Les bactéries phyto-pathogènes les plus contrôlés dans le laboratoire de Bactériologie

Répartition de l’olivier dans la région du Maghreb :

Au Maghreb, l’olivier fait partie de l’identite du peuple Maghrebin, la culture de ce dernier est largement domine par le verger oleicole Tunisien. En effet la Tunisie occupe la 5eme place de la production mondiale avec plus de 64 millions de pieds d’olivier sur 900 000 hectares de superficies cultivee, qui s’etale dans 3 regions centre, sud et nord (Karray B et al. 2009). Au Maroc, la culture de l’olivier est tres importante, elle occupe la 8eme place mondiale avec plus de 25 milles de pieds d’olivier sur une superficie de 540000 hectares dont 200 milles hectares dans les zones montagneuses et 220 milles hectares dans les zones irriguees,100 mille dans les zones de Bour favorables et 40 milles disperse a travers le pays (Ylldiz T et Khadari B.,2009). Par contre l’Algerie occupe la 10eme place avec plus de 20 millions de pieds d’olivier sur une superficie de 195500 hectares, la surface est repartie dans trois regions : le centre, avec 54,3%, l’est avec 28,3% et l’ouest avec 17%, de la superficie totale. La plupart des oliveraies (80%) sont situees dans des zones de montagne (dans les vallees de Soummam et de la Seybouse, d’El-Kantara a philippeville, a Gastu et a Jemmapes, et dans les regions de la Galle,Batna Guelma et Tebessa), caracterises par une pluviometrie moyenne comprise entre 400 et 900mm/an et une altitude comprise entre 50 et 700 metre. En Kabylie l’olivier se rencontre jusqu’a 1000 metre d’altitude sur quelques verseaux montagneux tournes vers la mere. Le reste des oliviers (20%) sont situees dans les pleines occidentales du pays (Masera-Sig-Relizane), ou la pluviometrie moyenne annuelle est de 300-400 mm (Lazzeri Y., 2009).

– Facteurs qui affectent la maladie : Les facteurs qui affectent la maladie en grande mesure le developpement du champignon. Il a un developpement normal entre les limites thermiques qui correspondent a un climat tempere, avec des valeurs moyennes de 10 a 20 °C. Son optimum est situe autour de 9 a 18 °C. L’agressivite de l’attaque du champignon depend de la quantite et de la frequence des pluies. Les zones dans lesquelles le printemps et automne sont pluvieux et doux sont plus a des infections elevees du pathogene. De la meme maniere, ceci peut avoir lieu dans les zones ou l’hiver et doux et l’ete est peu chaud. Dans ces cas, l’activite du champignon est ininterrompue et les infections se chevauchent. L’humidite elevee est necessaire pour le developpement du champignon. Pour cette raison. La pluie, la rosee et les humidites relatives elevees sont des facteurs importants pour que la maladie evolue favorablement. D’autres facteurs influent indirectement en favorisant la presence de l’humidite sur l’arbre notamment le manque d’ensoleillement, des arbres mal aeres, des zones basses ou s’accumule l’humidite, etc. Pour la germination des conidies, il est necessaire d’avoir une humidite suffisante qui peut provenir indifferemment de l’eau de pluie ou de la rosee.

Les conidiophores perdent la capacite de produire des conidies apres 7 jours dans un environnement sec ou a une temperature de 18 °C. La duree de la periode d’humectation de la feuille est d’une grande importance pour que se produise d’infection. Il a ete observe, dans le cadre d’experiences realisees a temperature controlee que cette periode est de 48 heures a 16 °C , de 24 heures a 20 °C et de 36 heures a 24 °C. En general, dans les pays riverains de mediterranee, on considere deux epoques typiques d’infection : le printemps et l’automne. Durant l’ete et l’hiver, la propagation est limitee par les conditions climatiques defavorables : le pathogene reste a l’etat latent ou son activite est tres reduite. Les pratiques culturales telles que des irrigations excessives, une taille insuffisante ou la proximite de rivieres favorisent le developpement du pathogene, car l’olivier reste pendant une large periode de temps a des humidites elevees. L’exces de fletrissement azote et le manque de calcium predisposent la plante a la maladie. L’age des feuilles influe sur l’infection de Spilocaea oleagina. Il y a quelques annees, on pensant que les feuilles plus agees et plus developpees etaient plus receptives que les feuilles jeunes qui etaient protegees par leurs poils. Dans les etudes realisees recemment, il a ete verifie que l’attaque du champignon est plus grande sur les jeunes feuilles. (Manuel Civantos Lopez- Villalta. 1999)

