Caractérisation de la flore fongique post-récolte des bananes, papayes et mangues à Madagascar

Madagascar est un terrain favorable à la production de fruits tropicaux. Etant donné les pertes post-récoltes, il s’agit surtout d’une production destinée à assurer la consommation locale. L’exportation fruitière de l’île était de 6000t (soit 10.231.000 U$D) en 2011 (FAO, 2011) alors que l’Afrique couvre 13% des exportations fruitières mondiales (estimées à 8 milliards U$D en 2017) (Loillet, 2017). Toutefois, une petite partie est collectée pour être transformée en des dérivées plus conservables comme les pâtes de fruits, confitures, fruits confits. Les pathologies, les conditions hygrométriques au champ et au niveau post-récolte ainsi que les traitements (manutention, stockage, fongicide) post-récoltes déterminent la qualité et la conservation post-récolte d’un fruit (Eckert and Sommer, 1967) et donc sa disponibilité pour la commerce. Dans le cas de Madagascar, de nombreuses études ont été faites sur l’occurrence de maladies au champ des bananiers, papayers et manguiers à Madagascar mais très peu ont porté sur la part réelle des pathologies post-récoltes, qui jouent un rôle stratégique dans le commerce de ces fruits, sachant qu’elles peuvent engendrer des pertes considérables que ce soit au niveau de la production ou du transport des produits et influencer de manière non négligeable la balance commerciale d’un pays.

En fin de cycle, la plupart des champignons phytopathogènes produit des spores qu’il libère au sein de l’environnement et qui contaminent les fruits. Les spores des pathogènes sont par conséquent présents sur les fruits lors de la récolte (Johnson et al., 1991). La germination de ces spores est tributaire de certaines conditions d’hygrométrie, de température et de lumière. Ainsi, le climat et par conséquent, l’origine géographique peuvent avoir une influence sur la biodiversité de champignons phytopathogènes sévissant dans une région (Prusky, 1996). Toutefois, au stade post-récolte, d’autres champignons, pas forcément pathogènes peuvent coloniser les fruits après que ces derniers aient été fragilisés par un pathogène. Il est alors nécessaire de caractériser les pathologies post-récolte des fruits d’une région, de connaître la flore fongique qui y est associée, d’en identifier les pathogènes et les flores secondaires pour enfin définir l’état des lieux des pathologies existantes. Plusieurs types de pathogènes peuvent infecter les arbres fruitiers, certaines de façon sporadique, les plus connus sont toutefois récurrents et appartiennent à la famille des Ascomycètes. Les ascomycètes ont deux phases de croissance : le stade asexué appelé anamorphe et le stade sexué appelé télomorphe. Le stade anamorphe est plus souvent associé aux pathologies post-récoltes sur les fruits les plus connus comme les genres Penicilium, Aspergillus, Geotrichum, Botrytis, Fusarium, Alternaria, Colletotrichum, Dothiorella, Lastodiplodia (Coates and Johnson, 2013).

Voilà les questions auxquelles cette première partie tente de répondre en partant de l’hypothèse qu’évoluant dans un climat tropical, les mangues, bananes et papayes malgaches ont les mêmes flores post-récoltes secondaires que celles d’autres pays tropicaux, que les pathogènes spécifiques de chaque fruit sont similaires à d’autres pays tropicaux et que l’occurrence de ces pathogènes est dépendant de la température et de l’humidité et donc de l’origine géographique mais aussi des traitements et du circuit de commercialisation de ces fruits. champignons post-récoltes se trouvant sur leurs peaux, notamment celles sur les pourritures et les taches noires. Au préalable, une enquête sur leur circuit de commercialisation a été effectuée. Chaque souche est purifiée avant d’être identifiée par la technique de la biologie moléculaire. La morphologie des souches identifiées est alors verifiée.

Ecologie des fruits modèles

Des bananes, papayes et mangues présentant des pourritures ou des taches noires, indicateurs de maladies post-récoltes ont été récoltées dans diverses régions de Madagascar, en prenant soin de créer un contraste « zones côtières » et « hauts-plateaux » pour chaque fruit. Les zones de collecte sont résumées dans le tableau 1. Chaque collecte de fruit a aussi été mise à profit à travers une enquête qualitative sur le circuit des fruits du producteur aux consommateurs. Plus précisément, les collectes ont été effectuées à plusieurs niveaux de la chaîne de commercialisation, en remontant la filière du vendeur à l’étalage sise à Antananarivo aux producteurs. L’enquête a été portée sur les traitements effectués sur les fruits, le lieu d’approvisionnement et d’écoulement des produits (Fiche d’enquête présentée en annexe 1). L’enquête ayant une finalité purement informative, deux acteurs par étape et par zone de collecte uniquement ont été questionnés.

Isolement et purification des souches

Cette partie de l’étude a été réalisée dans le laboratoire de Physiologie végétale de l’Université d’Antananarivo. La peau malade est découpée avec un bistouri, puis déposée sur un milieu vierge stérilisé de gelose Sabouraud chloramphenicol qui contient de l’antibiotique. L’ensemble est incubé à 27°C dans une étuve. Au bout d’une semaine, chaque souche présente sur le milieu est repiquée sur un milieu vierge stérilisé de potato dextrose agar (Annexe 6). Au bout de deux semaines, la souche ainsi isolée est inondée d’eau distillée stérile (EDS, environ 10 mL). L’ensemble est agité légèrement puis prélevé dans un tube Eppendorf de 2mL. La quantité de conidies présentes par mL de solution est par la suite déterminée à l’aide d’une cellule de comptage de Mallassez, en comptant le nombre de spores dans 10 rectangles (intercalés de 2 rectangles chacune) de la cellule. La concentration en spores est donnée par la formule :