ROFIL BACTERIOLOGIQUE DES EXAMENS
CYTOBACTERIOLOGIQUES DES URINES (ECBU)
GENERALITES SUR LA BACTERIOLOGIE DES URINES
GENERALITES SUR LES BACTERIES
Les bactéries sont des micro-organismes procaryotes dépourvus d’un véritable noyau (absence de membrane nucléaire) et possèdent un chromosome unique en général. Elles sont métaboliquement actives et se divisent par fission binaire (Meziani, 2012). La bactérie possède une paroi rigide faite d’un constituant spécifique : le peptidoglycane ou muréine (Hears et Shears, 1993). En plus d’une grande diversité d’habitat, les bactéries ont un important potentiel d’adaptation génétique. Elles contiennent souvent de l’ADN plasmidique, capable de transférer du matériel génétique au sein de l’espèce ou vers des espèces différentes. Cette adaptabilité génétique peut accroître à la fois leur pouvoir pathogène et leur résistance aux antibiotiques (Hears et Shears, 1993).
STRUCTURE D’UNE CELLULE BACTERIENNE
Une bactérie est une entité complète, avec une paroi cellulaire complexe entourant un cytoplasme. Ce dernier possède toute la machinerie nécessaire à l’autonomie structurale et fonctionnelle de la bactérie (Fig.1). La bactérie est constituée d’éléments constants que sont : le génome (ADN) qui se présente sous la forme d’un long filament pelotonné sur lui-même, les ribosomes cytoplasmiques, la membrane cytoplasmique, la paroi (sauf chez les Mycoplasmes) et d’éléments inconstants : les flagelles, les pilis, la capsule, la spore, les plasmides (ADN circulaire extra chromosomique) (Carbonnelle et al., 1987). . Figure 1: Structure et éléments constitutifs d’une cellule bacterienne Source :http://www.ecosociosystemes.fr/cellule_bacterienne.html 3 La taille des bactéries peut varier mais elle est généralement de l’ordre du micromètre alors que sa morphologie est diverse (Fig.2). Figure 2: Différentes formes de bacterie I.
PAROI BACTERIENNE
C’est un constituant essentiel des bactéries permettant de distinguer deux classes de bactéries : o Les bactéries à Gram positif dont la paroi est constituée principalement de peptidoglycane et qui est colorée en bleu par la coloration de Gram. o Les bactéries à Gram négatif dont la paroi cellulaire est constituée de trois couches : phospholipides, une couche de protéines et une légère couche de peptidoglycane qui est colorée en rouge par la coloration de Gram (Fig.3). . Figure 3: Morphologie de la paroi bacterienne à Gram- et à Gram+ mis en evidence par la coloration de Gram Source : https://www.antibio-responsable.fr/ Source :https://fr.dreamstime.com/
CLASSIFICATION DES BACTERIES
La forme des bactéries, leur affinité pour les colorants, leur type respiratoire constituent la base de leur classification (Fig.4). Figure 4: Classification des bactéries
DIAGNOSTIC BIOLOGIQUE DES BACTERIES URINAIRES
EXAMEN CYTOBACTERIOLOGIQUE DES URINES (ECBU)
L’examen cytobactériologique des urines (ECBU) est l’examen le plus demandé en bactériologie médicale (Fara et al., 2002). Il permet l’isolement du microorganisme responsable d’une infection urinaire et permet ainsi de déterminer la sensibilité de la bactérie isolée aux antibiotiques qui constitue l’antibiogramme.
