CLASSIFICATION SANITAIRES DES SITES OSTREICOLE

CLASSIFICATION SANITAIRES DES SITES OSTREICOLE

LES CONTAMINANTS DES MOLLUSQUES BIVALVES

Contaminants microbiens des mollusques Actuellement, il est impossible de rechercher l’ensemble des microorganismes pathogènes pour l’homme susceptibles d’être présents dans les mollusques. Les raisons sont entre autres la diversité des dangers microbiens (virus, bactéries), le manque de méthodologies standardisées pour beaucoup d’entre eux et le coût analytique important. Ces dangers sont liés principalement à la pollution fécale du milieu. Les bactéries indicatrices d’une pollution fécale sont les seuls outils disponibles actuellement pour apprécier la qualité du milieu. Cependant ces indicateurs peuvent sous-estimer la pollution virale ou parasitaire (AFSSA, 2008). Le littoral, étant le réceptacle des effluents urbains et agricoles, est souvent le lieu d’hébergement de nombreuses bactéries ou virus d’origine fécale dont certains ont été mis en cause dans des pathologies humaines lors de la consommation crue de denrées d’origine marine (ROUSSELET M. et al., 2012). Concernant les principales familles bactériennes potentiellement pathogènes transmises à l’Homme par la consommation des coquillages, la notion de qualité l’emporte sur celle de la quantité dans l’étiologie des troubles observés, d’où la recherche de ces dits germes se limite à l’absence et à la présence. Ils correspondent à des bactéries précises et parfaitement identifiées : les salmonelles et les vibrionacées. 37 Figure 7 : Les sources de contamination microbienne Source : (ROUSSELET M. et al., 2012) Dans ce contexte, nous avons jugé nécessaire d’étudier et d’analyser dans un premier temps, d’abord les germes avérés dangereux pour l’Homme à savoir E.coli(coliformes), témoin de contamination fécale pour une analyse quantitative; ensuite les Salmonelles (du fait de son pouvoir pathogène) et puis les Vibrions (germe halophile très présent naturellement dans les eaux tropicales salées et saumâtres) pour des analyses qualitatives. L’étude de ces germes nous servira dans un second temps ; associée aux résultats d’analyse chimique (mercure, plomb et cadmium), d’effectuer la classification sanitaire des sites conchylicoles selon le Règlement (CE) n° 854/2004, le règlement n° 1881/2006 et l’arrêté du Ministère de l’agriculture, de l’agroalimentaire et de la forêt du 6 novembre 2013 de la 38 France, relatif au classement, à la surveillance et à la gestion sanitaire des zones de production et des zones de reparcage de coquillages vivants

Escherichia coli

Parmi les microorganismes pouvant présenter un danger pour l’homme, certains ont été plus remarqués ces dernières années grâce à de récentes recherches sur l’environnement. Il s’agit de Cryptosporidium et de Giardia pour les parasites, des norovirus pour les virus et E. coli vérotoxiques (VTEC) pour les bactéries. E. coli et plus largement les coliformes thermotolérants, sont recherchés dans les aliments comme indicateurs de contamination fécale. Leur présence témoigne d’une éventuelle contamination de l’aliment par des bactéries pathogènes d’origine entérique. Certaines souches pathogènes d’E. coli sont connues des médecins comme étant des agents responsables de gastroentérite infantile ou de la fameuse «diarrhée du voyageur». Au sein de l’Union Européenne, les critères microbiologiques relatives aux mollusques bivalves sont présentées dans le règlement (CE) n° 854/2004 et le règlement (CE) n° 1441/2007 modifiant le règlement (CE) n° 2073/2005 du 15 Novembre 2005. Il régit les conditions de production et de mise sur le marché des mollusques bivalves vivants. Dans cette réglementation, E.coli est un contaminant bactérien à rechercher systématiquement.

