Généralités sur les salmonelles

Isolé en 1880 par Eberth, le bacille d’Eberth fut ensuite décrit par Schroeter en 1886 comme agent de la fièvre typhoïde chez l’homme. Cependant, en 1885 Smith et Salmon isolèrent ensemble un bacille qui s’apparentait à celui découvert cinq ans plutôt par Eberth et le nommèrent Bacillus choleraesuis. Ce bacille était responsable du cholera chez le porc. En 1889, Klein isola l’agent de la typhose aviaire, identifié plus tard comme Salmonella Gallinarum. Le bacille de Loeffler (connu de nos jours sous l’appellation de Salmonella Typhimurium) a ensuite été isolé à partir de sang de souris atteintes de salmonellose en 1890. Le terme de Salmonella ne fut créé qu’en 1900 par le Français Joseph Lignières, en l’honneur du Docteur Salmon, directeur des services vétérinaires des Etats-Unis à cette même époque (Le Minor et al., 1982 ; Le Minor, 1992). salmonellose ont été décrits dans différentes parties de l’Europe continentale à la fin du XIXeme siècle. Il semblerait que la salmonellose bovine ait existé depuis de nombreuses années et, que les germes isolés chez de nombreux veaux malades, par les pionniers Jensen, Thomassen, et Poels, auraient été probablement des salmonelles. La salmonellose chez le bovin adulte, a été rapportée pour la première fois aux Etats-Unis par Mohler et Buckley en 1902, et en Europe par Miessner et Kohlstock en 1912 (Sojka et al., 1972).

Taxonomie et nomenclature

Sur la base de tests phénotypiques et de tests sérologiques, Kauffmann, pionnier de l’analyse du genre Salmonella, avait individualisé plusieurs sous-genres et de très nombreuses espèces de Salmonella. Depuis quelques années sur le plan international, grâce aux études moléculaires basées sur l’analyse comparative des gènes codant les ARN ribosomaux et sur des techniques d’hybridation ADN-ADN, il fut proposé que le genre Salmonella soit subdivisé en deux espèces distinctes: Salmonella enterica, espèce majoritaire et Salmonella bongori. La première espèce est, elle-même subdivisée en 6 sous-espèces: enterica, salamae, arizonae, diarizonae, houtenae et indica (Grimont et al., 2000 ; Olsen, 2005). Tableau 1: Espèces et sous-espèces de Salmonella et sources majeures d’isolement (Le Minor, 1992 ; Millemann et al., 2010) Le nombre de sérotypes est supérieur à 2600 sérotypes, dont seulement 23 sérotypes pour S. bongori (Guibourdenche et al., 2010 ; Yan et al., 2003). Selon l’Institut Pasteur de Paris, le nombre de sérotypes répertoriés dans chaque sous-espèce, jusqu’à fin 2007 est le suivant : Classiquement, tous les sérovars sont considérés comme pathogènes pour les animaux ou pour l’homme. Cependant, certains d’entre eux paraissent strictement spécifiques de leur hôte, comme par exemple S. Typhi chez l’homme ou S. Abortusovis chez les ovins. D’autres sérovars, comme S. Dublin chez les bovins, semblent bien adaptés à l’espèce hôte mais se révèlent germes pathogènes opportunistes pour d’autres espèces animales. Enfin, le groupe le plus largement représenté rassemble des sérovars qualifiés d’ubiquistes comme S. Typhimurium. Des différences de pathogénicité existent entre sérovars et les facteurs de virulence ou de toxicité ne sont pas uniformément distribués entre les sérovars (Baumler, 1997).

Chacune des sous-espèces est subdivisée en sérovars, dont la définition dans le schéma de Kauffman – White-Le Minor est basée sur l’identification des facteurs antigéniques O, H et Vi. Le seul antigène K reconnu chez les Salmonelles est l’antigène Vi (antigène de virulence ou de surface), qui peut exister chez Typhi, Paratyphi C et Dublin. L’antigène Vi de certaines salmonelles n’est pas un antigène de virulence (Popoff et al., 2001). formule antigénique. Selon Le Minor et Popoff (1987), ce schéma constitue une nomenclature des sérovars qui sont classés selon la formule antigénique. Il se base sur des facteurs nécessaires à une identification pratique et ayant peu de facteurs accessoires. O, de nature polysaccharidique, des antigènes flagellaires H, de nature protéique et les antigènes capsulaires (Vi). Le type de classement en fonction des antigènes O et H porte le nom de schéma de Kauffmann – White-Le Minor. Les noms des sérotypes doivent être écrits en caractères pleins (non italiques) avec une majuscule (Ex: Salmonella enterica subsp. enterica sérotype Typhimurium). Cependant, les simplifications suivantes sont acceptées: Salmonella Typhimurium ou S. Typhimurium (Grimont et Weill, 2007)