TUBERCULOSE PULMONAIRE A MICROSCOPIE NEGATIVE A LA CLINIQUE DES MALADIES INFECTIEUSES ET TROPICALES

Définition 

La tuberculose est une maladie infectieuse transmissible et non immunisante due à un bacille acido-alcoloo-résistant (BAAR), aérobie strict, communément appelé bacille tuberculeux, dont la variété la plus répandue est représentée par le type humain, Mycobacterium tuberculosis [3]. Il existe une définition codifiée de la tuberculose, proposée par l‟OMS. Pour ce qui est de la tuberculose pulmonaire, son diagnostic tient compte de l‟état du frottis d‟expectoration [11] :  Cas à frottis positif Au moins deux frottis d‟expectoration positifs pour le BAAR ou un frottis positif pour le BAAR associé à des anomalies de la radiographie thoracique compatibles avec une tuberculose pulmonaire évolutive.  Cas à frottis négatif Au moins deux (et de préférence trois) frottis d‟expectoration négatifs pour le BAAR et des anomalies à la radiographie thoracique compatibles avec une tuberculose évolutive. Dans la plupart des cas, le patient aura suivi un traitement par antibiotique non spécifique à large spectre sans résultat.

Historique

 La tuberculose est connue depuis des milliers d‟années. Des séquelles de cette maladie ont d‟ailleurs pu être identifiées sur des momies égyptiennes. Les grecs l‟appelaient phtisie. Au début du XIXe siècle, LAENNEC individualisa la tuberculose. En 1865, VILLEMIN montre qu‟il s‟agit d‟une maladie inoculable à l‟animal et met en évidence sa nature contagieuse. C‟est en 1882 que ROBERT KOCH isole le bacille tuberculeux : Mycobacterium tuberculosis ou bacille de Koch. En 1885, ZIEHL et NEELSEN mirent au point une méthode de coloration spécifique aux mycobactéries, basée sur leur acido-alcoolo-résistance. Cette méthode de coloration est aujourd‟hui utilisée dans les laboratoires d‟analyses médicales pour le diagnostic biologique de la tuberculose. 5 A la fin du XIXe siècle, la tuberculose est déclarée problème majeur de santé publique. Le traitement reposait uniquement sur la cure hygiéno-diététique et le repos dans les établissements spécialisés (sanatorium). En 1921, Albert Calmette et Alfonse Guérin mettent au point un vaccin contre la Tuberculose appelé BCG En 1944, S.A Waksman, microbiologiste américain découvrit le premier antibiotique actif contre le bacille tuberculeux : la streptomycine. Cette découverte sera suivie par la mise au point d‟autres médicaments : – Isoniazide en 1952 – Rifampicine en 1957 – Puis Ethambutol et Pyrazinamide