Vibrio sp

Les vibrionacées sont des bactéries bacillaires à Gram négatif, aéroanaérobies, mais à mobilité de type polaire. Elles sont souvent incurvées en forme de virgule et possèdent une oxydase. Les vibrions impliqués en pathologie humaine et susceptibles d’être transmis par les coquillages sont principalement deux stéréotypes. Vibrio 39 cholerae, le stéréotype 01, agent du choléra, dont on connaît les effets de sa toxine. Le stéréotype non 01, capable de provoquer lui aussi un certain nombre de troubles digestifs, ainsi que Vibrio parahaemolyticus. Cette bactérie est aussi la cause d’autres cas collectifs d’intoxications alimentaires (TIAC) dans de nombreux pays : aux USA, au Canada, au Japon, et en Asie (Daniels NA et al., 2000). Par ailleurs, si peu de données existent sur l’incidence des infections à Vibrio parahaemolyticus, le risque potentiel associé à la consommation de coquillages crus ou peu cuits doit cependant être pris en considération (GENESTE G., 2000 ; MARTINEZ-URTAZA et al., 2004). En juin 2001 en France, Onze foyers de TIAC avec 100 malades on été recensés. Cette situation est due à la consommation de moules stockées sur estran3 à forte concentration de vibrio en provenance de deux zones de production irlandaise (HAEGHEBAERT S., 2001). Les symptômes les plus fréquemment rapportés par les malades étaient des crampes et des douleurs abdominales qui apparaissent 3 à 4 heures après l’ingestion. Elles sont suivies de vomissements et de diarrhée 12 heures après. Suite à des investigations et des analyses, la présence de trois souches de V. parahaemolyticus pathogènes portant le gène tdh, codant pour l’hémolysine TDH4 et le gène trh, codant pour l’hémolysine TRH (TDH-related hemolysin), a été mise en évidence et confirmée par le Centre National de Référence des Vibrions et du Choléra, Institut Pasteur, Paris.

Salmonella sp

Les salmonelles sont caractérisées par leur appartenance à la famille des entérobactéries qui sont des bacilles à Gram négatif, non sporulés, à mobilité de 3 Partie du littoral compris entre les hautes et basses mers 4 l’hémolysine TDH (thermostable direct hemolysin), recherchée comme facteur de pathogénicité 40 type péritriche ou immobiles. Facilement cultivables sur milieux ordinaires, ces bacilles sont aéro-anaérobies facultatifs. Elles dégradent le glucose, réduisent les nitrates en nitrites et sont pourvus d’oxydase. Elles possèdent des caractères propres plus ou moins constants, tels que la non-dégradation du lactose, l’absence d’uréase, la non-production d’indole, la mobilité, la production d’H2S. Ces bactéries ont fait l’objet d’une refonte taxonomique. Salmonella enterica, la plus répertoriée dans les cas d’intoxication alimentaire renferme plus de deux mille sérotypes.

Contaminants chimiques

Les denrées d’origine animale renferment de nombreux et variés éléments métalliques. Certains sont des macros ou oligoéléments indispensables à notre organisme : Fer, cuivre, zinc, etc. D’autres éléments sont purement toxiques et présentent un danger réel pour la santé publique. C’est le cas des métaux lourds (cadmium, plomb, mercure, etc.) qui contaminent l’eau ou les aliments par voie naturelle. Il est aussi possible que la contamination provienne d’un environnement pollué.

