CARACTERISATION MOLECULAIRE DES SOUCHES DE SALMONELLA ISOLEES DANS LES FERMES DE POULETS

Salmonellose

 Maladie chez l’homme

 La salmonellose est l’une des maladies bactériennes d’origine alimentaire la plus répandue dans le monde [5]. C’est une infection diarrhéique et systémique chez l’homme. Il existe plusieurs formes cliniques de salmonellose humaine. Les salmonelloses typhique et paratyphique ont pour seul réservoir l’homme [4]. Tandis que les salmonelloses humaines non typhiques sont considérées comme des maladies zoonotiques. En général, la maladie chez l’homme fait suite à une infection subclinique d’animaux entraînant une contamination de la viande, des œufs, des carcasses lors de l’abattage [6], ou une contamination secondaire des fruits et des légumes dont les plants ont été fertilisés par des matières fécales animales ou irrigués avec des eaux usées [2, 5]. L’évolution générale de cette gastro-entérite est bénigne mais des sujets restent porteurs sains de Salmonella et vont favoriser la transmission interhumaine par la voie féco-orale [5, 7]. En outre, les toxi-infections alimentaires collectives à Salmonella sont dues à la consommation simultanée par plusieurs personnes d’aliments massivement contaminés. Les personnes immunodéprimées, les jeunes enfants et les personnes âgées sont plus susceptibles d’avoir une maladie grave

 Maladie chez les animaux 

La salmonellose peut atteindre toutes les espèces d’animaux domestiques ; les jeunes et les animaux en gestation ou lactation sont les plus sensibles [2]. En fonction de l’hôte, les salmonelles peuvent induire un large spectre de maladies telles qu’une gastroentérite ou des infections asymptomatiques. Dans la forme subclinique, l’animal peut soit développer une infection latente, soit devenir porteur temporaire, intermittent ou durable excrétant l’agent pathogène dans ses fèces. Les plus dangereux sont les porteurs sains, à l’origine de contamination par les fèces [1]. Ces sujets, en particulier les volailles, jouent un rôle important dans la diffusion de l’infection entre les différents élevages et également en tant que source de contamination des aliments et à l’origine de l’infection humaine. Les salmonelles peuvent aussi être trouvées dans l’alimentation animale, entraînant un portage gastro-intestinal asymptomatique ou des maladies infectieuses chez l’animal, notamment chez les volailles [2]. La salmonellose reste une maladie qui provoque des grandes pertes économiques pour l’industrie avicole. Le succès de la thérapie de cette maladie dépend de la sélection des traitements antibiotiques appropriés. Des méthodes prophylactiques, telle que l’utilisation d’antibiotiques permettent de mieux maîtriser le statut des troupeaux [8]. Par conséquent, la surveillance périodique de la résistance aux antibiotiques des souches de Salmonella, ainsi que la 3 compréhension des mécanismes moléculaires de diffusion de cette résistance seraient des mesures importantes dans la détection de l’apparition et de la propagation de la résistance aux antibiotiques 

Salmonelles  Classification 

Les salmonelles sont des bacilles à coloration de Gram négative. Le genre Salmonella appartient à la famille des Enterobacteriaceae, hôtes habituels du tube digestif. Il est subdivisé en deux espèces : S. bongori et S. enterica qui est divisée en 6 sous-espèces (enterica, salamae, arizonae, diarizonae, houteanae et indica) [10]. Les salmonelles sont des pathogènes intracellulaires facultatifs responsables de zoonoses. Salmonella spp. est classé dans le groupe de risque 2 des microorganismes pouvant provoquer une maladie humaine ou animale, mais ne diffusant pas ou peu dans les populations et pour laquelle une prophylaxie et un traitement efficaces sont disponibles 

Sérotypes de Salmonella

 La sérologie, basée sur la caractérisation des antigènes somatiques et des protéines flagellaires, permet de classer les sous-espèces en sérovars. Une part importante de la diversité existant dans ces deux antigènes entraîne la reconnaissance régulière de nouveaux sérotypes. Le sérotypage est donc une composante essentielle de la surveillance épidémiologique et d’investigation des épidémies de salmonellose [12]. Actuellement, plus de 2600 sérovars connus sont répertoriés au sein du schéma de Kaufmann- White-Le Minor. Ce schéma est maintenu par le Centre de Référence et de Recherche sur les Salmonella à l’Institut Pasteur, collaborateur de l’OMS [10]. Les sérovars impliqués les plus fréquemment dans les infections humaine et animale appartiennent à la sousespèce enterica

 Déterminants génétiques de la virulence 

Facteurs de virulence 

La virulence constitue l’aptitude relative d’une bactérie à induire l’apparition d’une pathologie infectieuse [13]. Les facteurs de virulence sont des produits nécessaires aux microorganismes pour provoquer une maladie. Les caractéristiques essentielles de la pathogénie des salmonelles sont leur capacité à entrer dans les cellules-hôtes et à y demeurer comme parasite intracellulaire facultatif 

