CARACTERISATION MOLECULAIRE D’INTEGRONS CHEZ DES SOUCHES DE Shigella sonnei MULTIRESISTANTES ISOLEES AU SENEGAL

Dans les pays en développement, les dysenteries bacillaires sont une cause majeur de mortalité et de morbidité. Elles affectent chaque année 164,7 millions à travers le monde dont 163,2 millions dans les pays en développement et 1,1 million de décès chez les enfants de moins de 5 ans (Kotloff 1999). En Afrique 15 pays connaissent des flambés de shigellose qui touche plus de 30% de la population et 50% des enfants de moins de 5 ans (W.H.O. 1997). En Afrique subsaharienne les entérites à Shigella sont considérables : elles représentent 13% des diarrhées et gastroentérites au Mali, et 46% des maladies infectieuses au Gabon (Aubry 2004). A Dakar, les Shigella représentent 24,8% des agents entéropathogénes et 4,3% des causes de diarrhées (Sow 1992). Selon les données du CNSE, on note un recrutement croissant des souches de Shigella sonnei et flexneriae et une disparition de Shigella dysenteriaea. De plus on note une résistance croissante des souches de Shigella flexneri et sonnei aux antibiotiques les plus fréquemment prescrits (Perrier 2002).

La résistance aux antibiotiques de ces bactéries à gram négatif est devenue une préoccupante (Lima 1995; Jones 1997). Au delà des résistances phénotypiques, l’avènement de la biologie moléculaire a permis la mise au point l’aspect génétique de la résistance chez les bactéries. Le transfert de cette résistance entre différentes espèces bactériennes est facilité par des éléments génétiques mobiles comme les transposons et les plasmides. Au début des années 80, il a été identifié de nouveaux éléments génétiques qui peuvent conférer la résistance à un ou plusieurs antibiotiques. Ces éléments génétiques sont appelés intégrons (Stokes 1989) et ont été retrouvé aussi bien chez des bactéries d’origine animale (Terajima 2004) que chez des bactéries environnementales (IASRA 2001). Principalement 3 classes d’intégrons ont été bien caractérisé et sont impliquées dans la multi résistance aux antibiotiques. Sur ces intégrons , plus de 50 cassettes ont été identifiées (Hall 1998). Les intégrons sont incapables d’auto réplication et sont généralement portés par des plasmides et des transposons. Ils peuvent aussi se localiser sur le chromosome. Notre objectif est d’évaluer la contribution des intégrons dans la multi résistance des souches de Shigella sonnei multirésistantes aux antibiotiques isolées au Sénégal.

Généralités sur les Shigella

Les Shigella sont des Entérobactéries responsables de la dysenterie bacillaire et de diarrhée (Avril 1999). Elles ont été isolée pour la première fois par Chantemasse et Widal des selles d’un malade atteint de dysenterie bacillaire (Le Minor 1982). Elles sont caractérisées par leur faible activité métabolique et leur parenté avec Escherichia coli (% GC sont très voisins). Les bactéries du genre Shigella sont subdivisées en 4 espèces se distinguant entre elles par des caractères biochimiques et antigéniques, basées sur l’étude des antigènes O polysaccharidiques (Le Minor 1982). La subdivision des Shigella en sous groupes est fondée sur leur réaction sérologique. Quatre espèces de Shigella ont été bien identifiées : Shigella dysenteriae atypiques ont été identifiées (Coimbra 2001). D’autres souches de Shigella n’appartenant à aucune sérovar connu ont été identifié au CNSE (Perrier 2002).

En plus de leurs caractères d’entérobactéries (CAT-, OX-, NR+), les shigelles ont l’ensemble des caractères négatifs :TDA, Uréase, LDC, H2S, VP, CS. Elles ne fermentent pas beaucoup de sucres ni ne produisent du gaz sauf pour les sérotype 6 de Shigella flexneri et les sérotypes 13 et 14 de Shigella boydii (Le Minor 1982; Avril 1999) Les shigelles sont des bactéries essentiellement humaines à point focal le colon et l’iléon terminal. Elles sont résistantes à l’acidité gastrique. La dose minimale infectante est de 10 à 100 bactéries (Avril 1999). Dans le tube digestif ces bactéries sont éliminées par plusieurs processus tels que la sécrétion biliaire et pancréatique, la motricité gastrique, la flore commensale de l’intestin et l’acidité de l’estomac. Mais au niveau du colon grâce à une toxine plasmidique secrétée par les shigelles elles traversent les cellules M et la bordure en brosse des anthérocytes et y pénètrent. Des enzymes codées par les gènes chromosomiques ipaH, mxi et spa leur permettent d’échapper à la vacuole de phagocytose, de se multiplier activement et de passer d’une cellule à une autre. Après une lyse cellulaire, les bactéries atteignent la lamina propria ou elles déclanchent des réactions inflammatoires à polynucléaires avec production d’interleukine Il-ib qui entraînent la formation de microabccés et l’élimination dans les selles de mucus, de granulocytes, d’érythrocytes et de débris cellulaires (Le Minor 1982). Les polynucléaires détruisent les bactéries et peuvent se retrouver dans la lumière intestinale. C’est ce qui empêche la dissémination des bactéries dans le sang. La détermination du caractère invasif des shigelles peut être étudié par le test de Sereny : il consiste à inoculer à la conjonctive du cobaye une goutte de culture bactérienne. Si la souche est invasive, il apparaît entre 2 et 3 jours une kératoconjonctivite purulente suivie d’une kératite qui guérit spontanément après 2 à 4 semaines (Le Minor 1982; Gassama 1997)