Etude du microbiote digestif sénégalais

Analyse microbiologique

Agents parasitaires retrouvés L’examen parasitologique a permis de retrouver beaucoup de parasites dans les selles aussi bien chez les patients (n=301) que chez la population contrôle (n=2 l 0) et dans les différentes tranches d’âge. Nous avons pu identifier des parasites aussi bien chez les enfants que chez les adultes. Les œufs d’Ascaris lumbricoides ont été retrouvés en majorité (n=53; 38%), suivis de Enterobius vermicularis (no=48; 34%) Schistosoma mansoni (n=8; 5,8%) et Giardia lamblia (n=lO; 7%) et ont été retrouvés le plus souvent chez les enfants. D’autres espèces telles que Trichomonas intestinalis (n=9; 6,5%), Cryptosporidium (n=6; 4,3%); Microsporidium (n=3; 2%) ont également été retrouvées (figure 26) ainsi que des levures (n=4). 3″/o •Ascaris lumbricoïdes (œufs) • Schistosoma mansoni • Enterobius vermicularis •Giardia lamblia • Trichomonas intestinalis • Cryptosporidium • Microsporidium  Figure 27 : Répartition des parasites retrouvés 6.2. Agents viraux retrouvés Les virus étaient recherchés chez tous les enfants et les adultes qui présentaient une diarrhée sévère. ‘ 98 ~ Résultats Figure 28 : Répartition des étiologies virales Les virus pouvaient aussi être des agents responsables de diarrhée surtout chez les enfants. Rotavirus était le plus retrouvé (n=43), suivi de Adenovirus (n=24). Avec la microscopie électronique, nous avons détecté dans des selles d’enfants et d’adultes d’autres virus tels que Enterovirus (n=3) et Calicivirus (n=7) qui peuvent être responsables de diarrhées. Les Enterovirus ont été retrouvés chez des enfants dorit la tranche d’âge est de 1 an à 6 ans. Les Calicivirus étaient plus détectés chez des enfants dont l’âge est compris entre 4 mois et 6 ans. Tableau VI : Pourcentage des virus chez les enfants Pourcentage Age des enfants des virus (%) Résultats Le tableau ci-dessus indique le pourcentage de répartition des virus retrouvés chez les enfants. Les virus sont des agents étiologiques de diarrhée. Les Rotavirus ont été les plus retrouvés dans toutes les tranches d’âge particulièrement chez les enfants âgés de moins de trois mois. Chez certains enfants, la diarrhée peut aussi être due par la présence des Adenovirus et Rotavirus à la fois. Aucun virus n’a été retouvé chez un patient témoin. Les virus sont des agents responsables de diarrhée sévère surtout chez les enfants (exemple Rotavirus retrouvé chez un bébé de 46 jours). Les diarrhées virales surviennent pendant la période de froid allant de novembre à février et n’ont pas de traitement particulier en dehors de la réhydratation.

Agents bactériens pathogènes

Les agents bactériens classiques de la diarrhée tels que Salmonella, Shigella, Escherichia cofi et des bactéries non spécifiques de la diarrhée étaient retrouvés. Tableau VII : Bactéries pathogènes spécifiques Shigella Campylobacter Aeromonas Salmonella Escherichia coli Shigella jlexneri Shigella sonnei Shigella dysenteriae A2 Shigella boydii Campylobacter jejuni Aeromonas sobria Salmonella Hillingdon Salmonella Poona Salmonella Typhimurium Salmonella Putten Salmonella Nima Salmonella Typhi Salmonella Chile Salmonella Miami Salmonella Somone Salmonella Enteritidis 80 21 4 3 2 6 Dans cette étude, nous avons isolé 21 souches de Shigella jlexneri qui était l’espèce prédominante parmi les shigelles, suivi de Shigella sonnei (n=4), Shigella dysenteriae A2 (n=l) et Shigella boydii (n=l) (tableau VII). Nous avons isolé et identifié 18 Salmonella enterica dont 16 non Typhi: Salmonella Hillingdon (n= 1 ), S. Poona (n= 1 ), S. Typhimurium n=3), S. Putten (n= 1 ), S. Chile (n= 1 ), S. Somone (n=l), S. Nima (n=l), S. Miami (n=l), S. Enteritidis (n=6) et 2 Salmonella Typhi. Salmonella Typhi est l’agent de la fièvre typhoïde qui est une maladie très grave et endémique dans les pays tropicaux. Quatre vingt souches d’ Escherichia coti (tableau VII) ont été isolées et sont considérées comme pathogènes car isolées en culture pure. Les facteurs de virulence ont été recherchés chez des souches de Escherichia coli isolées de patients diarrhéiques. Chez les témoins nous n’avons pas recherché ces facteurs de virulence. 

