Mémoire Online: Antibiorésistance des salmonelles d’origine alimentaire et environnementale reçus à l’INH entre 2006 et 2014

Sommaire: Antibiorésistance des salmonelles d’origine alimentaire et environnementale reçus à l’INH entre 2006 et 2014

TIAC : Toxi-infections Alimentaires Collectives
TE : Tetracycline
UFC : unité formant une colonie
Introduction
1ére partie : Revue bibliographique
Chapitre 1 : Revue bibliographiques  sur Salmonella et les salmonelloses
I. LES SALMONELLES:
1. Taxonomie et nomenclature
2. Bactériologie de salmonelles
2.1. Caractères culturaux et morphologiques
2.2. Caractéristiques biochimiques
2.3. Mise en culture
3. Propriétés antigéniques
4. Epidémiologie des salmonelles
4.1. Réservoirs et spécificités d’hôtes
4.1. Modes de contamination
5. Méthodes de caractérisation phénotypiques et génotypiques des souches bactériennes
5.1. Marqueurs phénotypiques
5.2. Marqueurs génotypiques
II. Salmonelloses
1. Généralités
2. Sérotypes en cause
3. Déterminants génétiques de la virulence
3.1. Facteurs de virulence
3.2. Îlots de pathogénicité
3.3. Plasmide de virulence
III. Toxi-Infection Alimentaire Collectives à Salmonelles
1. Impact et importance des infections provoquées par Salmonella
Chapitre 2 : RESISTANCE BACTERIENNE AUX ANTIBIOTIQUES
I. Antibiotiques
II.1. Types de résistance bactérienne
II.1.1. Résistance naturelle
II.1.2. Résistance acquise
II.2. Supports génétiques de la résistance
II.2.1. Chromosome
II.2.2. Plasmides
II.2.3. Transposons
II.2.4. Intégrons
II.3. Modes de transfert de la résistance bactérienne aux antibiotiques
II.3.1.  Transfert vertical
II.3.2. Transfert horizontal
II.4. Différents mécanismes de la résistance bactérienne
II.4.1. Modification de la cible
II.4.2. Inactivation enzymatique de l’antibiotique
II.4.3. Diminution de la pénétration ou augmentation de l’excrétion d’un antibiotique
II.5.  L’émergence et la diffusion des résistances bactériennes
– Surveillance de la salmonellose et de l’antibiorésistance
I. Mesure de l’antibiorésistance et antibiogrammes
1. Les méthodes d’Antibiogramme :
1.1. Méthode par dilution
1.2. Méthode par diffusion
2. Cause de réalisation de l’antibiogramme
2ème PARTIE : Matériel et Méthodes
A. Matériel biologique
– Origine des souches
B. Méthodes utilisées
1. Revivification des souches de salmonelles
2. Etude  de la sensibilité aux antibiotiques
3. Tests de détection des souches BLSE (β-lactamases à spectre étendue)
4. Les antibiotiques utilisés
5. Contrôle qualité interne de l’antibiogramme
3 éme PARTIE : Résultats et Discussion
Résultats
1. Résultats de l’antibiorésistance des souches de salmonelles d’origine alimentaire isolées entre l’année 2006-2014
2. Les résultats d’étude de la sensibilité des souches de salmonelles isolées à partir des produits alimentaires incriminés dans les TIAC entre l’année 2006 et 2014
3. Résultat de l’antibiogramme des souches de salmonelles isolées à partir des eaux  reçues au MHA entre l’année 2006-2014.
4. Résultat de l’antibioresistance des souches de salmonelles isolées au cours des études réalisés au sein du laboratoire (MHA) entre l’année 2006-2014
4.1. L’étude de la sensibilité des souches de salmonelles isolées à partir des produits de mers
4.2. L’étude de la sensibilité des souches de salmonelles isolées à partir des viandes rouges et charcuteries
4.3. L’étude de la sensibilité des souches de salmonelles isolées à partir des volailles
I. Discussion
Conclusion
Recommandations et perspectives
Références bibliographiques
Annexes

Extrait du mémoire antibiorésistance des salmonelles d’origine alimentaire et environnementale reçus à l’INH entre 2006 et 2014

Chapitre 1 : Revue bibliographiques sur Salmonella et les salmonelloses
I. LES SALMONELLES:
1. Taxonomie et nomenclature
Les salmonelles sont des bactéries de la famille des Enterobacteriaceae et du genre Salmonella, nom qui honore le médecin vétérinaire Daniel Elmer Salmon. Les membres de cette famille sont des bacilles gram négatifs, anaérobies facultatifs et le plus souvent mobiles.
Ils possèdent des antigènes de surface (O, H, Vi et F) à partir desquels sont déterminés les sérotypes.
Des techniques d’hybridation ADN-ADN ont permis de distinguer 3 espèces parmi le genre Salmonella (Popoff et al, 2004): S. bongori (anciennement sous-espèce V), S. enterica et S. subterranea (Shelobolina et al, 2004).
L’espèce S. enterica possède 5 sous espèces (Tindall et al, 2005) : enterica (sous-espèce I), salamae (sous-espèce II), arizonae (sous espèce IIIa), diarizonae (sous-espèce IIIb), houtenae (sous-espèce IV) et indica (sous-espèce VI) (Tindall et al, 2005 ; Brenner et al., 2000).
Actuellement, on compte 2610 sérotypes de Salmonella : Enteritidis,Typhi, Paratyphi, Hadar, Dublin, Infantis, Gallinarum, Senftenberg, etc… (Guibourdenche et al, 2010). Ils sont déterminés d’après leur structure antigénique O et H et classés selon la classification de Kauffmann-White mise à jour annuellement.
Environ 1500 sérotypes appartiennent à la sous-espèce I qui est la plus représentée et regroupe à elle seule plus de la moitié des sérotypes du genre Salmonella (Achtman et al, 2012). Les sérotypes de la sous-espèce I sont les seuls à avoir un nom. En général il fait référence à la localisation géographique où le sérotype a été isolé pour la première fois. Les sérotypes des autres sous-espèces sont nommés par leur formule antigénique (Brenner et al, 2000).
2. Bactériologie de salmonelles
2.1. Caractères culturaux et morphologiques
Les salmonelles sont des bacilles Gram négatif, aéro-anaérobies facultatives, intracellulaires, de dimensions moyennes (0.8 mm de large sur 3.5 mm de long), généralement mobiles grâce à une ciliature péritriche. Après 24 heures d’incubation à 37°C sur un milieu ordinaire. Elles sont blanchâtres, circulaires, limitées par un bord régulier, légèrement bombées, translucides.
2.2. Caractéristiques biochimiques
L’ensemble des sous-espèces de salmonelles possèdent des caractéristiques biochimiques communes. La majorité produit des gaz en fermentant le glucose. Elles ne possèdent pas d’uréase, ce qui les différencie du genre Proteus. Elles ne produisent pas d’indole et elles possèdent une lysine décarboxylase. Certains caractères diffèrent d’une sous-espèce à l’autre et sont utiles pour les différentier (Tableau 1).
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Antibiorésistance des salmonelles

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