Principales caractéristiques d’un bon indicateur de contamination fécale

Propriété Caractéristique d’un indicateur Pathogénicité L’indicateur ne doit pas présenter de danger pour la santé des êtres humains. Occurrence La bactérie indicatrice doit être présente chaque fois que des agents pathogènes entériques sont présents. La concentration de l’indicateur doit refléter de façon directe le niveau de pollution fécale dans l’eau contaminée. Survie Elle doit survivre plus longtemps que le germe pathogène entérique le plus résistant. Reproduction Elle ne doit pas se multiplier dans l’eau contaminée et présenter ainsi une valeur exagérée. Inactivation Inactivé par les différents traitements de manière similaire aux pathogènes. Source La seule source est la contamination fécale. Méthode d’analyse normalisée La bactérie indicatrice doit pouvoir être utilisée pour les analyses de tous les types d’eau (fluviale, souterraine, estuarienne, marine, etc.). Efficacité de la méthode de détection La technique de détermination de l’indicateur doit être très spécifique (les autres bactéries ne devraient pas donner de résultats positifs), de plus, celle-ci doit avoir une grande sensibilité et détecter de faibles concentrations de l’indicateur. Coût La méthode de mesure doit être facile à mettre en œuvre, rapide et de faible coût. Les résultats obtenus sont ensuite comparés aux valeurs guides et limites des critères microbiologiques (voir annexe 2), et permettent d’établir annuellement un classement de la qualité des eaux de baignade à l’issue de la saison estivale. La qualité de l’eau étant appréciée selon les dispositions du code de la santé publique reprenant les critères de directives algériennes (Décret exécutif n°93-164). Elle est ainsi qualifiée comme étant :  De bonne qualité lorsque les résultats sont inférieurs aux valeurs guides ;  De qualité moyenne (ou acceptable) lorsque les résultats obtenus sont supérieurs aux valeurs guides mais inférieurs aux valeurs limites ;  Et, elle est de mauvaise qualité lorsque les résultats sont supérieurs aux valeurs limites. La qualité des analyses effectuées dépend du prélèvement, des conditions dans lequel il a lieu et du matériel utilisé. En effet, un examen bactériologique n’a de valeur que : – s’il est effectué sur un échantillon correctement prélevé, dans un récipient stérile, selon un mode opératoire précis évitant toute contamination accidentelle ; – s’il est correctement transporté au laboratoire et analysé sans délai ou après une courte durée de conservation dans des conditions satisfaisantes.

Matériel et appareils de prélèvement 

Des flacons, qui une fois fermés doivent protéger l’échantillon de toute contamination, en verre, de préférence borosilicaté, de 250 ml. Ceux-ci doivent être préalablement stérilisés. Les flacons ainsi que leurs bouchons sont en effet stérilisés, soit à l’autoclave à 120 °C pendant 15 minutes (stérilisation à la chaleur humide), soit au four Pasteur à 170 °C durant une heure (stérilisation à la chaleur sèche). Ces flacons d’échantillonnage, ainsi stérilisés, ne doivent être ouverts qu’au moment du prélèvement de l’échantillon. Une fois l’échantillon prélevé, ils doivent être fermés hermétiquement jusqu’au moment de l’analyse. L’échantillon doit être clairement identifié à l’encre indélébile sur le récipient et sur le formulaire d’échantillonnage. Il n’y a pas d’appareils particuliers pour le prélèvement, le flacon étant directement tenu par la main de la personne qui prélève (Rodier, 2009). 

Enregistrement et étiquetage des échantillons

: Comme indiqué précédemment, les échantillons doivent être clairement identifiés à l’encre indélébile sur le récipient et sur le formulaire d’échantillonnage. Sur ce formulaire, doivent être notés avec précision : la date, l’heure, les conditions météorologiques, l’état de la mer Chapitre 2 : Matériel et Méthodes (calme, peu agitée, agitée ou forte), etc., ainsi que, des observations relatives à l’eau (odeur, coloration, présence de mousse, d’algues, etc).

 Mode de prélèvement

Les prélèvements sont réalisés aux points définis, chaque point étant considéré comme un site ou station, et qui doivent rester toujours identiques ; à deux mètres du rivage entre vingt et cinquante centimètres sous de la surface de l’eau (généralement 30 cm). Le flacon ne doit pas être rempli entièrement. En effet, il convient de laisser un petit vide d’air, permettant de faciliter la remise en suspension des germes par une agitation vigoureuse avant d’effectuer l’ensemencement (Poggi, 1975, Rodier, 2009). 

