Isolement et identification des salmonelles.

La ville de N’Djamena est située au sud ouest du territoire Tchadien. Elle est constituée de 10 communes urbaines avec une population estimée à environ 993 492 habitants (RGPH2, INSEED, 2009). Elle dispose de 57 élevages avicoles, recensés par la direction des études et des statistiques du Ministère de l’Elevage, dont seuls 30 étaient fonctionnels. Elle compte aussi 7 hôpitaux publics, 4 hôpitaux privés et plusieurs cliniques privées dont les emplacements géographiques dépendent de l’importance de densité de population par commune urbaine. hôpitaux dont 4 hôpitaux publics et 1 hôpital privé, ayant bien voulu participer à notre investigation. Les 6 élevages restants que nous n’avons pu échantillonner pendant la période de notre deuxième campagne étaient en attente de poussins qui devaient arriver de France. Tous les prélèvements ont été effectués par le même opérateur dans toutes les fermes et les hôpitaux visités pour échantillonnages. Les deux campagnes de collecte ont duré chacune six (6) mois : du 01/08/2010 au 31/01/2011 et du 01/09/2011 au 28/02/2012. • Dans un premier temps, nous avons effectué une première visite d’informations et de recensement dans chaque élevage, dans le but d’associer, sur la base du volontariat, les aviculteurs à notre étude ; courtes et précises, ne nécessitant en général que des réponses par oui ou non, des chiffres puis une petite observation finale du répondant. campagne de collectes, les prélèvements ont concerné 9 élevages de volailles et 4 hôpitaux de la capitale. La deuxième campagne a impliqué 7 élevages de volailles supplémentaires et 5 hôpitaux (les 4 hôpitaux de la seconde campagne étaient les mêmes que ceux de la 1ère campagne). Les prélèvements ont été réalisés selon les protocoles suivants.

 Echantillonnages.

Les prélèvements sont transférés au fur et à mesure dans des caissons isothermes ne dépassant pas 4°C et ramenés au LRVZ (Laboratoire de Recherches Vétérinaires et Zootechniques) de N’Djamena, dans un délai ne dépassant pas 4 h et pré-enrichis dans l’heure qui suit. La dilution est faite au 1/10 pour tous les échantillons (25g dans 225 mL).  Elevages (Tableau 22) Les prélèvements ont tous été effectués tous les samedis matins entre 7 h – 10 h. Chaque bâtiment abritant les volailles était divisé au tiers quelle que soit sa superficie. Fientes : au niveau de chaque tiers du bâtiment, on prélève au hasard 15 fientes, qui sont aussitôt mises dans un sachet de prélèvement stérile (AES Chemunex, Combourg, France). Cette opération permet de faire des collectes groupées en pools (3 pools par bâtiment) de prélèvements de 15 fientes chacun. Surfaces : de la même façon, on applique 2 chiffonnettes humidifiées sur la litière de chaque tiers du bâtiment. Les chiffonnettes ainsi chargées sont ensuite mises dans un sachet stérile (AES Chemunex, Combourg, France). Trois pools de prélèvements de 2 chiffonnettes chacun sont ainsi réalisés pour chaque bâtiment. Abreuvoirs : on choisit trois abreuvoirs de chaque tiers du bâtiment et on y prélève 5 mL d’eau fournie la veille aux volailles. On réalise pour chaque bâtiment, un pool de 6 x 5 mL d’eau issue de chaque tiers du bâtiment. Les prélèvements sont mis dans un sachet stérile (AES Chemunex, Combourg, France). Mangeoires : on choisit, au hasard, trois mangeoires de chaque tiers du bâtiment et on y prélève 5 à 10 g d’aliments fournis la veille aux volailles. On réalise pour chaque bâtiment, un pool de 6 x (5 à 10 g) d’aliments issu de chaque tiers du bâtiment.

Les prélèvements (selles des patients malades hospitalisés ou non) sont récupérés directement auprès des techniciens de laboratoires de chaque hôpital tous les deuxièmes jours de la semaine entre 11h et midi. Ils sont mis dans des sachets stériles (AES Chemunex, Combourg, France). Ces prélèvements sont ensuite mis dans un caisson isotherme et ramenés au laboratoire dans un délai ne dépassant pas 4 h et pré-enrichis dans l’heure qui suit. La dilution est faite également au 1/10 (10g dans 90 mL d’EPT). prélèvements issus des élevages (90 ml d’E.P.T pour 10 g de selles humaines). La solution mère obtenue a été laissée 30 mn à la température ambiante pour revivification et étuvée ensuite pendant 18 – 20 h à 37° C. Ceci permet aux salmonelles (éventuellement présentes) et aux autres bactéries de se multiplier en abondance. Elles deviennent ainsi facilement détectables par la suite. bouillon RVS (AES Chemunex, Combourg, France) et étuvé pendant 24 h à 42° C. La sélectivité du bouillon RVS et la température d’incubation relativement élevée entraînent l’élimination d’une grande partie de la flore d’accompagnement et favorisent la croissance des salmonelles. dans une première boîte contenant de la gélose Hektoen (AES Chemunex, Combourg, France). La même opération a été répétée avec une autre boîte contenant de la gélose XLD (AES Chemunex, Combourg, France). Nous avons d’abord effectué la coloration de Gram et la recherche de l’oxydase afin de vérifier les caractères majeurs des Entérobactéries. La coloration de Gram est une technique qui permet de mettre en évidence les caractères morphologiques (Gram- ou Gram+, forme et taille) des bactéries. L’identification des souches de salmonelles fait appel à une sélection biochimique des isolats analysés, en fonction de réactions biochimiques bien déterminées.