PARASITES ET DE CHAMPIGNONS DANS LE
LIQUIDE DE LAVAGE BRONCHOALVEOLAIRE

INTRODUCTION 

La pneumocystose humaine est due à un microorganisme, cosmopolite, opportuniste, Pneumocystis jiroveci, se développant principalement dans les poumons de patients profondément immunodéprimés. C’est une infection peu fréquente avant 1980, elle touchait essentiellement les prématurés et les immunodéprimés. Depuis, elle reste une des infections opportunistes les plus fréquentes, révélatrice du SIDA chez les patients nouvellement diagnostiqués. 

AGENT PATHOGENE 

TAXONOMIE 

Phylum: Ascomycotina Classe: Archiascomycètes Ordre: Pneumocystidales Famille: Pneumocystidaceae Genre: Pneumocystis Espèces: P. jirovecii (anciennement P. carinii):infectant l’homme P. muris: infectant la souris P. oryctolagi: infectant le lapin P. carinii et P wakefieldiae: parasitant le rat 5 

MORPHOLOGIE

1. jirovecii se présente sous 4 formes : – Le trophozoïte ou forme végétative – Le prékyste – Le kyste – Le kyste vide • Le trophozoïte ou forme végétative a une forme amiboïde. Sa paroi est mince et après coloration au MGG le cytoplasme apparait en bleu et le noyau unique est coloré en violet. Il existe deux formes : – trophozoïtes jeunes haploïdes de 2 à 4 μm de diamètre – trophozoïtes âgés diploïdes de 4 à 10 μm de diamètre • Le prékyste : il a une forme ovalaire ou arrondie et mesure 3 à 6 μm de diamètre. Sa paroi est épaissie et résulte de la multiplication asexuée du trophozoïte âgé .Il contient d’abord 1noyau (prékyste précoce), puis 4 (prékyste intermédiaire) puis 8 noyaux (prékyste âgé) • Le kyste : il dérive de la forme précédente. Il est arrondi et mesure 3 à 5 μm de diamètre. Sa paroi est très épaisse et facilement coloré au GomoriGrocott (imprégnation argentique). Il renferme à maturité 8 noyaux entourés d’une fine membrane (corps intra kystiques) qui deviendront les futurs trophozoïtes. • Le kyste vide : c’est un kyste m r débarrassé de ses corps intra kystiques. Sa paroi est épaisse mais affaissée, donnant un aspect de cupule ou de croissant. 

HABITAT 

P jirovecii a été retrouvé dans l’air, dans les eaux d’étang, dans l’air hospitalier en présence ou non de patients infectés par le microorganisme. Chez l’homme il est retrouvé: – dans les alvéoles pulmonaires, il vit à la surface des cellules épithéliales – au niveau nasal ou pharyngé 6 – plus rarement dans d’autres organes : rate, foie, cœur, ganglions lymphatiques, moelle osseuse.

CONTAMINATION 

La contamination se fait par voie aérienne par inhalation ; la forme infestante demeure encore inconnue. La possibilité de transmission interhumaine de la pneumocystose en milieu hospitalier a été évoquée. Il existe des cas groupés observés dans les services de pédiatrie, d’hématologie, oncologie, réanimation, de transplantation rénale, de maladies infectieuses. L’auto-infestation chez les sujets immunodéprimés par la réactivation de P. jirovecii présent à l’état latent dans les poumons lors de l’immuno-dépression n’est pas écartée. La transmission transplacentaire de la mère au fœtus est justifiée par l’existence de pneumocystose chez les prématurés et l’observation de formes kystiques dans les poumons de fœtus humains. 

