TYPE DE GERME DES INFECTIONS RESPIRATOIRES

. Streptocoque Ces souches sont représentées majoritairement par le Streptococcus pneumoniae (Figure 16) à 76,3% qui sont isolées principalement dans les expectorations. Les données fournis par l’OMS en 2006 confirment que le S. pneumoniae est le principal agent responsable de la pneumonie sévère en Afrique [64]. Dans notre étude, le taux des Streptocoques chez les patients hospitalisés sont élevée que ceux non hospitalisés soit 41,9% contre 35,1%. Cette différence de taux observé peut s’expliquer par le fait que l’ECBC est demandé surtout dans le contexte d’une pneumopathie bactérienne sévère qui est fréquente en milieu hospitalier [65].

Le test à l’Oxacilline a montré que 10,9% (écart: 9,2% à 21,5%) et 10,8% (écart: 2,6% à 20,8%) des souches isolées respectivement en milieu non hospitalier et hospitalier (p=0,947) étaient des Pneumocoques à sensibilité diminué à la pénicilline (PSDP). L’étude réalisé par Naudot X en 2012 sur les souches de Streptocoque isolées chez les enfants à Madagascar a trouvé un taux de 14% des PSDP [50]. Ces pourcentages sont inférieurs de l’étude réalisée en France en 2007 montrant un taux de PSDP de 38,9% [66] et 30% en 2013 [61] puis au Maroc 19% [42] en 2015. Le taux des PSDP à Madagascar est proche de celui du Canada, Islande et une partie de l’Australie qui se situe entre 10 à 25% en 2000 [65]. Globalement, notre étude a montré un très faible niveau de résistance, voir absence au Vancomycine, Teicoplanine, Pristinamycine et Lévofloxacine. Une différence significative est observée entre les souches isolées en milieu hospitalier présentant une résistance élevé par rapport aux souches isolées en milieu non hospitalier pour l’Ampicilline et la Teicoplanine. Contrairement à l’Erythromycine et Lincomycine dont les résistances sont plus élevées aux souches isolées en milieu non hospitalier. Dans notre étude, le niveau de résistance à l’Ampicilline et à l’Erythromycine est inférieur à la situation en Virginie d’après l’étude de Var KS en 2015 qui a trouvé une résistance de 34% à 88% pour la pénicilline et 35 à 59% à l’Erythromycine [67].

Haemophilus

L’H.influenzae est le deuxième germe rencontré chez les enfants avec un taux de 22,9% après le S. pneumoniae dans notre étude. Selon l’OMS en 2006 [64], l’H.influenzae est un agent qui tient une part significative dans la pneumonie de l’enfant. Il est principalement isolé dans les expectorations ce qui concorde avec l’étude de Yeya MR [69].

Le taux des H. influenzae impliqué dans les infections respiratoire chez les enfants a une légère tendance à diminuer de 23,6% à 22,7% (Figure 22). Une étude multicentrique en 2003 à Antananarivo sur la prévalence des H. influenzae dans les méningites chez les enfants avait trouvé un taux de 32% après le S. pneumoniae qui est de 34% [70]. Par comparaison avec cette étude, notre étude montre que le taux des H. influenzae impliqué dans les infections respiratoires chez les enfants a effectivement diminué. Cela pourrait résulter de l’efficacité de l’introduction du vaccin Hib3 dans le programme élargie de vaccination obligatoire à Madagascar, dont la couverture vaccinale atteignait de 85% en 2010 et 89% en 2011 [71]. Globalement, nous avons trouvé une résistance élevé des souches d’ H. influenzae à l’Ampicilline, Tétracycline et au Kanamycine. Contrairement aux Fluoroquinolones, Gentamycine, Amoxicilline/Acide clavulanique et au Chloramphénicol qui gardent leurs efficacités.