Epidémiologie 

Dans le monde

 La tuberculose est une maladie cosmopolite ; elle représente un problème de santé mondiale majeur. Chaque année, on compte environ 9 millions de nouveaux cas de tuberculose et près de 2 millions de personnes meurent de cette maladie. Tous les pays sont touchés, mais la plupart des cas (85 %) se produisent en Afrique (30 %) et en Asie (55 %), l‟Inde et la Chine comptant à elles seules 35 % de l‟ensemble des cas. Il y a 22 pays parmi les plus touchés qui comptent près de 80 % des cas de tuberculose du monde et dans lesquels la lutte contre la tuberculose a reçu une attention particulière depuis l‟an 2000 [15]. 6 Bien que pratiquement tous les cas puissent être guéris, la tuberculose reste l‟une des plus grandes menaces pour la santé dans le monde. Pourtant, dans la plupart des cas, la tuberculose est une maladie curable. En utilisant des associations de médicaments de première intention introduites dans le traitement entre les années 1950 et les années 1980, près de 90 % des gens qui présentent une tuberculose sensible aux médicaments peuvent être guéris en six mois. Le traitement de la tuberculose multirésistante qui représente près de 0,4-0,5 million de cas chaque année est plus difficile [16]. Il exige d‟avoir recours aux médicaments de seconde intention (y compris à des antibiotiques injectables) qui sont plus coûteux et provoquent des effets secondaires plus graves ; les schémas recommandés doivent être administrés pendant deux ans au maximum. Les taux de guérison de la tuberculose multirésistante sont plus faibles, et sont habituellement compris entre 50 % et 70 %. Figure 1 : Incidence estimée de la tuberculose par pays, 2014 7 En 2014, la tuberculose a tué 1,5 million de personnes (1,1 million de personnes VIHnégatives et 0,4 million personnes VIH-positives) dont 890 000 hommes, 480 000 femmes et 140 000 enfants. Environ 80% des personnes affectées sont des adultes jeunes. En fait les jeunes paient le plus lourd tribut car on note que 75% des cas de tuberculose touchent les groupes économiquement actifs (20-40 ans). Le taux de morbi-mortalité augmente avec l‟âge. La tuberculose figure parmi les trois principales causes de décès pour les personnes âgées de 15 à 44 ans [17]. Dans le monde entier, le risque est plus élevé chez l‟homme que chez la femme. Il y a une différence importante du taux d‟incidence selon sexe : en moyenne le sexe ratio pour les cas notifiés à frottis positif en 1998 est de 3,2 dans les groupes d‟âge où la majorité de cas est observée. Chez les personnes âgées, le taux est plus élevé chez l‟Homme que chez la femme [18]. La tuberculose figure désormais au même titre que le VIH parmi les principales causes de décès dans le monde. On estime à environ 1,3 million de décès par tuberculose chez les sujets VIH-négatifs et environ 0,4 million chez les sujets VIH-positifs [19]. Au niveau mondial, 9,6 millions de personnes auraient contracté la tuberculose en 2014 : 5,4 millions d‟hommes, 3,2 millions de femmes et 1 million d‟enfants. Au total, 12 % des 9,6 millions de nouveaux cas de tuberculose enregistrés en 2014 concernaient des personnes VIH-positives. Figure 2 : Répartition des décès par région, rapport OMS, 2009 8 Les progrès sont majeurs : la mortalité par tuberculose a diminué de 47 % depuis 1990, l‟essentiel des progrès ayant été réalisés depuis 2000, date à laquelle les OMD ont été fixés. Au total, on estime qu‟un diagnostic et un traitement efficaces de la tuberculose ont sauvé 43 millions de vies entre 2000 et 2014 [20]. Le taux de succès thérapeutique pour les personnes récemment diagnostiquées comme atteintes de tuberculose était de 86 % en 2013, niveau qui s‟est maintenu depuis 2005. Le taux de succès thérapeutique doit être amélioré dans la Région des Amériques et la Région européenne (75 % dans les deux Régions en 2013). On estime que 3,3 % des nouveaux cas de tuberculose et 20 % des patients traités précédemment sont atteints de tuberculose MR, pourcentage qui a peu varié ces dernières années. En 2014, près de 480 000 personnes ont développé une tuberculose multirésistante [21], et environ 190 000 en sont décédés. Pour lutter contre cette maladie, les organismes internationaux et les gouvernements ont mis en place des plans stratégiques basés principalement sur : – Les objectifs du millénaire pour le développement (OMD) de 2000 à 2015, qui correspondent à la stratégie « Halte à la tuberculose ». – Les nouveaux objectifs de développement durable (ODD) à partir de 2015, qui correspondent à la stratégie destinée à mettre fin à la tuberculose. La plupart des pays, notamment en Afrique subsaharienne, ont mis en place chacun un « programme national de lutte contre la tuberculose » (PNLT) visant à appliquer les différentes stratégies proposées par l‟OMS. À partir de 2016, le but est de mettre un terme à l‟épidémie mondiale de tuberculose par la mise en œuvre de la stratégie destinée à mettre fin à la tuberculose. Adoptée par l‟Assemblée mondiale de la Santé en mai 2014 et assortie de cibles liées aux nouveaux ODD, la Stratégie propose aux pays des pistes pour réduire le nombre de décès par tuberculose de 90 % d‟ici à 2030 (par rapport au niveau de 2015), réduire le nombre de nouveaux cas de 80 % et faire en sorte qu‟aucune famille ne supporte de coûts catastrophiques liés à la tuberculose [15]. L‟OMS, estime qu‟entre 2000 et 2020 [22] : – près d‟un milliard de personnes contracteront la maladie 9 – 200 millions de personnes tomberont malades de la tuberculose. Elle emportera au moins 35 millions de vies si aucune amélioration n‟est apportée dans le contrôle de cette infection. La tuberculose tue une personne toutes les 15 secondes sur la planète, ce qui en fait la maladie la plus mortelle au monde, après le SIDA. Près de deux millions de personnes en meurent chaque année. Elle est aujourd‟hui la maladie infectieuse curable qui fait le plus de victimes parmi les jeunes et les adultes. 