– Pouvoir pathogène : Jusqu’a present la seule information presente dans la litterature sur le pouvoir pathogene de P. savastanoi est sa capacite d’induire la formation des Gall (tumeurs), par la stimulation des phytohormones l’acide indole-acetique et le cytokinine (Penyalver R., 2005 ; Moretti C., 2008). Et cela est du a un plasmide qu’on l’appelle ≪ Ti ≫ (tumeur induisant) qui est transfere dans les tissu vegetaux, et qui s’integre dans le genome de la cellule hote pour etre transcrit, le nouveau ADN forme declenche une production autonome des phytohormones : l’acide indole-acetique (AIA) qui joue un role dans l’elargissement des cellules et le cytokinine qui favorise la division cellulaire (Carol C., 2008). De nombreux auteurs utilisent la proteine reporteur d’auto fluorescence combine a la technologie GFP (green fluorescent proteine) afin de determiner les interactions entre bacterie-plante (Luis R et al., 2009). D’autre part, GFP en combinaison avec des techniques de microscopie d’epifluorescence a ete employe largement pour la visualisation des cellules de Pseudomonas dans la rhizosphere (Boldt et al. 2004) et sur des surfaces de la feuille (Wang et al. 2007) et dans les tissus infectes. (Wang et al., 2007).

– Cycle de la maladie : Bien que la bacterie puisse etre presente tout au long d’un verger, il ne peut inciter a la maladie qu’apres l’entree passive de l’hote par des blessures ou des cicatrices foliaires (Savastanoi, 1987).La transmission de la maladie est liee a la pluie evenement qui stimule la croissance de la population bacterienne et facilite la circulation de l’agent pathogene. Les pluies de printemps sont particulierement propices au developpement de la maladie parce qu’un grand nombre de feuilles tombe en mai et juin, laissant des cicatrices foliaires sensibles aux agents pathogenes. Les cicatrices foliaires sont plus sensibles a l’infection dans les deux jours apres une pluie, mais peuvent rester sensibles pendant sept jours apres la pluie. Une fois la bacterie infecte la plante, elle produit des hormones de croissance des vegetaux (l’auxine et cytokinines) qui stimulent la proliferation des tissus resultant en une galle ou noeud (Surico, 1989 δ Smidt δKosuge, 2000). Des etudes recentes montrent que la bacterie peut etre transportee dans la plante par les vaisseaux du xylene, ce qui provoque des noeuds ≪ secondaire ≫ le long de la tige. Cette nouvelle information souligne l’importance de la prevention des infections initiales de la gestion des populations de l’agent pathogene a l’exterieur de l’arbre (Young δTriggs, 1994).

Conclusion : Dans cette étude, deux techniques, l’une isolement sur milieux de cultures, l’autre sérologique (immunofluorescence), ont été mises en oeuvre dans le cadre de la détection de Pseudomonas savastanoi. Ces techniques ont été évaluées sur des échantillons symptomatiques, sans chercher à modifier les protocoles décrits. Le but de l’ensemble des manipulations était de comparer la sensibilité et la spécificité de chaque méthode. Lors de cette étude comparative, deux tests statistiques ont été réalisés le premier était le test de Newman et Keuls à l’aide du logiciel Stat Box Pr, qui est une extension de Microsoft Excel dédiée aux statistiques, le deuxième était le test Anova . Donc on se contente de rapporter les moyennes et l’écart type des différents essais. Après une étude comparative entre les trois milieux de cultures (King –B – Levane et LPGA), les résultats statistiques ont montrés que le milieu King-B est considéré comme un milieu de référence et le plus sensible pour le développement de Pseudomonas savastanoi. L’interprétation des résultats est basée sur le pourcentage de récupération des bactéries ensemencées ayant formé une colonie, et ceci pour chaque échantillons et pour chaque spot ensemencé. Les résultats statistique mettent en évidence qu’il n’ya pas de différence significative pour les trois milieux de cultures, bien que les moyennes permettent de donner un classement suivant le seuil de détection. L’isolement de la bactérie sur milieu levane permet un développement maximal et rapide des colonies, ce qui peut nuire la lecture des résultats ainsi que la détection de Pseudomonas savastanoi . Par contre sur milieu King –B et LPGA la bactérie pousse plus nettement, et en quantité moins importante, ce qui nous permet d’avoir une lecture plus lisible et ça nous aide à mieux détecter la bactérie en cause. Il convient donc d’utiliser en priorité ces deux milieux de cultures pour une meilleure identification de Pseudomonas savastanoi . En comparant cette technique sérologique à la technique d’isolement sur milieux de cultures, on peut dire que l’immunofluorescence est plus irrégulière car elle révèle la présence d’un grand nombre de saprophytes et de débris végétaux en plus des cellules fluo-végétales qui gênent la lecture, mais elle permet quant même de détecter un grand nombre de bactéries qui ont un aspect fluorescent, ce qui est certain avantage, par rapport à d’autre techniques. Elle permet une meilleure sensibilité de détection. L’analyse de variance Stat Box nous révèle un coefficient de variance très élevé de 83,02%, donc statistiquement la méthode IF est considérée comme la technique la plus optimisée pour la détection de Pseudomonas savastanoi. Cependant il s’avère que ce test est reproductible à ce jour pour la détection de Pseudomonas savastanoi p.

