La flore fongique post-récolte des fruits malgaches

La collection Deux cent cinquante souches de champignons ont été isolées et purifiées à partir de nécroses et de pourritures de banane, papayes et mangues malgaches. Leur répartition à travers les diverses localités de l’île est représentée dans le tableau 3. Environ 70% des souches isolées ont été prélevées sur les bananes dont 65% proviennent de l’Est de l’île. Aucun échantillonnage de mangue n’a été effectué dans l’Est de l’île dans la mesure où ce fruit est plutôt localisé dans la partie Nord et Ouest. Aucun échantillonnage de papaye n’a pu être effectué dans la région Vatovavy-Fitovinany. b. Phylogénie Parmi les 250 souches de la collection, l’ADN a pu être extrait pour 115 souches et le séquençage fut réussi pour 85 extraits d’ADN sur les 115. L’analyse des séquences a permis l’identification de 73 souches parmi ces 85. L’analyse de la distance génétique entre les séquences d’ADN obtenues avec le logiciel DARWIN a regroupé les ADN analysés dans 6 groupes de champignons (Figure 4).  Figure 4: L’arbre phylogénique représentant la distance génétique entre les divers extraits d’ADN obtenus. La comparaison de ces groupes avec la base de données BLAST, avec un accent sur les champignons phytopathogènes post-récoltes des bananes, papayes et mangues, a donné les résultats suivant : – une séquence d’ADN a été rapprochée de l’espèce Neofusicoccum sp., – une autre a été rapprochée de l’espèce Penicillium sp.,  – deux séquences n’ont pu être rapprochées d’aucune espèce de cette base de données – les 70 séquences restantes ont été rapprochées de 4 genres de champignons dont les séquences de l’espèce de référence sont présentées dans le tableau 4. Il s’agit des genres : Fusarium spp., Colletotrichum spp., Aspergillus spp. et Meyerozyma spp. Tableau 4: Caractéristiques des souches de références ayant permis l’identification des souches de la collection N° Espèces Souche representant le groupe Accession Penicillium rubens C175 NR_111815 D’après la classification de Webster and Weber en 2007, toutes les souches isolées à partir des fruits malgaches appartiennent au groupe des Ascomycètes (Tableau 5) . Tableau 5: Position systématique des genres identifiés dans la collection, d’après la classification de Webster et Weber en 2007 Genre Famille Ordre Classe/Sous-classe Phylum Fusarium Nectriaceae Hypocreales Hymenoascomycètes Pyrenomycetes Ascomycètes Colletotrichum Glomelleraceae Phyllacoraceae Phyllacorales Hymenoascomycètes Pyrenomycetes Ascomycètes Aspergillus Trichocomaceae Eurotiales Plectomycetes Ascomycètes Penicillium Trichocomaceae Eurotiales Plectomycetes Ascomycètes Meyerozyma Saccharomycetaceae Saccharomycetales Hemiascomycètes Ascomycètes Neofusicoccum Botryosphaeriaceae Dothideales Loculoascomycètes Ascomycètes 

Morphologie

Les traits morphologiques apparentés aux souches identifiées sont présentés dans le tableau 6. Quatre types de texture ont été rencontrés : une texture laineuse retrouvée chez Fusarium spp. et Neofusicoccum sp., une texture duveteuse retrouvée chez Colletotrichum spp., une texture poudreuse retrouvée chez Aspergillus spp., Penicillium sp. et une texture glabre retrouvée chez Meyerozyma spp. Deux types de structures ont été retrouvés : une structure unicellulaire retrouvée chez Meyerozyma spp. et des hyphes ramifiées chez les autres. Aspergillus spp. se distingue par sa couleur, sa texture, sa topographie et même l’absence de septum au niveau de ses hyphes, mais les hyphes de Fusarium spp. et Colletotrichum spp. sont très similaires tandis que la couleur de la colonie obtenue en culture est plutôt inconsistante au sein d’une même souche pour ces deux genres. Cette confusion peut être levée par la texture qui est extrêmement laineuse pour le premier et légèrement duveteuse pour le dernier. d. Spécificité Parmi les 73 souches identifiées, certains genres sont plus fréquents que d’autres tandis que d’autres sont rarissimes (Figure 5). Parmi les souches identifiées, le genre Fusarium est le plus fréquent (53%), suivi du genre Aspergillus (22%) et du genre Meyerozyma (18%). Figure 5: Fréquence de chaque genre par rapport à la totalité des souches identifiées. La spécificité de ces champignons en fonction du fruit d’origine est représentée dans la figure 6. Tous les genres identifiés sont présents sur tous les fruits, à l’exception de Penicillium spp. a été retrouvé uniquement sur les bananes tandis que Colletotrichum spp. et Neofusicoccum spp. ont été retrouvés uniquement sur les mangues.  Figure 6: La répartition des souches identifiées à travers les trois fruits collectés : mangues (M), papayes (P) et bananes (B). Il en est de même pour l’influence de l’origine géographique des fruits sur le cortège fongique isolé (Figure 7). Figure 7: Répartition des souches identifiées dans les différentes régions de l’île : Nord (N), Sud (S), Est (E), Ouest (O) et Hautes Terres Centrales (HTC). D’après cette figure, les genres Meyerozyma, Fusarium et Aspergillus sont trouvés sur tous les fruits de toutes les zones de collecte de l’Ïle. Le genre Penicillium a été retrouvé uniquement sur les Hautes Terres Centrales de Madagascar, tandis que Neofusicoccum sp. et Colletotrichum spp. ont une prédilection pour l’Ouest de l’île.