Importance de l’aquaculture et de la sélection génomique chez les salmonidés dans le monde

La production, issue de la pêche et de l’aquaculture, est en constante augmentation (Figure 1), passant d’environ 20 millions de tonnes en 1950 à 178 millions de tonnes en 2018 (FAO 2020). Depuis les années 1990, c’est avant tout l’aquaculture qui permet cette augmentation. Elle représentait 15% des ces produits dans les années 1990 et 46% en 2018 (soit 73 millions de tonnes) (FAO 2020). La FAO estime que la production aquatique devrait atteindre 204 millions de tonnes en 2030, dont 66% provenant de l’aquaculture. L’augmentation de l’aquaculture d’ici à 2030 concernera tous les continents, même si elle sera plus importante en Afrique (48%), Océanie (41%), Asie (32%), Amérique du Sud (30%) ou du Nord (27%) qu’en Europe (18%) (FAO 2020).

L’aquaculture mondiale est dominée par l’Asie avec 89% de la production (58% par la Chine), suivie par l’Amérique du Sud avec 3,8% (1,5% par le Chili) et l’Europe avec 3,7% (1,6% par la Norvège). Parmi les cinq espèces de poissons les plus élevées dans le monde, nous retrouvons 4 espèces de carpes représentant 32,8% de la production mondiale (10,5% carpe herbivore, Ctenopharyngodon idellus ; 8,8% carpe argentée, Hypophthalmichthys molitrix ; 7,7% carpe commune, Cyprinus carpio ; 5,8% carpe à grosse tête, Hypophthalmichthys nobilis). Le tilapia la production mondiale respectivement (FAO 2020). Ainsi, 2 436 millions de tonnes de saumon Atlantique et 848 000 tonnes de truite arc-en-ciel ont été produites dans le monde en 2018. Dans l’Union Européenne, les productions aquacoles principales sont en volume le saumon Atlantique (25%), puis la truite arc-en-ciel (14%), suivies par l’huître, le bar européen, la dorade et les moules soit environ 10% de la production aquacole Européenne représentait par chacune de ces espèces (Figure 2). En Europe, l’essentiel de la production de salmonidés est réalisée en Norvège avec 1,282 million de tonnes de saumon Atlantique (plus de la moitié de la production mondiale) et 68 000 tonnes de truite arc-en-ciel élevées en mer. La France est le 3ème pays en Europe en production de truite arc-en-ciel avec 33 119 de tonnes en 2018 dernière la Russie dont la production s’élève à 35 204 de tonnes en 2018 (AGRESTE 2020 et base de données FAO).

Quelques chiffres sur la filière française de salmonidés

La filière française aquacole est composée de 3 006 entreprises pour une production de 188 484 tonnes et un chiffre d’affaires annuel de 715 622 k€ (AGRESTE 2020). Les coquillages et crustacés représentent 77% de la production et 70% du chiffre d’affaires. Les poissons représentent 23% de la production et 30% du chiffre d’affaires. La principale espèce de poisson élevée en France est la truite arc-en-ciel. La production de truite arc-en-ciel représente 80% de la production piscicole en France et 95% de celle des salmonidés (incluant aussi truite Fario, saumon de fontaine, ombre et omble chevalier) en 2018 (AGRESTE 2020). La production en France de truite arc-en-ciel se fait pour sa quasi-totalité en eau douce. L’élevage en mer est très minoritaire (125 tonnes par an) (AGRESTE 2020). Outre la production de poissons, celle d’œufs de salmonidés pour la consommation est estimée à 111 tonnes par an, soit près du triple de la production française de caviar d’esturgeon (40 tonnes par an). La production d’œufs de truite représente 2% du chiffre d’affaires de la filière française de salmonidés (AGRESTE 2020). Sur les 456 entreprises salmonicoles recensées pour l’année 2007, 25 entreprises étaient des écloseries, 126 faisaient uniquement du grossissement et 305 conduisaient les deux activités à la fois. En 2008, les 10 entreprises les plus importantes réalisaient 42% du chiffre d’affaires (AGRESTE 2011).

La France, un pays leader de la sélection de la truite arc-en-ciel

Les premiers essais de sélection expérimentale en aquaculture sont rapportés dès les années 1920 et les premiers programmes de sélection commerciale commencent dans les années 70 (e.g., Haffray 2019). Chavanne et al. (2016) dénombrent 10 programmes de sélection chez la truite arc-en-ciel et sept chez le saumon Atlantique en Europe. La France a des entreprises leaders au niveau mondial en génétique de la truite arc-en-ciel avec une production totale, incluant les filiales implantées à l’étranger, avoisinant les 850 millions d’œufs embryonnés (communication personnelle SYSAAF). Les quatre entreprises françaises de sélection trutticole.dérivant du programme conduit par Akvaforsk en 1972 a commencé en sélection familiale sur la croissance en mer et concerne maintenant une dizaine de caractères. Depuis 2015, ils ont mis en place une sélection assistée par marqueurs pour des QTLs de la résistance à la nécrose pancréatique infectieuse (IPN) (1 QTL) et/ou à la flavobactériose (2 QTLs). Depuis 2016, AquaGen a mis en place la sélection génomique pour l’une de ses lignées de saumon Atlantique et les caractères de croissance, résistance au pou de mer et résistance à une maladie des branchies (AGD : amoebic gill disease). Ils proposent des œufs embryonnés « estampillés » pour des aptitudes différentes à partir des QTLs identifiés (IPN, flavobactériose, pou de mer, maladie pancréatique du saumon causé par un alphavirus, syndrome de myopathie cardiaque, maturation sexuelle chez le saumon mâle, couleur du filet).