L’expérimentation du Protocol de coloration des lames IF devra également être répété afin de pouvoir vérifier la sensibilité et spécificité de la méthode. Suivant les résultats obtenus du test Anova concernant la comparaison entre les trois milieux de cultures de la bactérie Pseudomonas savastanoi a savoir le BK, Levane et LPGA, aucune différence significative n’a été constatée. Cela implique que le développement de la bactérie peut se faire dans les différents milieux d’ensemencement, sachant que la différence des moyennes enregistrées sur le tableau des statistiques de groupe résulte que le milieu BK reste toujours un milieu de référence. La comparaison entre la technique d’isolement sur milieu de culture et la technique d’analyse sérologique d’immunofluorescence est hautement significative du moment que le PN est inferieur à 10 – 4. On comparant les moyennes enregistrées sur le tableau des statistiques de groupe, et le PN bilatéral, la technique de détection de la bactérie Pseudomonas savastanoi d’immunofluorescence permet d’avoir un taux de récupération des colonies de la bactérie important par rapport à la technique d’isolement sur les milieux de cultures.

Table des matières

I. Introduction
II. Présentation de la SRPV
2.1 Présentation générale
2.2 Cadre juridique
2.3 Organisation de la SRPV
1.3.1 Place de la SRPV d’Oran dans l’organigramme de l’INPV
2.4 Missions
2.4.1 De la SRPV D’Oran
2.4.2 Les Missions du laboratoire de bactériologie de la SRPV d’Oran.
2.4.3 Le processus de travail du laboratoire de bactériologie.
2.4.4 Les bactéries phyto-pathogènes les plus contrôlés dans le laboratoire de Bactériologie
III. Etudes bibliographiques sur la production des oliviers en Algérie
1. Systématique de l’olivier
2. Répartition de l’olivier dans le monde
3. Répartition de l’olivier dans la région du Maghreb
4. Position des oliviers
5. intérêt de l’olivier
6. Variété Algérienne de l’olivier
7. Etude bibliographique sur le groupe des Pseudomonas
a- Historique
b- Définition
c- Caractéristiques des Pseudomonas
8. Les principales maladies de l’olivier
1. Tavelure
2. Verticilliose
3. Le Chancre bactérien
IV. Choix des méthodes d’analyses pour la détection de Pseudomonas savastanoi
V. Matériels et Méthodes
VI. Résultats et Discussion
I. Essai d’isolement des macérâts contaminés sur milieu de culture
1. Observation macroscopique
a. Caractéristiques morphologiques des bactéries
b. Caractéristiques phénotypiques des colonies sur trois milieux
2. Observation microscopique
a. Coloration de Gram
b. Tests biochimiques
c. Démembrement sur milieu BK
d. Démembrement sur milieu Levane
e. Démembrement sur milieu LPGA
II. Estimation des concentrations des solutions mères après croissance sur les milieux de cultures
1. Sur milieu LPGA
2. Sur milieu BK
3. Sur milieu Levane
III. Tableau des analyses des variances
1. Comparaison des moyens
IV. Les tests biochimiques
V. Conclusion

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