 Bactéries pathogènes non spécifiques

La diarrhée n’est pas toujours due aux parasites, aux virus ou aux bactéries spécifiques. En fait, certaines bactéries commensales peuvent être des agents pathogènes lorsque l’équilibre intestinal est rompu. Chez les personnes immunodéprimées ou chez les nourrissons ce phénomène peut être observé. Ces bactéries non spécifiques sont considérées pathogènes lorsqu’elles sont isolées en culture pure (voir tableau VIII).

Phénotypes de résistance

L’ antibiogramme a été réalisé et la lecture était faite selon les recommandations du CAS FM 2009. Il y’avait une forte multirésistance notée chez les bactéries isolées. Trois phénotypes majeurs ont été observés: Le premier phénotype est ACSSuTe qm montrait une pentarésistance simultanée à l’ampicilline, au chloramphénicol, à la spectinomycine, aux sulfamides et à la tétracycline qui sont des antibiotiques de première ligne utilisés dans le traitement des diarrhées. La majorité des souches testées (90%) étaient résistantes à ces antibiotiques dits de première ligne. Ces résistances étaient beaucoup plus notées chez les genres Shigella et Escherichia coti. Le deuxième phénotype était GIC montrant une résistance à la gentamicine, à l’imipénème et aux céphalosporines de 1 ère et ime génération C 1 et C2. Les résistances à l’ imipénème ont été notées chez sept souches de Escherichia coli et une souche de Shigella jl.exneri. Cependant toutes les autres souches étaient sensibles à l’imipénème. Les souches étaient pour la plupart sensibles aux céphalosporines de 3ème génération. Le dernier phénotype montrait une résistance ponctuelle à l’acide nalidixique. La résistance de Escherichia coli aux quinolones s’est déjà établie. Trente neuf souches étaient résistantes à l’acide nalidixique soit im pourcentage de 26%. Dans cette étude nous avons constaté une émergence de la résistance aux quinolones. En effet, une souche de Shigella jl.exneri resistante à l’acide nalidixique a été isolée chez un enfant de 16 mois. Cinq souches de Salmonella (S. Hillingdon n=l et S. 102 Résultats Enteritidis n=4 ), la souche de Aeromonas sobria et Campylobacter étaient résistantes à l’acide nalidique. 8. Les concentrations minimales inhibitrices CMI Les CMI ont été étudiées uniquement pour les souches de Shigella et Salmonella. Sur les 27 souches de Shigella flexneri testées, une était résistante à l’acide nalidixique et sensible à la ciprofloxacine. Parmi les souches de Salmonella (n=18), cinq étaient résistantes à l’acide nalidique et de sensibilité diminuée pour la ciprofloxacine. Tableau IX : Détermination des CMI chez Shigella et Salmonella Souches Nombre Phénotypes de résistance CMI (ug/ml)   Les résistances chez Shigella La totalité des souches de Shigella isolées étaient résistantes à presque tous les antibiotiques dits de première ligne (cotrimoxazole, tétracyclines, bêtalactamines). Le phénotype majeur (observé chez plus de 50% des souches) était du type ACSSuTe, de résistance simultanée à l’ampicilline, au chloramphénic0l, à la streptomycine, aux sulfamides et aux tétracyclin<:>s. Une souche de Shigella jlexneri présentait une résistance à l’imipénème et aux céphalosporines de ime et 3ème générations. En 2010, une souche de Shigella flexneri résistante à l’acide nalidixique a été retrouvée.