. En Afrique

 En Afrique, la tuberculose constitue un problème majeur de santé publique (2,8 millions de cas 2007) [18]. Le poids de la tuberculose est disproportionné, la déclaration des cas étant variable d‟un pays à l‟autre [23]. Avec 11% de population mondiale, le continent porte plus d‟un quart du poids (31%). L‟épidémie de tuberculose est encore en progression et l‟Afrique est l‟épicentre de l‟épidémie mondiale du VIH. Selon les estimations 9% de tous les adultes sont séropositifs et environ 35% des tuberculeux sont également infectés par le VIH. Plus de 34 pays africains ont des taux de notification d‟au moins 300 cas/100000 habitants par rapport à un taux inférieur à 15 /100000 habitants dans les pays développés. La sous-notification qui existe parfois, notamment pour les cas pris en charge dans des services hospitaliers, reste toutefois un problème mineur, comparé au sous-diagnostic qui est un véritable problème [23], en particulier pour les cas de TPM-. Il existe des différences sous régionales dans la charge de la tuberculose en Afrique :  Afrique australe et de l‟est où on a le poids le plus élevé pour 100 000 habitants (7 pays d‟AA= 400-700 cas pour 100000 habitants).  La plupart des malades sont retrouvés en Afrique sub-saharienne ou l‟incidence est très élevée (24% de TB toutes formes confondues et 26% de cas de TB pulmonaire contagieuse [18,24]. Dans cette région, l‟incidence est de 259 nouveaux cas sur 100000 habitants. Le taux de mortalité globale atteint 23% et dépasse même 50% dans les pays les plus touchés par le VIH, un tiers des cas survient chez des personnes infectés par le VIH .

Au Sénégal 

La tuberculose reste encore un problème de santé prioritaire au Sénégal, de par son impact sur la morbi-mortalité. Des efforts ont permis d‟améliorer le taux de détection de 13 points entre 1990 et 2011.Selon l‟OMS, l‟incidence estimée est de 136 cas de tuberculose toutes formes pour 100 000 habitants (112-162) avec un taux de détection des tuberculoses toutes formes de 69% en 2012. Les cas attendus de coïnfection sont estimés à 1700 (1400–2100) soit 14 cas pour 100 000 habitants (11–16) [17,26]. La TB est la première infection opportuniste chez les PVVIH et la proportion d‟infection à VIH chez les patients TB varie entre 7 et 10%. La collaboration TB-VIH a connu des progrès importants avec une augmentation de la réalisation des tests de dépistage du VIH chez les tuberculeux, passant de 28% en 2007 à 71% en 2011, une couverture par la prophylaxie au Cotrimoxazole de 88% et en antirétroviraux de 49% en 2011 [26]. Le taux de notification des cas de tuberculose toutes formes est resté stationnaire autour de 87 pour 100.000 habitants de 2001 à 2011 avec des pics à 94 en 2005 et 2008. Celui des nouveaux cas TPM+ a connu la même tendance. Durant la période couverte par le plan stratégique 2007-2011, le taux de notification pour les nouveaux cas et celui des cas de tuberculose toutes formes n‟ont pas augmenté. Bien que le nombre absolu de cas ait augmenté de 2% en moyenne ces 5 dernières années. On note une légère tendance à l‟augmentation des pourcentages de cas de tuberculose dans les tranches d‟âge de 15-24 ans et de 25-34 ans ; et une baisse relative des cas de tuberculose dans les groupes d‟âges supérieurs à 44 ans. Cette prédominance des cas notifiés chez les jeunes confirme une transmission encore intense de la tuberculose dans la communauté