 Îlots de pathogénicité 

Les étapes essentielles de la pathogénie sont sous la dépendance de facteurs de virulence codés par des gènes organisés en blocs sur le chromosome, qualifiés « d’îlots de pathogénicité » ou SPI (Salmonella Pathogenicity Island) et constituant une des caractéristiques essentielles de la virulence des salmonelles .. Il est important d’identifier les gènes de virulence qui sont responsables de l’établissement de l’infection par Salmonella spp chez les volailles. Cinq SPI ont été bien caractérisés [16]. SPI1 et SPI2 encodent des systèmes de sécrétion de type III qui confèrent les principales caractéristiques de virulence de S. enterica [15]. SPI1 est impliqué dans l’invasion des cellules de l’hôte et de l’inflammation. Présent dans SPI1 [17], le gène d’invasion invA, existe chez la plupart des souches de Salmonella. Il est lié à l’invasion des cellules phagocytaires ou non phagocytaires de la muqueuse intestinale [18]. SPI2 est nécessaire pour coder les protéines impliquées dans la survie intracellulaire et la réplication au sein de phagocytes. Il contribue également à la dissémination systémique des salmonelles [3]. SpiC est un gène de SPI2 codant pour les composants structuraux et de sécrétion. Il contribue à initier la production de médiateurs ayant une fonction considérable dans la virulence de Salmonella. Le gène spiC est aussi impliqué dans l’expression d’un composant du filament des flagelles jouant un rôle important après l’infection à Salmonella [19]. SPI3 est présent dans toutes les lignées. Toutefois, les distributions des SPI4 et SPI5 n’ont pas été établies [20]. SPI4 joue un rôle lors de l’interaction initiale avec l’épithélium intestinal et contribue à la persistance à long terme [16]. Le gène orfL de SPI4 est nécessaire à la survie intra-macrophages et porte éventuellement un système impliqué dans la sécrétion de toxines [15]. SPI5 est impliqué dans la réalisation de plusieurs processus pathogènes lors de l’infection [16]. PipD, premier gène de l’îlot SPI5, a une cible à la surface ou à l’intérieur des cellules hôtes [21]. I.2.3.3. Plasmide de virulence Salmonella dispose d’autres facteurs de virulence qui ne sont pas localisés dans des SPI. Ils peuvent être observés sur des supports génétiques mobiles comme des plasmides. Le plasmide de virulence de Salmonella, composé de cinq gènes (spvRABCD), potentialise la propagation systémique de l’agent pathogène et l’aide à se répliquer dans les sites extra-intestinaux [18]. En effet, l’expression de ces gènes pourrait jouer un rôle dans la multiplication intracellulaire de Salmonella. Le produit de la spvR est une protéine de régulation positive essentielle pour l’expression des autres gènes spv 

 ANTIBIORÉSISTANCE DES SALMONELLES 

 Antibiorésistance Un antibiotique est un composé chimique, naturellement produit par un microorganisme ou, produit de synthèse dont l’activité thérapeutique se manifeste à très faible dose et d’une manière spécifique. Il a le pouvoir d’inhiber la croissance voire de détruire d’autres bactéries [22]. Ainsi, l’antibiorésistance est la capacité d’un micro-organisme à résister aux effets des antibiotiques. Cette résistance confère donc à celui-ci un avantage sélectif qui lui permet de se multiplier en présence de l’antibiotique. 

 Résistance intrinsèque et résistance acquise

 La résistance intrinsèque aux antibiotiques est due aux propriétés intrinsèques physiologiques, biochimiques ou structurales de la bactérie qui sont indépendantes de tout contact avec un antibiotique. Il s’agit donc d’une résistance naturelle si toutes les souches d’une même espèce sont résistantes à un antibiotique. Elle est à transmission verticale. La résistance acquise survient lorsqu’un individu d’une population de bactéries normalement sensibles devient résistant en raison d’une pression environnementale. Elle fait suite à des modifications génétiques acquises par mutation spontanée de gènes chromosomiques ou par transfert horizontal de matériel génétique qui permet une diffusion des gènes de résistance [23]. L’exposition à des antibiotiques conduit à une multiplication sélective de bactéries résistantes qui peuvent persister et remplacer les bactéries sensibles 

Mécanismes et transfert de résistance

 Il existe plusieurs mécanismes de résistance contre un large spectre d’antibiotiques ou spécifiques d’un seul antibiotique. Les mécanismes peuvent aboutir à une action réduite ou à une perte d’effet de l’antibiotique sur sa cible. Une grande variété de mécanismes d’action existe dont le développement d’une voie enzymatique alternative, la diminution de l’accumulation cellulaire des antibiotiques, la modification de la cible des antibiotiques, la réduction de la perméabilité membranaire et l’efflux des antibiotiques [24]. Les mécanismes de transfert d’ADN entre espèces bactériennes permettent la propagation de gènes de résistance aux antibiotiques. Le système de transfert vertical transmet l’acquisition de nouvelles résistances à la descendance suite aux divisions cellulaires. Tandis que le transfert horizontal des éléments génétiques contribue à la propagation des gènes de résistance par trois mécanismes principaux.