LES MYCOBACTERIES ET LE COMPLEXE M. TUBERCULOSIS

SYSTEMATIQUE

Le genre Mycobacterium appartient à la famille des MYCOBACTERIACEAE et à l’ordre des ACTINOMYCETALES (Garrity et al., 2004). Ce genre regroupe actuellement plus de 120 espèces différentes (Shinnick et Good, 1994; Tortoli, 2006), classées en : · mycobactéries atypiques qui regroupent les mycobactéries non tuberculeuses (NTM) connus aussi sous l’appellation de « Mycobacteria other than tuberculosis » – MOTT ou encore « Mycobactéries autres que Mycobacterium tuberculosis » – MAMT. · mycobactéries du complexe M. tuberculosis (MTBC) qui regroupent les agents de la TB humaine ; · et une distinction particulière faite pour M. leprae, et M. ulcerans, agents responsables respectivement de la lèpre et de l’ulcère de Buruli. La systématique des espèces du genre Mycobacterium est représentée sur la figure 6.  Figure 6: Systématique des espèces du genre Mycobacterium De nouvelles sous-espèces ou de nouvelles espèces sont identifiées régulièrement. Entre 2003 et 2006, plus de 30 nouvelles espèces ont été décrites (Tortoli, 2006). L’arbre phylogénétique de la figure 7 montre la place de MTBC parmi les mycobactéries à croissance lente selon la séquence du gène codant pour l’ARN ribosomal 16S (Tortoli, 2006). GENERALITES 16 Figure 7: Arbre phylogénétique des mycobacteries à croissance lente selon la séquence codant l’ARNr 16S M. fortuitum a été utilisé comme « outgroup ». Les mycobactéries atypiques généralement non pathogènes pour l’homme (MAMT), peuvent être sources d’infections chez les personnes immunodéprimées. Elles se différencient du MTBC par leur moindre virulence et par l’absence de transmission inter-humaine. Ce sont des mycobactéries omniprésentes dans l’environnement. On peut citer parmi ces mycobactéries atypiques : M. avium-intracellulare, M. marinum (avec un * sur la figure 7) ou encore M. abscessus (Bryant et al., 2013).

CARACTERISTIQUES DU GENRE

Mycobacterium

Les bactéries du genre Mycobacterium sont des bactéries aérobies strictes, généralement non sporulantes, non mobiles, et en forme de fin bâtonnet d’environ 4µm de long et 0,4µm de large ou légèrement incurvées et dépourvues de capsule. Elles se caractérisent par leur acido-alcoolo-résistance c’est-à-dire leur capacité à résister à la décoloration par les acides et les alcools et leur croissance particulièrement lente avec un temps de dédoublement de 12h à 24h (Harshey et Ramakrishnan, 1977). Ces bactéries se caractérisent également par la composition en acides mycoliques (acides gras à longue chaine) de leur paroi cellulaire conférant une haute imperméabilité de cette dernière et un faible niveau de fixation de la coloration de Gram qui leur donne la considération par défaut de bactéries Gram positives, ainsi que la résistance naturelle à certains antibiotiques usuels. La non-sporulation des mycobactéries est admise par la majorité des chercheurs (Traag et al., 2010).

CARACTERISTIQUES DU GENOME DE M. tuberculosis

Le génome d’une souche M. tuberculosis de référence utilisée jusqu’à nos jours, la souche H37Rv a été séquencé et annoté en 1998 (Cole et al., 1998). Il s’agit d’un génome constitué d’un chromosome unique et circulaire de 4.411.532 paires de bases, comprenant 3995 phases de lecture et formant environ 4000 gènes (figure 8). L’ADN de M. tuberculosis présente un taux élevé en guanine et en cytosine (65,6%) sauf dans quelques régions particulières telles que les gènes qui codent pour les protéines transmembranaires. Une grande partie des gènes (6% du génome) semble coder pour des enzymes impliqués dans la synthèse et la dégradation de lipides. Plus de 50% des protéines codées ont des fonctions connues actuellement. L’homologie entre les ADN des différentes sous-espèces du MTBC est très élevée (>99,9%) (Garnier et al., 2003; Smith et al., 2009) ce qui fait qu’il s’agit stricto sensu d’une seule espèce bactérienne. Cette restriction de la diversité nucléotidique peut être expliquée soit par une fidélité de réplication inhabituelle, soit par un système de réparation des erreurs très efficace, soit par une origine évolutive très récente, soit encore par un taux de mutation très faible compte tenu du style de vie de ce bacille (intracellulaire), aucune de ces raisons n’étant exclusive. Le génome est aussi caractérisé par l’utilisation du codon GuanineTyrosine-Guanine (GTG) comme codon d’initiation dans plus de 35% des gènes.