Isolement, caractérisation et mise au point de marqueurs microsatellites

Dans un premier temps, une banque génomique non enrichie a permis d’obtenir sept locus polymorphes chez C. fornicata. Le protocole détaillé d’isolement, de caractérisation et de mise au point des locus microsatellites élaboré, par Estoup & Martin est à l’adresse http:/www.inapg.inra.fr/dsa/microsat/microsat.htm ; il est résumé dans l’annexe 4. Le développement de ces marqueurs a fait l’objet d’une publication sous forme d’une note présentée en annexe 10.B. Cependant, l’utilisation en routine de certains de ces marqueurs a mis en évidence un taux non négligeable d’allèles nuls pour certains d’entre eux. Des amorces ont donc été redéfinies pour les locus CfCA6, CfCATGT, CfGT3 et CfGT9. Malgré de nouvelles amorces, les profils obtenus avec les locus CfCA6 et CfGT3 restaient ambigus, ils n’ont donc pas été utilisés au cours de ce travail. Une autre banque a ensuite été réalisée au laboratoire par Inken Kruse et une optimisation (toujours en cours) a permis d’obtenir un nouveau locus (CfH7). Le tableau I.7 récapitule les caractéristiques de tous les locus effectivement utilisés au cours de cette thèse ; les conditions de PCR pour chacun de ces locus sont présentées dans l’annexe 5.

Echantillonnage et caractéristiques des populations

Les baies choisies en Manche pour cette étude à moyenne échelle ont été sélectionnées de part et d’autre de la péninsule du Cotentin : la Baie de Seine (Bs) et la Baie des Veys (Bv) à l’Est de la péninsule et la Baie du Mont St Michel (Bdm), la Baie de St Brieuc (Stb) et la Baie de Morlaix (Mx) à l’Ouest de la péninsule. Deux à quatre populations par baie ont été échantillonnées. Trois populations de la rade de Brest ont été ajoutées à l’analyse, pour étudier Tableau I.9- Variabilité génétique au sein des populations des différentes baies Nind : nombre d’individus analysés ; Nall : nombre moyen d’allèles par locus ; Ar : richesse allélique calculée pour une taille minimale d’échantillon de 24 individus pour les comparaisons de populations et de 76 individus pour les comparaisons de baies le rôle de la mer d’Iroise comme barrière à la dispersion. Un total de 17 populations a été considéré. La carte d’échantillonnage est présentée sur la figure I.12 et les caractéristiques des populations sont données dans le tableau I.8.

Analyse du polymorphisme de marqueurs microsatellites

Quatre locus microsatellites ont été utilisés pour cette étude : cfCA2, CfCA4, CfGT14 et CfH7. Les paramètres génétiques des populations sont présentés dans le tableau I.9 (les fréquences alléliques sont présentées dans l’annexe 6). La diversité génique varie peu suivant les populations et s’échelonne de 0,756 à 0,808. Les valeurs de richesse allélique sont comprises entre 9,2 et 13,3 suivant les populations et sont nettement plus faibles pour les trois populations de la Rade de Brest. La richesse allélique évaluée sur l’ensemble de la Rade de Brest est de 12 alors qu’elle s’échelonne de 16,9 à 18,5 pour les 5 autres baies. Un déficit en hétérozygotes par rapport à l’équilibre de Hardy-Weinberg a été mis en évidence dans quasiment toutes les populations sauf BS62. Les valeurs de sont comprises entre 0,041 et 0,223 selon les populations. Ce déficit en hétérozygote multi-locus est un résultat fréquemment rencontré chez les mollusques marins (Zouros & Foltz, 1984) qui peut avoir plusieurs explications possibles : la consanguinité, la présence d’allèles nuls, un effet Wahlund spatial et/ou temporel et la sélection. Une dérive d’échantillonnage peut également avoir lieu lorsque le polymorphisme des locus est trop important par rapport au nombre d’individus échantillonnés. Ce déficit en hétérozygote sera discuté plus en détail dans le chapitre 2 pour les populations Bdm24 et Bdm49. Nous verrons que les explications les plus plausibles sont la dérive d’échantillonnage, la présence d’allèles nuls ainsi qu’un effet Wahlund.

Afin de visualiser graphiquement les distances génétiques entre populations, une analyse multivariée sur les fréquences alléliques a été réalisée avec le logiciel PCA (Goudet, 1999). Ce logiciel calcul le pourcentage d’inertie des axes factoriels corrélés à la différence génétique globale ; la significativité de ces valeurs est testée par permutations. La représentation graphique est présentée figure I.13. Les pourcentages d’inertie des deux premiers axes sont respectivement 49% (P = 0,002) et 10% (P = 1,000). L’axe 1 marque très nettement la différenciation significative des trois populations de Brest, conformément aux résultats des tests-G. La forte différenciation des populations de Brest masque les relations entre les autres populations. Une analyse en composante principale a donc été réalisée en enlevant les trois populations de Brest de l’analyse. Les pourcentages d’inertie des deux premiers axes sont respectivement 21% (P = 0,412) et 19% (P = 0,008). L’axe 2 met en évidence une différenciation des populations de Bs et de Bv par rapport à celles de la Stb et de Mx. Les populations de Bdm se trouvent des deux côtés de l’axe.