Architecture génétique et sélection des caractères de production

Le principal caractère sélectionné est la croissance à différents âges, et notamment aux grandes tailles, car la production de truite a évolué rapidement de la truite portion vers de la grande truite pour produire des filets et vers de la très grande truite pour le fumage. Les rendements (rendement carcasse, rendement filet) et la teneur en lipides du muscle sont aussi des caractères très importants à sélectionner pour améliorer la rentabilité économique de la filière et la qualité des produits. La sélection généalogique a permis à la fois d’améliorer la précision de la sélection sur la croissance en intégrant données individuelles et données familiales, mais aussi permis d’inclure les caractères mesurés sur des collatéraux comme le rendement de découpe. Dans ce contexte, le bénéfice principal escompté de la sélection génomique est d’améliorer l’efficacité de cette sélection sur apparentés en permettant de classer non plus seulement les familles des candidats à la sélection, mais aussi les individus à l’intérieur des familles. De nombreuses études ont montré des estimations d’héritabilités limitées à fortes (entre 0,20 et 0,60) pour les caractères de production chez les salmonidés, tels que le rendement du filet, le poids du filet, le poids à la découpe ou le poids éviscéré et étêté (Kause et al. 2002, 2007; Neira et al. 2004; Powell et al. 2008; Haffray et al. 2012a, 2018; Tsai et al. 2015a; Leeds et al. 2016; Neto et al. 2019). Des études d’association pan-génomiques (GWAS) ont aussi montré que ces caractères de production sont très polygéniques (Gonzalez-Pena et al. 2016; Neto et al. 2019; Ali et al. 2020). Le rendement en filet est un caractère majeur à considérer dans les programmes de sélection pour augmenter la rentabilité de la production, même s’il a une variabilité faible, que son phénotypage précis est complexe et sa sélection difficile car il ne peut être mesuré directement sur les candidats à la sélection (Vandeputte et al. 2019).

Ces auteurs montrent qu’une sélection pour le rendement en filet est toutefois possible de façon optimale en combinant la résiduelle du poids éviscéré et étêté corrigé par le poids à la découpe (mesurée sur les collatéraux) et le rapport entre l’épaisseur de la paroi abdominale et la profondeur de la cavité péritonéale (mesurée sur les candidats à la sélection par ultrasons). Le premier objectif de l’étude présentée dans ce chapitre est d’estimer dans une lignée du sélectionneur Aqualande les paramètres génétiques pour les caractères de découpe (poids total à la découpe, poids éviscéré et le poids éviscéré et étêté) et les caractères de qualité de la chair (couleur et surface du tissu adipeux de la darne), ces derniers caractères ayant encore peu été étudiés. Le second objectif de notre étude est de comparer l’efficacité de la sélection génomique par rapport à la sélection sur pedigree pour ces caractères et d’étudier les leviers d’action pour mettre en œuvre une SG efficace non seulement techniquement mais économiquement au travers du choix des outils de génotypage (densité de marqueurs) et des populations de référence (taille et structure). Les cohortes étudiées sont la 9ème génération (génération 9) et la 10ème génération (génération 10) de sélection de la lignée A du groupe Aqualande.

Dans les deux cas, les cohortes sont monosexes femelles. Cette lignée est principalement sélectionnée sur la croissance et le poids à 18 mois par la méthode PROSPER. Pour la génération 9, la fécondation a eu lieu le 2 décembre 2014 et l’abattage et le chantier de découpe du 24 au 26 mai 2016 à l’âge de 18 mois. Les animaux de cette génération ont été abattus par un bain avec adjonction de gaz carbonique, puis saignés. Ils ont été mis en caisse et ont eu 24h de maturation à 4°C avant découpe. La génération 10 a été produite le 5 décembre 2016 et l’abattage et le chantier de découpe ont eu lieu du 23 au 26 avril 2018 à l’âge de 17 mois. Les animaux de la génération 10 ont été euthanasiés par commotion cérébrale puis saignés d’après le guide des bonnes pratiques animales défini par l’ Union Européenne concernant les animaux de laboratoire (2010/63/UE). Ils ont été découpés rapidement après. La collecte des données brutes a concerné 3463 femelles : 1954 pour la génération 9 et 1509 pour la génération 10. Les phénotypes recueillis sur chaque animal ont été le poids total à l’abattage, le poids des viscères et le poids de la tête. Une darne a été découpée en avant de la nageoire dorsale selon le protocole défini dans Marty- Mahé et al. (2004) en position A5. Une image numérique de cette darne a été effectuée pour chaque animal. Les mesures prises ultérieurement sur l’image de la darne ont été faites de manières différentes entre les deux générations. Pour la génération 9, les darnes ont été congelées pour être analysées a posteriori : 238 darnes ont été congelées en tunnel de surgélation et les 1709 restantes en chambre froide.