PRELEVEMENT
Le prélèvement des urines s’effectue en respectant certaines conditions d’asepsie : d’abord un lavage des mains suivi d’un lavage soigneux avec un antiseptique doux de la vulve chez la femme ou du méat urétral chez l’homme. Le milieu de jet des urines du matin est recueilli dans un récipient propre et identifié au nom du patient. L’urine doit être traitée dans les 30 minutes après la miction sinon on peut les garder à +4° pendant 2 heures. Source : http://andryrasamindrakotroka.e-monsite.com 5 L’urine du 1er jet peut être recueillie (éventuellement après massage prostatique) en cas de suspicion d’une infection urétrale ou prostatique. Chez le malade sous sonde il faut éviter de prélever directement dans la poche ; il faudra dans ce cas clamper la tubulure et ponctionner en amont du clampage. Chez le nourrisson on applique une poche adhésive autour des organes génitaux externes et on la change toutes les 30 mn en l’absence de miction (Avril et al., 1992 ; DLS, 2015).
EXAMEN MACROSCOPIQUE
Il permet d’apprécier l’aspect des urines : claires, troubles, purulentes, hématiques (Tableau I). Tableau I: Aspect macroscopique des urines (Ould, 2013) Paramètre Aspect normal Résultat pathologique Limpidité Urine claire (Limpide) Urine Trouble ou légèrement trouble Couleur Légèrement jaune Rouge (hématurie) brun foncé (bilirubine) purulente Ph 5-6 6 acidoses rénales, tubulaire, infection urinaire
EXAMEN MICROSCOPIQUE
EXAMEN CYTOLOGIQUE
ASPECT QUANTITATIF On réalise une numération des éléments figurés dans un volume donné d’urine avec le microscope optique à l’objectif 40. Leur nombre est rapporté au ml. A l’état physiologique, l’urine contient moins de 1000 leucocytes ou hématies par ml. En cas d’infection urinaire, le processus inflammatoire se traduit le plus souvent par l’augmentation du nombre de leucocytes (supérieur à 10.000 /ml) et hématies (supérieur à 5.000/ml) (Avril et al., 1992). On peut y retrouver des cristaux, des levures, des cellules épithéliales…
ASPECT QUALITATIF
On réalise un culot de centrifugation et ceci aide à mieux identifier les cellules présentes dans les urines. L’observation à l’état frais peut révéler des lymphocytes, des cellules rondes rénales, des cylindres, des cristaux, des levures, des trichomonas vaginalis, des spermatozoïdes, des œufs de parasites, des schistosomes, des bactéries… Une coloration de Gram est ensuite réalisée et observée au microscopique avec huile d’immersion à l’objectif 100. Cette coloration différencie les bactéries selon leurs formes et 6 leur affinité tinctoriale. On appréciera leur groupement et leur abondance, ce qui oriente ainsi sur le choix du milieu de culture (Carbonnelle et al., 1987 ; DLS, 2015).
L’UROCULTURE
L’examen direct d’un étalement biologique contenant des bactéries n’est généralement pas suffisant pour identifier l’espèce bactérienne en cause. Seule la culture associée à une galerie d’identification biochimique peut garantir une identification précise. I
DENOMBREMENT DES GERMES URINAIRES
L’évaluation quantitative de la bactériurie peut s’opérer par la méthode de la lame immergée ou de la dilution des urines avec la technique de l’anse calibrée (DLS, 2015).
ENSEMENCEMENT
Les milieux les plus utilisés sont la gélose CLED (Cystine Lactose Electrolyte Déficient) ou le BCP (Bromo-crésol Pourpre) ; le mileu Chapman (forte concentration de chlorure de sodium) ; le Milieu EMB (Eosine Bleu de Methylène).
MODE D’ENSEMENCEMENT
Il existe plusieurs méthodes dont : La méthode de lame gélosée qui consiste à immerger la lame DGU dans les urines puis de l’incuber à 37° pendant 24h. La lecture consistera à comparer la densité des colonies bactériennes obtenues aux modèles fournis dans la trousse (Annexe 12) où se trouve une série de reproduction d’étalon correspondant à , , , , UFC/ml. La méthode de l’anse calibrée où une anse de 10ul d’urine est diluée dans 1ml d’eau physiologique. Ensuite 10ul de cette dilution est étalée sur gélose CLED et incubée pendant 24h à 37 °C.
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