production d’enzymes
1.3.4.2 La résistance non enzymatique aux Bêta-lactamines
1.3.5 La résistance aux Aminosides
1.3.5.1 La résistance naturelle
1.3.5.2 La résistance acquise
1.3.5.3 La notion de Haut Niveau de Résistance aux Aminosides (HNR)
1.3.6 La résistance aux Macrolides, Lincosamides, Streptogramines
1.3.6.1 La résistance acquise
1.3.7 La résistance aux Quinolones
1.3.8 La résistance aux Tétracyclines
1.3.9 La résistance aux Phénicolés
1.3.10 La résistance aux Sulfamides et au Triméthoprime
1.3.10.1 La résistance naturelle
I.3.10.2 La résistance acquise
L3.11 La résistance à la Vancomycine
1.3.12 La méthicillinorésistance (ou Oxacilline et dérivés)
II. ASSOCIATION D’ANTIBIOTIQUES EN THERAPEUTIQUE ANTI-INFECTIEUSE
II. 1. Le choix des associations d’antibiotiques
11.1.1 Choix en fonction du germe
11.1.2 Autres critères de choix
11.3. Méthodes d’étude des associations d’antibiotiques
11.3.1 Les techniques d’étude par diffusion
11.3.2 Les techniques d’étude par dilution en milieu liquide
11.3.2.1 Technique simplifiée pour la pratique clinique
11.3.2.2 Technique de « l’Echiquier »
III. LE CONTROLE DE QUALITE ET LA VALIDATION
HIA . Le contrôle de qualité
111.2. La validation
111.2.1 Procédures de validation
111.2.2 Définitions de quelques paramètres de validation
DEUXIEME PARTIE : TRAVAIL PERSONNEL
I. MATERIEL ET MILIEUX
I. I. Tviatériei
1.1.1 Cadre d’étude
1.1.2 Souches bactériennes
1.1.3 Matériel de laboratoire
1.2. Milieux de culture et réactifs
1.2.1 Milieux de culture
1.2.2 Réactifs
H. STANDARDISATION
II. 1. Contrôle des souches
11.2. Contrôle des milieux
11.3. Antibiogrammes de contrôle
III. METHODE
HIA . Apprêtement des microplaques de sensibilité
111.2. Préparation de l’inoculum
111.3. Ensemencement des plaques
111.4. Résultat et interprétation
111.4.1 Lecture
III 4 2 Interprétation
III 5 Données de l’étude
III 5 1 Définition des variables
III 5 2 Mode de recueil des données
111.5.3 Circuit de l’information
111.5.4 Analyse des données
TROISIEME PARTIE : RESULTATS ET COMMENTAIRES
I. RESULTATS DES CONTROLES
I.1. Tests de stérilité
I.1.1 Milieux de culture
1.1.2 Tampons
1.2. Tests d’efficacité
1.3. Antibiogrammes de contrôle
H. SENSIBILITE DES SOUCHES AUX DIFFERENTS
ANTIBIOTIQUES UTILISES
III. PROFIL DE SENSIBILITE AUX DIFFERENTES
ASSOCIATIONS D’ANTIBIOTIQUES
III.1. Sensibilité de S. aureus aux différentes associations d’antibiotiques
111.2. Sensibilité d’E. faecalis aux différentes associations d’antibiotiques
III 3 Sensibilité de S.typhi aux différentes associations d’antibiotiques
111.4. Sensibilité d’E. cloacae aux différentes associations d’antibiotiques
III 5 Sensibilité d’E.coli aux différentes associations d’antibiotiques
111.6. Sensibilité de P.aeruginosa aux différentes associations d’antibiotiques
Sensibilité de Kpneumoniae aux différentes associations
d’antibiotiques
111.8. Sensibilité de l’ensemble des souches aux différentes associations d’antibiotiques
IV. REPETABILITE
IV.1. Paramètres de répétabilité
IV.2. Résultats des tests
IV.2.1 Staphylococcus aureus
IV.2.2 Enterococcus faecalis
IV.2.3 Salmonella typhi
IV.2.4 Enterobacter cloacae
IV.2.5 Escherichia colt
IV.2.6 Pseudomonas aeruginosa
IV.2.7 Klebsiella pneumoniae
QUATRIEME PARTIE : DISCUSSION
T. ASSOCIATIONS D’ANTIBIOTIQUES
I.1. Association Aminoside — B-lactamine
I.1.1 Association Aminoside — Céphalosporine de troisième génération
1.1.2 Association Aminoside — Pénicilline
1.2. Association Quinolone — B-lactamine
H. STANDARDISATION DE L’ETUDE DE LA SENSIBILITE IN VITRO Choix de la méthode d’étude
11.2. Avantages et limites
11.3. Tests de répétabilité
ANNEXES