Table des matières

INTRODUCTION
PREMIERE PARTIE : SYNTHESE BIBLIOGRAPHIQU
CHAPITRE I : PRESENTATION DE L’ESPECE Crassostrea gasar
I.1. Classification zoologique (Taxonomie)
I.2. Rappels anatomiques .
I.2.1. Ecologie du genre Crassostrea
I.2.1.1. Phylogéographie du genre Crassostrea
I.2.1.2.Répartition et phylogénie de l’huître de palétuvier Crassostrea gasar
I.2.1.3. Condition de l’habitat de Crassostrea gasar
I.2.1.4. Alimentation et particularité nutritionnelle de Crassostrea gasar
I.2.2. Biologie des huîtres
I.2.3. Rapport avec les êtres vivants
I.2.4. Rapport avec le milieu aquatique
I.2.4.1. Salinité
I.2.4.2. Température
I.2.4.3. Mouvement de l’eau
CHAPITRE II: ELEVAGE DE CRASSOSTREA GASAR
II.1. Définition
II.2. Historique de l’ostréiculture
II.3. L’ostréiculture au Sénégal
II.4. Méthodes et techniques d’élevage d’huîtres
II.5. Dégorgement et purification des huîtres
II.5.1. Définition
II.5.1.1. Dégorgement
II.5.1.2. Purification
II.5.2.Contexte réglementaire
II.5.3. Espèces coquillières nécessitant une purification
II.5.4. Recommandations pour la purification des mollusques bivalves
II.5.5. Types d’eaux utilisées pour l’épuration des mollusques
II.6. Importance socio-économique et valeur nutritionnelle des bivalves
II.6.1. Importance socio-économique
II.6.1.1. Production mondiale par famille de coquillages
II.6.1.2. Production mondiale d’huîtres
II.6.2. Valeur nutritionnelle des huîtres et moules
CHAPITRE III : LES CONTAMINANTS DES MOLLUSQUES BIVALVES
III.1. Contaminants microbiens des mollusques
III.1.1. Escherichia coli
III.1.2. Vibrio sp
III.1.3. Salmonella sp .
III.2. Contaminants chimiques
III.2.1. Mercure
III.2.2. Plomb
III.2.3.Cadmium
III.3. Polluants toxiques
III.3.1. Apports polluants toxiques au milieu
III.3.1.1. Apports fluviaux
III.3.1.2. Rejets industriels directs
III.3.2. Effets des polluants toxiques sur les coquillages
III.3.3. Effets des polluants sur le consommateur
III.3.3.1. Définition, étiologie et symptômes des maladies d’origine alimentaires
III.3.3.1.1. Définition
III.3.3.1.2. Etiologie et symptômes
III.3.3.1.2.1. Toxi-infection alimentaire
III.3.3.1.2.2. Intoxinations alimentaires
III.3.3.1.2.3. Intoxications alimentaires
III.3.4. Origines des affections alimentaires liées à la consommation des mollusques bivalves
III.3.4.1. Origines coquillières des bactérioses digestives
III.3.4.1.1. Salmonelloses
III.3.4.1.2. Vibrioses
III.3.4.1.3. E.coli entérotoxigènes (E.C.E.T)
III.3.4.2. Origines coquillières des hépatite
III.3.4.3.1. Hépatite virale A
III.3.4.3.2. Hépatite virale E
III.3.5. Intoxication par les invertébrés aquatiques
III.3.5.1. Origines coquillières des syndromes paralytiques, amnésiques,diarrhéiques et neurologiques
III.3.5.1.1. Syndromes paralytiques
III.3.5.1.2. Syndromes amnésiques
III.3.5.1.3. Syndromes diarrhéiques (DSP)
III.3.5.1.4. Syndromes dus aux toxines à cycle imine
CHAPITRE IV: BASES REGLEMENTAIRES DE LA CONSOMMATION ET LA COMMERCIALISATION DES PRODUITS HALIEUTIQUES
IV.1. Autorité compétente du contrôle des produits halieutiques au Sénégal
IV.1.1. Cadre institutionnel et Missions
IV.1.2. Cadre organisationnel des contrôles
IV.2. Services compétents de contrôles européens
IV.3. Bases législatives et réglementaires
IV.3.1. Aperçu sur les principaux textes réglementaires de l’UE
