ETUDE CHIMIOTAXONOMIQUE DU COVID ORGANICS BASEE SUR LA COMPOSITION
CHIMIQUE

Généralités sur la Covid 

Les coronavirus, appartenant à la famille des Coronaviridae, doivent leur nom à leur aspect en microscopie électronique, avec des spicules formant une couronne autour de la particule virale (figure 1) [5]. Ce sont des virus enveloppés dont le génome est un ARN de polarité positive d’une taille de l’ordre de 30 kilobases, ce qui en fait le génome le plus grand chez les virus à ARN [6]. Il existe de nombreux coronavirus infectant diverses espèces animales. La famille des Coronaviridae est subdivisée en quatre genres : Alphacoronavirus, Betacoronavirus, Gammacoronavirus et Deltacoronavirus. À l’intérieur de ces genres, les virus sont regroupés en sous-genres, puis en espèces. Ainsi par exemple, le genre Betacoronavirus comprend quatre sous-genres : Embecovirus, Hibecovirus, Merbecovirus et Sarbecovirus. Les sept coronavirus responsables d’infections humaines se répartissent dans les genres Alphacoronavirus et Betacoronavirus [5] (tableau 1). Figure 1: Coronavirus en microscopie électronique [5] 5 Genres Sous-genres Espèces Alphacoronavirus Duvinacovirus Setracovirus HCoV-229E HCoV-NL63 Betacoronavirus Embecovirus Merbecovirus Sarbecovirus HCoV-OC43 HCoVHKU1 MERS-CoV SARS-CoV-1 SARS-CoV-2 Les coronavirus responsables d’infections humaines sont restés longtemps très mal connus car les possibilités diagnostiques étaient très limitées jusqu’à l’avènement des techniques de biologie moléculaire. Ces techniques qui ont rendu le diagnostic accessible en pratique courante ont montré que les infections à coronavirus étaient fréquemment responsables d’infections respiratoires le plus souvent bénignes [7]. Toutefois, à côté de ces infections à coronavirus endémiques, ont récemment émergé chez l’homme, à partir de réservoirs animaux, des coronavirus responsables de syndromes respiratoires sévères avec un taux de mortalité élevé [8]. La COVID-19 est la maladie infectieuse causée par le dernier coronavirus qui a été découvert (SARS-CoV-2). Ce nouveau virus et cette maladie étaient inconnus avant l’apparition de la flambée à Wuhan (Chine) en décembre 2019.

Historique

Les premiers cas humains de COVID-19, la maladie causée par le nouveau coronavirus à l’origine du COVID-19, nommé par la suite SARS-CoV-2, ont été signalés pour la première fois par des responsables de la ville de Wuhan, en Chine, en décembre 2019. Des enquêtes rétrospectives menées par les autorités chinoises ont identifié des cas humains avec apparition de symptômes début décembre Tableau I : Classification des coronavirus responsables d’infections humaines 6 2019. Alors que certains des premiers cas connus avaient un lien avec un marché alimentaire de gros à Wuhan, d’autres non. Des échantillons environnementaux prélevés sur ce marché en décembre 2019 se sont révélés positifs pour le SRASCoV-2, suggérant en outre que le marché de la ville de Wuhan était à l’origine de cette épidémie ou a joué un rôle dans l’amplification initiale de l’épidémie. Le SARS-CoV-2 a été identifié début janvier et sa séquence génétique partagée publiquement les 11 et 12 janvier 2020. La séquence génétique complète du SRAS-CoV-2 des premiers cas humains et les séquences de nombreux autres virus isolés de cas humains en Chine et partout dans le monde depuis lors montrent que le SRAS-CoV-2 a une origine écologique dans les populations de chauves-souris. Toutes les preuves disponibles à ce jour suggèrent que le virus a une origine animale naturelle et n’est pas un virus manipulé ou construit. De nombreux chercheurs ont pu examiner les caractéristiques génomiques du SARS-CoV-2 et ont découvert que les preuves ne confirment pas que le SARS-CoV-2 est une construction de laboratoire. S’il s’agissait d’un virus construit, sa séquence génomique présenterait un mélange d’éléments connus. Un autre coronavirus, le SRAS CoV-1, à l’origine de l’épidémie de syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) en 2003, était également étroitement lié à d’autres coronavirus isolés de chauves-souris. Ces relations génétiques étroites du SARS-CoV-1, du SARS CoV-2 et d’autres coronavirus suggèrent qu’ils ont tous leur origine écologique dans les populations de chauves-souris. Beaucoup de ces coronavirus peuvent également infecter plusieurs espèces animales. Par exemple, le SRAS-CoV-1 a infecté les civettes puis les humains, tandis que le virus à l’origine du syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS-CoV) se trouve chez les dromadaires et continue d’infecter les humains depuis 2012. Toutes les preuves disponibles pour le COVID- 19 suggère que le SARS-CoV-2 a une source zoonotique. Étant donné que les contacts étroits entre les humains et les chauves-souris sont généralement limités, il est plus probable que la transmission du virus à l’homme se soit produite par une autre espèce animale, qui est plus susceptible d’être manipulée par les 7 humains. Cet animal hôte intermédiaire ou source zoonotique pourrait être un animal domestique, un animal sauvage ou un animal sauvage domestiqué et, à ce jour, n’a pas été identifié. Toutes les séquences génétiques publiées du SRASCoV-2 isolées de cas humains sont très similaires. Cela suggère que le début de l’épidémie résulte d’une introduction ponctuelle dans la population humaine à peu près au moment où le virus a été signalé pour la première fois chez l’homme à Wuhan, en Chine, en décembre 2019. Un certain nombre d’enquêtes pour mieux comprendre la source de l’épidémie ont été réalisé en Chine [9]. I.2. Epidémiologie Le monde entier fait face à une crise sanitaire sans précédent due à la pandémie de Covid-19. On dénombre plus de 175.825.600 cas de coronavirus à travers le monde et 3.820.722 décès. Les Etats unis sont les plus touchés avec plus de 600 000 morts confirmées liées au Covid-19 [10]. Le 9 juin 2021, le Sénégal comptait officiellement 41 796 cas d’infection au Covid-19 dont 40 365 ont été déclarés guéris (97 %), 1 150 personnes décédées (2,7 %), 1 personne évacuée (décédée en France) et 280 sous traitement selon un communiqué officiel du ministère de la Santé [11].