Diagnostic microbiologique 

Agent pathogène 

Bactériologie Mycobacterium tuberculosis (bacille de Koch) appartient au complexe tuberculosis qui comporte en outre Mycobacterium africanum et Mycobacterium bovis.  Examen microscopique 11 C‟est un bacille intracellulaire facultatif dit acido-alcoolo-résistant (BAAR), immobile, sans capsule et sans spore. Après coloration de Ziehl-Neelsen (fuchsine phéniquée à chaud) ou par l‟auramine, il n‟est décolorable ni par les acides ni par l‟alcool [3], il apparaît comme un bacille rouge de 0,2 à 0,3 µm de large sur 3 à 5 µm de long, légèrement incurvé, à extrémités arrondies. La variété la plus répandue est le bacille de Koch ou BK (99%), l‟Homme en est l‟unique réservoir. Dans les régions d‟élevage, les bovidés peuvent être infectés par Mycobacterium bovis, transmissible à l‟homme (1%). En Afrique, un bacille intermédiaire a été identifié chez l‟Homme : Mycobacterium africanum dont la pathogénicité est la même que celle du bacille de Koch.  Méthode de Ziehl-Neelsen à chaud: Elle est simple, rapide et peu coûteuse. Dans un premier temps, le frottis est coloré avec de la fuchsine phéniquée de Ziehl filtrée, puis chauffé très doucement, jusqu‟à émission de vapeur. Ensuite, on procède à une décoloration, après rinçage à l‟eau par l‟acide sulfurique, puis l‟alcool. Le frottis est ensuite recoloré au bleu de méthylène à 0,3%, puis rincé et laissé sécher. Le bacille est coloré en rouge par la fuchsine et cette coloration résiste à l‟acide et à l‟alcool, d‟où le nom de Bacille Acido Alcoolo Résistant ou BAAR. Au microscope optique binoculaire disposant d‟un objectif à immersion de grossissement 100, sur le frottis coloré, ces bacilles apparaissent comme de fins bâtonnets rouges légèrement incurvés, plus ou moins granuleux, isolés par paire ou en amas, se détachant nettement du fond bleu de la préparation. Le technicien procède ensuite à une quantification du nombre de BAAR par champ : 100 champs correspondent à environ une longueur et une largeur d‟une lame. Résultats quantificatifs: Pas de BAAR pour 100 champs : 0 1 à 9 BAAR pour 100 champs : Donner le nombre exact de BAAR 10 à 99 BAAR pour 100 champs : + 1 à 10 BAAR par champ : ++ Plus de 10 BAAR par champ : +++ 12  Culture Mycobacterium tuberculosis ne pousse pas sur les milieux usuels. Il nécessite des milieux très enrichis. Les bacilles tuberculeux sont identifiés après mise en culture sur milieux spécifiques comme celui de Löwenstein-Jensen. Sur le milieu de Löwenstein-Jensen qui est un milieu à l‟œuf, il donne des colonies de teinte crème-beige, sèches, à surface rugueuse, en chou-fleur, tout à fait caractéristiques. Deux autres méthodes beaucoup plus délicates et plus coûteuses sont utilisées dans certains laboratoires pour palier à la lenteur de croissance du BK ; – la culture sur milieu gélose (milieu de Middlebrook) ; les cultures sont examinés à la loupe binoculaire après 3 à 4 semaines (au lieu de 4 à 6 par la méthode classique). – la culture sur milieu liquide : les cultures sur milieu liquide sont soit radioactives (Système BACTEC), soit non radioactives (MGIT) permettent de détecter les bacilles en 8 à 14 jours ; Dans les formes disséminées, Mycobacterium tuberculosis peut être recherché par hémoculture. Cette recherche est réalisée soit par centrifugation, lyse et étalement sur milieu solide, soit par méthode radiométrique. Ce bacille est un germe à croissance très lente (20 heures) avec un taux élevé de mutants résistants aux antibiotiques et qui a besoin d‟une teneur suffisante en oxygène pour se multiplier. Au sein d‟une lésion tuberculeuse, on distingue quatre types de populations bacillaires : – Bacilles intra cavitaires se développant dans le caséum et à multiplication active, – Bacilles intra cellulaires phagocytées par les macrophages et à multiplication lente, – Bacilles extra cellulaires persistant dans les foyers solides et multiplication intermédiaires, – Bacilles dormants ou quiescents qui n‟ont aucun métabolisme. Cette diversité bacillaire rend nécessaire l‟utilisation d‟une polychimiothérapie dans le traitement.  PCR La détection directe de M. tuberculosis par méthode d‟amplification génique (comme le GenExpert) permet de différencier rapidement M. tuberculosis d‟une autre mycobactérie. 13  Tests de sensibilité aux antituberculeux – Antibiogramme systématique pour Isoniazide, Streptomycine, Ethambutol, Pyrazinamide, et Rifampicine. D‟autres antituberculeux peuvent être testés ultérieurement. – La détection de gènes de résistance aux antituberculeux est possible par PCR et de plus en plus effectuée en routine pour la RMP et l‟INH. Des tests moléculaires de résistance sont possibles également pour d‟autres antituberculeux en 2ème intention (notamment les Fluoroquinolones). La recherche de résistance à la RMP (mutation du gène rpoB) doit être réalisée systématiquement en cas de contexte potentiel de résistance : notion de traitement antérieur, migrants.