Transport et conservation des échantillons prélevés 

Après le prélèvement, les échantillons d’eau doivent être protégés de l’exposition à la lumière, en particulier celle du soleil, à tous les stades du transport ; afin de prévenir toute modification de la composition chimique ou bactérienne de l’eau de mer, ils sont transportés dans une glacière où la température est maintenue constante entre 4-6°C, et les analyses sont effectuées le plus rapidement possible, dans un délai maximal de huit heures après le prélèvement (Rodier, 2009) Donc, entre le prélèvement et le début de l’analyse (l’ensemencement), il ne doit pas s’écouler plus de vingt-quatre heures (Rodier, 2009). 2.5. Les germes recherchés : En matière d’hygiène, les analyses microbiologiques n’ont pas pour premier but de déterminer les microorganismes pathogènes mais ceux ayant le rôle d’indicateur, sans que leur présence ne représente un risque pour la santé publique. Parmi ces germes indicateurs, on en distingue deux principaux types : – Ceux indiquant une contamination fécale, renseignent sur une contamination par des matières fécales pouvant véhiculer éventuellement des bactéries pathogènes, – Ceux indiquant l’efficacité des traitements de désinfection de l’eau par rapport aux microorganismes pathogènes. Chapitre 2 : Matériel et Méthodes Cependant, en pratique, les mêmes germes sont utilisés que ce soit pour déterminer une contamination fécale ou bien pour évaluer l’efficacité d’un traitement (Rodier, 2009) Ainsi, les germes recherchés sont les coliformes totaux (CT), les coliformes thermotolérants (CTT) notamment Escherichia coli et les streptocoques fécaux (SF ou entérocoques intestinaux EI). Ces germes microbiens ne représentent pas un réel danger pour les baigneurs, mais ils constituent à la fois un indicateur du niveau de pollution par des eaux usées et peuvent indiquer la présence de germes pathogènes. Plus le nombre de ces germes est important, plus le risque sanitaire augmente.

Les coliformes 

Ce terme englobe plusieurs espèces de bactéries appartenant à la famille Enterobacteriaceae, qui selon la définition de l’organisation internationale de standardisation (ISO), regroupe les bactéries gram négatif, aérobie anaérobie facultative, en bâtonnets, non sporogènes, oxydase négative, se développant en présence de sels biliaires, et ayant la capacité de fermenter le lactose avec libération d’acides, d’aldéhydes et avec production de gaz en quarante-huit heures à 37°C. Cette réaction n’étant pas spécifique, les coliformes constituent un groupe assez hétéroclite du point de vue taxonomique, notamment les genres Escherichia, Citrobacter, Enterobacter, Klebsiella, Serratia, etc (Prescott et al, 2003 ; Meyer et al, 2004 ; Rodier, 2009). Du point de vue pratique, il existe trois types d’examens colimétriques :  La recherche et le dénombrement de l’ensemble des coliformes (dit coliformes totaux, CT) sans préjuger de leur appartenance taxonomique et de leur origine (fécale : flore intestinale de l’Homme et des animaux ; tellurique : sol, végétation ; ou eaux des égouts). Ce type d’examen, capital pour la vérification de l’efficacité d’un traitement antiseptique, présente peu d’intérêt pour mettre en évidence une contamination fécale du fait de son manque de spécificité.  La recherche et le dénombrement des coliformes thermotolérants (CTT), ayant les mêmes caractéristiques que les précédents mais décelables après une incubation à 44°C. La très grande majorité des coliformes thermotolérants est constituée par Escherichia coli, mais on y trouve aussi les espèces : Citrobacter diversus, C.freundii, Enterobacter aerogenes, Klebsiella pneumoniae, etc. Il est pratiqué car il permet de mettre en évidence une contamination fécale quasi certaine.  La recherche et le dénombrement des Escherichia coli, coliformes thermo-tolérants produisant l’indole à 44°C, à partir du tryptophane. L’intérêt de cet examen étant le fait que parmi les coliformes thermo-tolérants, Escherichia coli est l’espèce la plus représentée dans la flore intestinale de l’Homme et des animaux. Cependant, du fait de l’absence réelle de différence entre les informations fournies par le dénombrement des coliformes thermotolérants et celui des Escherichia coli, en pratique, on combine les deux examens (Rodier, 2009). 

Les streptocoques fécaux ou entérocoques 

Ce terme regroupe les bactéries Gram positif, sphériques ou ovoïdes, formant des chainettes, non sporulées, catalase négative, c’est-à-dire tous les streptocoques possédant l’acide teichoïque (ou l’antigène D), caractéristique du groupe D de Lancefield, soit : Enterococcus faecalis, E. faecium, E. durans, E. hirae, Streptococcus bovis, S. suis, et S. equinus. Ceux-ci, sont utilisés comme indicateurs de pollution d’origine fécale (Rodier, 2009) L’apport des entérocoques par rapport aux coliformes consiste en leur plus grande résistance dans les eaux naturelles, leur présence serait donc le signe d’une contamination fécale de l’eau plus ancienne. De plus, leur résistance aux agents désinfectants est également plus importante, probablement du fait de leur mode de groupement en chainettes, et est comparable à celle des entérovirus. Cette propriété pourrait permettre aux entérocoques de mieux représenter la contamination virale d’une eau. Cependant, une partie des espèces est peu spécifique des contaminations fécales. On les retrouve par exemple, dans l’environnement, sur les végétaux ou sur des sols non contaminés, c’est le cas de : – Streptococcus faecium sous espèce casseliflavus, qui est plus fréquent chez les plantes et les insectes que dans les matières fécales, et est capable de se multiplier sur les plantes (Oger et al., 1983).