ÉVALUATION DU PORTAGE NASAL DES BACTERIES COMMENSALES POTENTIELLEMENT PATHOGENES

Bactéries commensales de la muqueuse nasale 

La flore normale de l’homme est principalement constituée de quelques champignons eucaryotes et des protistes majoritairement représentés par les bactéries. Classiquement on peut regrouper la flore bactérienne commensale de l’organisme en 4 zones :  La flore cutanée  La flore digestive (intestinale)  La flore génitale (vaginale)  La flore respiratoire (oropharyngée) dans laquelle on peut distinguer la flore bactérienne du nez, de la bouche et de la gorge

Ecologie de la flore bactérienne nasale 

 Grossièrement, la flore bactérienne nasale est composée par des bactéries provenant de la flore cutanée et de la flore oropharyngée. Le séquençage de l’ARNr de bactéries obtenues à partir des prélèvements nasaux a permis de démontrer la prédominance de deux Phyla dans le domaine des bactéries. Toutefois la distribution ne semble pas être la même chez les personnes saines et les personnes hospitalisées. En effet, chez les individus considérés comme sains, 68 % des séquences d’ARNr identifiés appartiennent au phylum des Actinobactéries représentés par les bactéries à Gram positif (telles que les Corynebacterium spp. et les Propionibacterium spp.) et 27 % appartiennent aux Firmicutes dans lesquels on retrouve les cocci Gram positif (Staphylococci). Les 6 % restant sont partagés entre les Proteobactéries (entérobactéries), les Bactériodes, les Fusobactéries et les Cyanobactéries. Chez les personnes hospitalisées, la répartition est dominée à 71 % par les Firmicutes tandis que les Actinobacteries ne représentent que 20 %. Cette différence de répartition est principalement due à l’augmentation de deux espèces, Staphylococcus aureus et S. epidermidis qui à elles seules représentent plus de 50 % des Firmicutes chez les personnes malades. Parallèlement, la diminution des Actinobactéries est liée à une diminution des Propionibacterium acnès. 4 Ainsi, plusieurs bactéries aérobies et anaérobies colonisent de façon commensale la muqueuse nasale. Malheureusement, certaines de ces bactéries sont potentiellement pathogènes pour l’organisme car elles peuvent profiter d’une faiblesse de l’état immunitaire de l’organisme pour exprimer leur pathogénicité. Parmi elles, Staphylococcus aureus est la plus fréquemment rencontrée mais Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae et Neisseria meningitidis, peuvent être également isolés de façon commensale.

Staphylococcus aureus 

Données bactériologiques L’espèce Staphylococcus aureus appartient à la famille des Micrococcaceae.

 Habitat

 Très fréquemment isolés en pathologie humaine et particulièrement au cours des suppurations, les staphylocoques sont des germes ubiquitaires : on les trouve en effet dans l’air, les sols et les eaux et ils appartiennent à la flore commensale de la peau et des muqueuses de l’homme et des animaux. Bien qu’il puisse coloniser de multiples sites du corps, les narines antérieures représentent le site de portage privilégié de S. aureus bien avant la peau et le périnée. Une étude longitudinale a permis de distinguer 3 types de portage nasal de S. aureus chez les individus sains : les porteurs permanents, les porteurs intermittents et les non porteurs. Il est important de les séparer car les porteurs permanents sont les personnes qui ont une charge élevée de S. aureus et donc un haut risque de contracter une infection à S. aureus. Les porteurs intermittents peuvent être considérés comme non porteurs au moment d’un unique prélèvement négatif alors qu’ils n’étaient que temporairement non porteurs. Malheureusement aucun consensus n’a été établi afin de déterminer la définition exacte d’un porteur intermittent bien que tous s’accordent à dire qu’il faut au moins 7 prélèvements pour différentier un non porteur d’un porteur intermittent. 5 Une autre étude longitudinale a montré un taux de 20 % (moyenne 12-30 %) de portage nasal permanent, approximativement 30 % (moyenne de 16-70 %) de porteur intermittent et 50 % (moyenne de 16-69 %) de non porteur.   Du point de vu de l’âge, les enfants semblent avoir un taux plus élevé de porteur permanent par rapport aux adultes. Toutefois, ces taux varient beaucoup avec l’âge allant de 45 % durant les 8 premières semaines de vie à 21 % après 6 mois. (17) Une étude transversale hollandaise sur la population saine adulte a montré un taux de 27 % de portage nasal depuis 2000 alors que l’estimation de la prévalence était à 35 % en 1934 (18). Ce déclin conséquent est attribué à l’amélioration de l’hygiène personnelle, le changement de la classe socioéconomique et la diminution du nombre d’individu par famille.