Logiciel de traitement des séquences d’ADN (source : VESTALYS Rojo) 

Le logiciel BIOEDIT BioEdit est un logiciel de traitement de séquence. Il a été créée par Hall en 1999 et téléchargeable sur le lien http://bioedit.software.informer.com/7.2/. Les résultats de chaque individu sont reçus par courriel et sont sous deux formats de fichiers : l’un .AB1 (les chromatogrammes) et l’autre .SEQ (les séquences). Chaque pic représenté par une couleur est une base. Les premières dizaines de bases ne sont pas vérifiées. La vérification débute lorsque les pics sont constants et stables. Les « N » sont des bases à vérifier au niveau de la séquence. Les bases inscrites en minuscule sont des bases pour lesquelles elles subsistent toujours un doute. La vérification s’arrête lorsque le chromatogramme ne donne plus de pics stables et constants. Pour la vérification, les séquences « reverse » doivent être à la fois mises dans le même sens et transcrites en leurs complémentaires afin d’avoir la même séquence. Les séquences sont enregistrées sous formes FASTA .FAS. La séquence est copiée sur le site ttp://reversecomplement.com/ ou un autre qui propose un reverse-complément. Pour l’alignement, les séquences dans les deux sens sont importées : « FILE », « IMPORT DATA », les dossiers contenant les fichiers « forward » et « reverse » sont alignés ANDRIANJAFINANDRASANA Soloniony Navalonamanitra, Thèse de Doctorat Annexes X avec leurs bases complémentaires. Le fichier final modifié .SEQ peut être enregistré sous format PHYLIP .PHY, texte .TXT, GENBANK .GNK, ou autre.

Le logiciel DARWIN

DARwin (Dissimilarity Analysis and Representation for Windows), est un logiciel créé par PERRIER, X., and JACQUEMOUD-COLLET, J.-P en 2006. La version 6.0.11 est une mis à jour de 2015. Il est disponible sur http://darwin.cirad.fr/.». Son objectif est de déterminer la structure génétique en se basant sur des méthodes de distances (Neighbor Joining). Darwin propose cinq analyses, mais pour notre étude, seules trois parties sont nécessaires : la mesure de la dissemblance, la construction de l’arbre à partir de ces calculs et la représentation de l’arbre. Les données qui peuvent être prises en charge par ce logiciel sont les données quantitatives, les données qualitatives, les données binaires et les séquences nucléotidiques. Les données utilisées par le logiciel Darwin sont sous format Darwin « .VAR ». Une transformation de format est nécessaire. Un autre composant .DON accompagne cette donnée. Comme GenAlex, les séquences initiales prises en compte sont Nexus .NEX, Phylip .PHY, Fasta .FAS, Mega2 .MEG. Les séquences sont importées et transformées en .VAR. Lors de cette transformation de format, chaque site est numérisé comme un système identifiant. Ce fichier entre ensuite dans le calcul de dissemblance. DIS. Un fichier .VRD accompagne la matrice. C’est la matrice de distance par Neighbor Joining. Le fichier .DIS, servira pour la construction de l’arbre phylogénétique, avec une possibilité d’utilisation de Bootstrap. L’arbre obtenu est enregistré sous le format .ARB.