Physiopathologie du Covid-19

Agent pathogène 

Structure et génome du SARS-CoV-2 ❖ Génome Le SARS-CoV-2 est un virus enveloppé à ARN monocaténaire positivement polarisé de 29,9 kb [12] (figure 2). À la partie 5’ du génome, les cadres de lecture ORF1a et ORF1b codent 16 protéines non structurales (ns1 à ns16) ; à la partie 3’ se trouvent les cadres de lecture codant les protéines structurales S (Spike = de pointe), E (enveloppe), M (membrane) et N (nucléocapside) 8 ❖ Structure du virus La nucléocapside, hélicoïdale, formée de la protéine de capside (N) complexée à l’ARN viral, est protégée par une enveloppe phospholipidique dans laquelle sont enchâssées les glycoprotéines de surface (S, HE, M et E). La protéine S est la protéine qui lie le récepteur cellulaire du SARS-CoV-2 (ACE2) et permet l’entrée dans la cellule. Elle est formée de deux sous-unités : S1 qui contient le domaine de liaison au récepteur cellulaire, et S2 qui est essentiel pour la fusion du virus à la membrane cellulaire.

Réservoir

Le SARS-CoV-2 appartient aux virus apparentés au SARS-CoV dont le réservoir est la chauve-souris (Figure 3). Si le génome du SARS-CoV-2 présente 79% d’homologie avec le SARS-CoV-1 et 52 % d’homologie avec le MERS-CoV [12], les virus les plus proches phylogénétiquement sont des coronavirus de la chauve-souris, notamment le RaTG13-CoV (96 % d’homologie) [12]. Figure 2: Structure du génome du SARS-CoV-2 [12] 9 Cependant, les lieux de vie des chauve-souris étant éloignés des communautés humaines, le passage inter-espèce a probablement nécessité un hôte intermédiaire, comme l’ont été la civette palmée pour le SARS-CoV-1 ou le dromadaire pour MERS-CoV [12]. Dans le cas du SARS-CoV-2, le pangolin, mammifère sauvage notamment consommé en Chine et dont la niche écologique recouvre celle des chauvessouris, pourrait avoir joué ce rôle, comme le suggère l’isolement d’une souche de coronavirus du pangolin très proche phylogénétiquement (92% d’homologie) [12]. Par ailleurs, par rapport au SARS-CoV-1 et aux coronavirus de la chauvesouris, le SARS-CoV-2 présente une modification importante du domaine liant de récepteur situé sur la protéine S et responsable d’un gain d’affinité pour son récepteur ACE2 [12]. Ce domaine de liaison est retrouvé quasiment à l’identique Figure 3: Réservoirs des coronavirus [12] 10 (seulement un acide-aminé différent) chez un coronavirus du pangolin [12], accréditant l’idée que l’évolution du virus au contact du pangolin pourrait avoir favorisé le passage à l’homme, possiblement via la translocation du domaine de liaison [12]. Ce saut inter-espèce se serait produit en Chine, possiblement au marché de Wuhan , puisque la majorité des premiers cas de COVID-19 y ont été exposés fin 2019 [12]. Néanmoins, l’analyse phylogénétique de virus isolés en Chine révèle qu’au moins deux souches différentes de SARS-CoV-2 étaient apparues plusieurs mois avant les premiers cas décrits 

Mode de transmission

 Voies de transmissions

❖ Gouttelettes Le SARS-CoV-2 se transmet essentiellement par l’émission de gouttelettes respiratoires. Ces gouttelettes chargées de particules virales pourraient infecter un sujet susceptible soit par contact direct avec une muqueuse (transmission directe) soit par contact avec une surface infectée par les muqueuses nasales, buccales ou conjonctivales (transmission indirecte). Elles peuvent être projetées à plusieurs mètres de distance mais ne persistent pas dans l’air. Bien que le virus puisse survivre au moins trois heures après aérosolisation expérimentale , il n’existe à ce jour aucune donnée montrant la transmission par aérosols du SARS-CoV-2. En revanche, le virus peut survivre plusieurs jours sur des surfaces inertes [12]. ❖ Autres voies de transmission En dehors des prélèvements respiratoires, l’ARN viral a également été détecté dans les selles et le sang des patients infectés [12]. 11 Si certains virus ont pu être cultivés vivants à partir des selles et que le SARS-CoV-2 est capable d’infecter les entérocytes humains, il n’existe pas aujourd’hui de preuve définitive d’une transmission féco-orale significative. De même, malgré l’existence possible d’une virémie, la transmission intrautérine du virus reste à démontrer à ce jour, bien que quelques cas suspects aient été rapportés. Enfin l’isolement de l’ARN viral dans les urines reste à ce jour très peu décrit.