CYCLE EVOLUTIF 

La contamination s’effectue par inhalation des kystes de Pneumocystis jirovecii. Les kystes m rs mesurent de 3 à 6 μm et contiennent 8 corpuscules de 1 à 2 μm. Ces derniers, après libération dans les bronchioles, se transforment en formes végétatives (trophozoïtes). Les trophozoïtes (1 à 3 μm) s’attachent aux cellules épithéliales alvéolaires. Ils augmentent de taille et se transforment en kystes en passant par trois stades : prékyste précoce, prékyste intermédiaire et prékyste tardif. Les noyaux intrakystiques vont progressivement passer de 1 à 8. Le kyste mature, issu du prékyste tardif, est entouré d’une paroi épaisse et contient 8 corps intrakystiques individualisés et uninucléés. Les trophozoïtes adhèrent à la paroi des cellules alvéolaires et provoquent un afflux de cellules inflammatoires (macrophages, cellules endothéliales et cellules mononuclées) et la production d’un infiltrat interstitiel. Le cycle de Pneumocystis dans le poumon dure quelques heures et toutes les formes peuvent être retrouvées dans les prélèvements broncho-alvéolaires. Cycle D’après Thomas CF et al New England J 2005. A Forme trophique collée à l’épithélium alvéolaire B Agrégats de formes trophiques C Forme kystique Figure 1 : cycle de Pneumocystis sp.

REPARTITION GEOGRAPHIQUE

1. jirovecii est ubiquitaire et signalé dans le monde entier. Les premiers cas d’épidémie de pneumocystose humaine ont été rapportés chez des nourrissons malnutris en Europe de l’Est dans les périodes d’après-guerre. Des cas sporadiques sont ensuite signalés dans le monde entier chez les prématurés et les patients immunodéprimés. C’est en 1981 que le CDC tire la sonnette d’alarme : épidémie de pneumocystose aux USA chez des hommes jeunes apparemment en bonne santé et ayant tous en commun d’être homosexuels. Quelques années plus tard, on découvre le virus de l’immunodéficience humaine, cause de l’immunodépression de ces hommes jeunes et la pneumocystose devient la plus fréquente des infections opportunistes au cours du SIDA dans le monde et sous la dépendance étroite du 8 taux de lymphocytes CD4 (˂200 /mm3). Les multiples antirétroviraux actifs ont fait régresser cette infection chez les patients infectés par le VIH. De nos jours, la pneumocystose concerne toujours pour une moindre part ces patients mais aussi tous les autres patients immunodéprimés de plus en plus nombreux (cancers, hémopathies malignes, greffés de moelle ou d’organes solides, maladies de système…). 

CLINIQUE : PNEUMOPATHIE A PNEUMOCYSTIS JIROVECII

 La pneumonie à Pneumocystis jirovecii, dans son aspect typique, associe fièvre, toux sèche et dyspnée d’aggravation progressive. Lorsque le diagnostic est tardif, les patients se présentent dans un tableau d’insuffisance respiratoire aiguë. Il peut exister des formes atypiques : adénopathies hilaires ou médiastinales, épanchements pleuraux, atteintes péricardiques, cardiaques, diaphragmatiques ou oesophagiennes. Des formes extra-thoraciques également très rares sont décrites : abcès hépatiques, spléniques, rénaux, atteintes gastro-intestinales, pancréatiques, cutanées, médullaires et cérébrales. 

DIAGNOSTIC BIOLOGIQUE 

Les détails des techniques de diagnostic seront décrits dans la partie Matériels et Méthodes. 

DIAGNOSTIC NON SPECIFIQUE 

Une lymphopénie est souvent observée. Elle est associée à une baisse des lymphocytes CD4. L’alcalose respiratoire est discrète. Le taux des lacticodéshydrogénases sériques (LDH) est souvent élevé. 

DIAGNOSTIC MYCOLOGIQUE 

Pneumocystis jirovecii ne se cultivant pas, sa mise en évidence est directe. La recherche du parasite est effectuée sur le liquide de lavage broncho-alvéolaire (méthode de référence), sur les produits d’expectorations induites (par inhalation d’une solution hypertonique) ou sur la biopsie pulmonaire ou d’autres organes : 9 • l’examen direct à l’état frais entre lame et lamelle et à l’immersion permet de distinguer les kystes. Mais cet examen direct est délicat, en particulier dans les faibles infestations. Il doit être complété par l’examen des frottis après coloration ; • deux techniques de coloration doivent être associées : une coloration permettant de visualiser les trophozoïtes et les corps intrakystiques (MayGrünwald- Giemsa) et une coloration mettant en évidence la paroi des kystes (bleu de toluidine O, imprégnation argentique de Gomori-Grocott ou sa variante Musto) ; Figure 2 : Kystes de P.jirovecii 