IV.3.2. Aperçu sur les principaux textes réglementaires sénégalais
DEUXIEME PARTIE : ETUDE EXPERIMENTALE
CHAPITRE I : MATERIEL ET METHODES
I.1. Matériel
I.1.1. Structure d’accueil
I.1.2. Présentation des zones d’études
I.1.2.1. Localisation géographique et cadre socio-économique des sites
I.1.2.1.1. Site de Joal-Fadiouth
I.1.2.1.2. Site de Somone
I.1.2.1.3. Site de Mbodiène
I.1.2.1.4. Site de Némaba
I.1.2.1.5. Site de Dionewar
I.1.2.1.6. Site de Sokone
I.1.2.1.7. Site de Niaguiss
I.1.2.1.8. Site de Tobor
I.1.2.1.9. Site de Karabane
I.1.3. Matériel biologique
I.1.4. Matériel de prélèvement
I.1.5. Matériel de laboratoire
I.1.5.1. Laboratoire de bactériologie
I.1.5.2. Laboratoire de chimie
I.2. Méthodologie
I.2.1. Stratégie d’échantillonnage
I.2.2.Préparation et expédition des échantillons
I.2.2.1. Zone Sud (région de Ziguinchor)
I.2.2.2. Zone centre (région de Fatick)
I.2.2.3. Zone Ouest
I.2.3. Réception et conservation des échantillons aux laboratoires
I.2.4. Méthode d’analyse bactériologique
I.2.4.1. Couple analytes /matrices
I.2.4.2. Nature des analytes recherchés
I.2.4.3. Méthodes d’analyse officielles
I.2.4.3.1. Préparation de la solution mère
I.2.4.3.2. Recherche de germes
I.2.4.3.2.1. Dénombrement des E. coli (ISO 16649-2 :2001)
I.2.4.3.2.2. Recherche des salmonelles (ISO 6579 : 2002)
I.2.4.3.2.3. Recherche des vibrions ISO/ TS 21872-1 : 2007 (F)
I.2.5. Expression et critères de satisfaction des résultats
I.2.5.1. Expression des résultats
I.2.5.2. Critères bactériologiques
I.2.5.2.1. Escherichia coli
I.2.5.2.2. Salmonella sp et Vibrio sp
I.3. Méthode d’analyse chimique
I.3.1. Préparation des échantillons et minéralisation
I.3.2. Recherche de métaux lourds (plomb et cadmium) par Spectrométrie d’Absorption d’Atome (SAA)
I.3.3. Recherche et quantification du mercure par Spectrométrie à Fluorescence Atomique (SFA)
CHAPITRE II: RESULTATS
II.1. Description et production des sites ostréicoles
II.1.1. Description des sites ostréicoles
II.1.1.1.Techniques d’élevage dans les sites ostréicoles sénégalais
II.1.1.1.1. Elevage traditionnel
II.1.1.1.1.1. Gisements naturels
II.1.1.1.1.2. Technique de cueillette
II.1.1.1.2. Elevage traditionnel amélioré
II.1.1.1.2.1. Technique en guirlande
II.1.1.1.2.2. Technique en long line ou en lanterne
II.1.1.1.2.3. Technique à même le sol, culture à plat ou parcage
II.1.1.1.3. Ostréiculture moderne
II.1.2. Description du profil des acteurs de la filière ostréicole
II.1.2.1. Niveau scolaire
II.1.2.2. Système organisationnel des ostréiculteurs sénégalais
II.1.2.3. Difficultés des ostréiculteurs sénégalais
II.1.3. Données de production des sites ostréicoles
II.1.4. Présentation des résultats des analyses bactériologiques
II.1.4.1. Escherichia coli
II.1.4.2.Vibrio sp
II.1.4.3. Salmonella sp
II.2. Présentation des résultats des analyses chimiques
II.3. Classification des sites ostréicoles
La conformité des résultats bactériologiques et chimiques associée à cette classification obéit respectivement aux critères établis dans les règlements (CE) n° 854/2004
CHAPITRE III : DISCUSSION
III.1. Discussion des résultats bactériologiques
III.1.1. Coliformes thermotolérants à 44 °C : E.coli
III.1.2. Vibrio sp à 37°C
III.1.3. Salmonella sp
III.1.4. Métaux lourds
CHAPITRE IV: RECOMMANDATIONS
IV.1. Ostréiculteurs et acteurs de la filière conchylicole
IV.2. Etat du Sénégal
CONCLUSION