DIAGNOSTIC IMMUNOLOGIQUE L’IMMUNOFLUORESCENCE DIRECTE 

L’immunofluorescence directe à l’aide d’anticorps monoclonaux antiPneumocystis jirovecii dirigés à la fois contre les formes végétatives et les kystes permet un diagnostic rapide, d’interprétation aisée et très spécifique. C’est une méthode particulièrement intéressante dans les formes pauciparasitaires 10 Figure 3 : IFD,kystes de P.jirovecii dans un LBA 

 DIAGNOSTIC MOLECULAIRE 

La recherche de l’ADN parasitaire à l’aide de l’amplification génique (PCR) a permis d’augmenter la sensibilité de détection de ce parasite dans les expectorations induites et dans les LBA. Sa grande sensibilité devrait permettre son utilisation sur des prélèvements encore moins invasifs, comme les lavages oropharyngés, qui sont plus faciles à réaliser. V.TRAITEMENT (29) Le traitement fait appel au cotrimoxazole associant triméthoprime(TMP) et sulfaméthoxazole (SMX), 20 mg/kg/j de TMP et 100 mg/kg/j de SMX, par voie orale ou 15 mg/kg/j de TMP et 75 mg/kg/j de SMX par voie IV, en 4 prises ou en 4 perfusions courtes pendant 21 jours. La pentamidine est utilisée en deuxième intention dans le traitement de la pneumocystose à Pneumocystis jirovecii essentiellementen cas d’intolérance au cotrimoxazole. Elle peut être administrée par voie parentérale,intramusculaire, ou de préférence par voie intraveineuse lente, à la dose de 3 à 4 mg/kg/j, en une injection, pendant 21 jours. 

 LES ASPERGILLOSES 

Les aspergilloses sont des affections opportunistes, atteignant l’homme et parfois les animaux et provoquées par des champignons filamenteux, à hyphes cloisonnés, fréquents dans le milieu extérieur et appartenant au genre Aspergillus .Ce dernier comprend plus de 300 espèces dont certaines sont pathogènes pour l’homme et d’autres sont utilisées dans l’industrie chimique, pharmaceutique ou agro-alimentaire. 

 Agents pathogènes 

 Taxonomie – Phylum des Ascomycotina

 Les spores sont produites à l’intérieur de sacs (les asques) et sont projetées, à maturité, à l’extérieur par ouverture de l’asque. – Classe : Ascomycètes – Ordre : Euascomycètes (asques dans un ascocarpe) – Genre : Aspergillus – Espèces : o A. fumigatus : très fréquent sur les matières organiques humides en décomposition, le sol, l’air. Il élabore divers métabolites dont plusieurs sont très toxiques. C’est un agent d’aspergillose aviaire et humaine (représentant 80 à 90% des aspergilloses humaines). Il est responsable d’aspergillose bronchopulmonaire, d’asthme aspergillaire, d’aspergillomes, d’aspergilloses profondes. o A. niger : est largement répandu (fruits et légumes moisis, fourrage, produits laitiers). Il est très utilisé dans l’industrie agroalimentaire pour la production de divers acides (acide citrique, acide oxalique, acide gluconique). Cette espèce peut être pathogène (aspergillose du conduit auditif) 12 o A flavus : colonise toutes sortes de matières organiques en décomposition, les denrées alimentaires. Il élabore divers antibiotiques et des composés très toxiques et carcinogènes comme les aflatoxines o A. versicolor : très répandu dans le sol, les végétaux en décomposition, les céréales; il peut être responsable d’onyxis et d’aspergillose pulmonaire. o A. nidulans : très fréquent dans le sol, sur divers substrats végétaux, dans l’air. Il peut provoquer des atteintes respiratoires (asthme, aspergillose bronchopulmonaire). o A. terreus : habite le sol et contribue à la décomposition de la matière organique en raison de ses activités cellulolytique et lipolytique. Fréquent sur les céréales ensilées, la paille, les fourrages et autres substrats végétaux o A. glaucus : retrouvé dans l’environnement, notamment dans le sol, sur les substances végétales ou animales en décomposition. Cet Aspergillus peut se développer sur des substrats pauvres en eau. Il peut être retrouvé à la surface des confitures, sur les cuirs de chaussures ou les vêtements ayant séjourné dans des placards humides.